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Ion PGM 運用開始 - うおにっき (written by Yukuto SATO)
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所属する研究室にて、卓上型(小型)の高出力 DNA シーケンサー Ion PGM (Life Technologies 社)の運転... 所属する研究室にて、卓上型(小型)の高出力 DNA シーケンサー Ion PGM (Life Technologies 社)の運転が出来るようになりました。 実際に私が手を動かした例で、DNA seq にて、314 チップ公称スペックの 489% の出力(Final Library Reads: 489,292)のケースも出ています。なるほど強力かもしれません。 専用サーバーから取得できる FASTQ 結果ファイルから、multifasta データを書き出すスクリプトを下記に (備忘)。 使用の際は、必ずズレ等の間違いがないことを確認をするように。 #!/user/bin/perl -w use encoding "shift_jis"; use strict; use warnings; # ファイル名取得 print "Type the file name"."\n"; my $nam