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yag_ays "A Genetic Algorithm Guided Formation of Spaced Dyads Coupled with an EM Algorithm for Motif Discovery"

ChIP-Seq

2011/01/06 リンク

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A Genetic Algorithm Guided Formation of Spaced Dyads Coupled with an EM Algorithm for Motif Disco... A Genetic Algorithm Guided Formation of Spaced Dyads Coupled with an EM Algorithm for Motif Discovery Previously, we reported GADEM, an efficient de novo motif discovery tool for large-scale genomic sequence data. We present an updated version, v1.3.1, that has improvements and additions. We added a 'seeded' analysis in which a user-specified position weight matrix (PWM) is the starting PWM model.