HPVワクチン副作用の話。 以前から話題になってはいたみたいなので（http://togetter.com/li/906273）す。このtogetterには「HLA-DPB1*0501が92%（11人）だった」、とあるので、この時点で調べたのは12人くらいだったのかな。 それから最近これが出て http://mainichi.jp/articles/20160317/k00/00m/040/109000c 研究班は信州大と鹿児島大で、ワクチン接種後に学習障害や過剰な睡眠などの脳機能障害が出た１０代の少女らの血液を採り、遺伝子「ＨＬＡ−ＤＰＢ１」の型を調べた。 その結果、「０５０１」の型の患者が信州大で１４人中１０人（７１％）、鹿児島大で１９人中１６人（８４％）を占めた。 「０５０１」は一般の日本人の集団では４割程度とされ とある。 「7~8割」と減っているのだけれど、サンプルサイズが増えた

いやー終わった終わった・・・と、何回思ったかわからない本件なので、今後もまた何が起こるか、注視が望まれる。うそです。 WHAT問題 それがいったい何なのかという、ここではWHAT問題ということにすると、それは科学的に言えば2月〜3月の始めころでほぼ終わっていた案件で、大多数の良心的な科学者たちはその辺りでもう興味を失っていたことでしょう。それが科学的に本当かどうかを議論したい人というのが、科学者の中にいたとするとちょっと驚きかもしれない。分野によっては、科学としての感覚がだいぶ違うので3月以降も情報を欲していたようなものもあるかもしれない*1。それを含めても、納得するまでの期間に、事前情報の違いでばらつきが出る程度の話であろうと思います。 HOW問題 HOW問題も、まぁ、もうみなさんほぼ見当ついているんでしょう。僕もそう思いまっす。以前に書いたように、多分最終的に「真実」とかいうものが明ら

日本で、ランダムに1000人くらいの血筋を追っていったときに、その先祖あっ.. 分子生物学の知見ならびに遺伝学の法則の教えるところによると、父親または母親の持つ遺伝情報のうち子に伝わるのは半分である。祖父から孫に伝わる遺伝情報は1/4で、曽祖父からひ孫へは1/8である*1� 。たった3代前について、「その代に偉大なる名家の血を継いだひいおじいちゃんがいたおかげで私が優秀なのである！」なる可能性について考える。二つの可能性があって、 常染色体上のたった1つの遺伝因子+環境因子で優秀さが決まるとするならそれが自分に伝わる確率は��1/8なのであって、自分の世代の兄弟・いとこのうちその優秀遺伝因子が影響するのは8人いたら1人しかいない。 もし常染色体上のN個の（少なくともN > 100くらいの）遺伝因子+環境因子によって決まるとするならば、遺伝的組換えが起こることを考えるとそのひいおじいちゃんの

STAP論文がリトラクトされました〜。長かった、と思われるかもしれませんが、感覚からすると、一般的な科学論文のリトラクトまでの時間で考えると早かったのでは？あの長寿GWASのScience論文とか、めちゃくちゃだったのに1年かかってたしなぁ。まあこっちは捏造とかではないけど。 ところで高橋政代先生が怒っていらっしゃいました。あとで方向修正されたそうではありますが。 http://www.riken.jp/pr/topics/2014/20140702_2/ 高橋政代先生は常に、今回の世界初のiPS細胞臨床研究が、今後数十年に渡る（かどうかわかりませんが）iPS細胞の臨床応用のための研究発展の全てに重大な影響をあたえることを自覚していらっしゃる方です。 個人的に存じ上げているわけでもないのでわかりませんが、講演などでのご発言から考えるに、おそらく和田心臓移植を念頭に置いているのだろうかと思い

率直な感想として、「正直に言い訳した」って感じで面白かったです。 笹井先生ご自身は、うわさに聞く通り優秀な方なのだなぁと思いました。会見を聞いていて楽しかった。 大衆の意思を操作することで、科学の世界をねじ伏せようとする小保方会見のような恐ろしさや凄みはなく、いらだちも感じませんでした。 Natureクラスの論理骨子はすでに崩れているが、まだ見込みはあるので再度構築したいというのが笹井先生の言いたいことでした。 それはそれでいいんじゃないでしょうか。まあ分野の近い専門家の方はまた違うご意見をお持ちのこともあるでしょうが。 もちろんまだまだ疑義は残っているし、会見でごまかしているところも見受けられたけど、いまでもNature論文だと思うとそういうのが大変気に入らないでしょうが、実質的にはすでにそんな栄誉を与えられた研究テーマではないわけで、学会でもよく発表されるような単なる数ある仮説の一つで

はてなー的に興味がある素材ではないかと思ったので、ご紹介。 Tak HJ, Ruhnke GW, Meltzer DO. Association of Patient Preferences for Participation in Decision Making With Length of Stay and Costs Among Hospitalized Patients. JAMA Intern Med. 2013;27:1-8. 論文のタイトルは「患者による意思決定への参加の選好と、入院患者の入院期間・コストとの関連」 方法としては、医療情報の提供を受けたり医療意思決定に参加したいかどうかについての質問を含んだ調査を、シカゴ大学医療センター一般内科サービス（University of Chicago Medical Center general internal medicine

わ・・・id:what_a_dudeさんのページがなくなってる〜！日本のネット界の最も良質な統計情報の一つが消えてしまった・・・（確かにあそこまで素晴らしい情報を無料で提供することもないよな〜とは思っていたけど）。わたしみたいに気分次第で専門外もてきと〜に仕事時間のあいまに書いてるのとはレベルが違いましたから、残念です。

