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AmberTools 16を使ってMD simulationをしてみよう(その2) : Ag++
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2016年07月04日21:50 カテゴリMDシミュレーション AmberTools 16を使ってMD simulationをしてみよう(そ... 2016年07月04日21:50 カテゴリMDシミュレーション AmberTools 16を使ってMD simulationをしてみよう(その2) 前回の記事の続き。 5. PDB形式のリネーム4.で溶媒分子がばらまかれたPDBファイル(temp_solvate.pdb)が出力されましたが、この中の原子の種類(atom type)はAMBERのtleapで読み込んでくれる形式では残念ながらありません。そこで、temp_solvate.pdbを少々いじり、leapで読めるようにリネームする必要があります。 そこで次のスクリプト(rename.pl)を使います。 #!/Users/Agsmith/perl5/perlbrew/perls/perl-5.16.3/bin/perl -w use lib '/Users/Agsmith/apps/PDB'; use PDB; @chains=qw(