全国高等学校将棋選手権大会って、将棋部に入ってない人でも出場できるんですか？ - はい。出場することが出来ます - Yahoo!知恵袋

参加資格は「高校生」だけのはず。将棋部に入っているかどうかは 関係ない。しかし将棋部の生徒が優先だろうから、将棋部の顧問に 相談してみてはどうか。