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遺伝子情報をDB横断的に検索するPythonパッケージ "gget" - Qiita
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ggetの使い方。 論文は以下。 Laura Luebbert, Lior Pachter, Efficient querying of genomic reference... ggetの使い方。 論文は以下。 Laura Luebbert, Lior Pachter, Efficient querying of genomic reference databases with gget, Bioinformatics, 2023;, btac836, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac836 ggetは Ensembl, UniProt, NCBI などの遺伝子配列データベースを対象にした遺伝子名や遺伝子IDによる配列検索、BLAST検索などを簡単に実行するインターフェースを提供してくれるPythonパッケージ。コマンドラインバージョンもあるがここでは解析プログラムにも組み込みやすいPython APIを紹介する。 R言語の場合は使いやすいツールとしてbiomaRtがあるけど、biomaRtが検索時にDBをひと