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CoolBoxを使ったHi-CやChIP-seqなどゲノムトラックのプロット - Qiita
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Hi-C解析やChIP-seq解析の結果を描画する可視化ライブラリ CoolBox の紹介と簡単な使い方。 Hi-Cのコン... Hi-C解析やChIP-seq解析の結果を描画する可視化ライブラリ CoolBox の紹介と簡単な使い方。 Hi-Cのコンタクトマップを描画するツールはあんまり多くなくて、とくに他の実験で得られたゲノムトラックと同時に描画しようとするとなかなか苦労する。 探索的解析を兼ねてコンタクトマップを可視化するツールとしては JuiceBox や HiGlass がある。とくにHiGlassはおすすめで、いろいろな入力ファイルに対応してさまざまなプロットをインタラクティブに生成できる。だけど、自由度が大きいぶん使い方も複雑で細かなカスタマイズが難しい。 もっと手軽にプロットして、さくっと論文に出てくるような図を作りたい。という欲求にかなりいい感じで答えてくれる CoolBox というツールが最近出たので、ここでは簡単な使い方と実際のデータの描画例を紹介する。 CoolBoxはコンタクトマップとChI