※　多くの人に見ていただいているようですが、「差別」の説明のところの記述に問題があるようなので書き直ししております。ゴメンナサイ。6月11日 まただよ。出たコレ。ウケる〜*1。 血液型より正確!? あなたの性格はDNAで決まっていた（週刊現代） | 現代ビジネス | 講談社（1/3） なんて書いてますが結構イラついています。正しい科学的知見をできるだけ多くのサイトが書くほうがいいようなので*2、本来日本にも素晴らしい研究者がたくさんいらっしゃる生命倫理学が本職の分野ではあります*3が、聞きかじりの知識くらいならある遺伝統計学者として、頑張ります。 ところで、ここに挙げられている知見、ドーパミンD4レセプター*4とセロトニントランスポーター*5の多型が性格に関連する、というの自体は、怪しいものではありません。ただ、数百人の解析でも関連ありになったりなしになったりというレベルの効果量ですけどね

家族に言うと心配するだろうから言わないのだけど、どこにも吐き出さないのもなんかむかつくのでここに書き留めるものである。 今日、パリの街を歩いていたら、前から歩いてきたおっさんが急に肩をこっちに向けて僕の胸にドゴっとぶつかってきた。自分よりちっちゃいオッサンなので衝撃が大きくはなかったけど、多少のけぞるくらいはした。 なんじゃこりゃ、と思ったら、通りすがりながら彼は言った。 「中国人は出て行け！」 別に痛いって言うほど痛くはなかったが、心の痛みっていうのか、3時間ほど前のことなのに、ぶつかられた部分がなんかまだズキズキとする感じがする。 前にもこの日記のどこかで書いたのですが、このような人種差別的行動に出会ったのは二回目です。実力行使されたのは初めてだけど。そして、過去二回とも同じなのである。彼らは「中国人」に対する差別感情を、僕に対して向けてくるのです。 クレイジーだ、フランスではそういう

見えない所でコソコソと。 2013-06-04 医師の労働時間の件ですけど、僕がこれまでに遭遇した「尊敬できる医師」はほぼ全てワタミ社長タイプだったというのが正直なところ・・・なかなか難しいもんです。内科ですけど。 平日に朝7時から夜11時まで働くのは彼らのデフォルトで、というか通常はそれより早くからそれより遅くまで仕事している。当然かれについた研修医はつきっきりですよ。わりと多くの時間を、患者さんと話をすることに使っていたりします。患者さんとのお話っていうのは、長く話しするも短く切り上げるも医者次第。給料変わりませんから。こういう医者は、患者さんの質問が途切れるまで、不安感がある程度でも解消されるまで、あるいは世間話であろうと、ずーっと応対します。その他の時間は処置や外来でなければ、研修医を教育したりします。他科へ依頼した患者さんがいるならその様子を見に行き、普段の担当医が同席しているこ

隠れマルコフモデル 隠れマルコフモデルについて、細かいところ(本質だけど)はぶっとばして、実装上のポイントだけ述べます。 隠れマルコフモデルは、時系列のように、状態が徐々に変化していくようなもの、確率過程について、実際には観察されないデータ「隠れ変数hidden variable」を仮定することで推定を回しやすくしたものです（あってる？）。 「マルコフ」過程であるとは、ある状態が、一つ前の状態によって完全に説明され、過去の振る舞いは関係ないようなものです。 具体的にはこのようなモデルです。 隠れ変数の初期状態を決める。隠れ変数は観察されたデータでないのだからいろいろな可能性があり、それは確率的に表される。 ある状態から別の状態へ変化する時の確率を与える。これは移行確率transition probabilityと呼ばれる。 それぞれの過程において、隠れ変数によって表されている状態から、どの

http://d.hatena.ne.jp/what_a_dude/20110114/p1 のエントリを読んで、この中の「検出力」と「モニタリング」についてより具体的に説明する方法がないものかと考えてみた*1。ポイントとしては、多少の確率分布を用いるがP値は使わない。ちょっとブラックボックスのように思う人が多いと思うので。使わなくても、統計的考察はできる。 二項分布で考える ちょろっと具体的な数字を出してみたい。イレッサによる急性肺障害・間質性肺炎、というのが懸案の副作用であるわけだが、この発症率についてはイレッサ群で4%、抗癌剤による通常療法群で2%観察されるとする報告がある*2。このような場合、たとえイレッサが登場していなくても、その時点で標準的な治療をすることにより2%程度の間質性肺炎は発症したと考えられ、残りの2%がイレッサによる「超過リスク」ということになる。もちろんこのような比

※4月4日注記　本文中事実関係に齟齬があったみたいです。コメント欄参照下さい。ゴメンナサイ。 ようやく終わりかけているようです。 http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20130402-00000077-mai-soci 副作用としての間質性肺炎に罹患された患者様のご健康をお祈りし、また亡くなられた患者様におかれましてはまことにお悔やみ申し上げます。 以前も書いた*1ことがありますが、この件について、今後このような新薬副作用の大発生を起こさないようにするための私の考える提言をまた挙げたいと思います。一個追加したけど。この日記も以前より多少は注目が上がっているかもしれないし。 厚労省に承認申請をするような薬剤については、国内外での臨床試験の事前登録（http://www.umin.ac.jp/ctr/index-j.htm）を義務付けすべき。 ただ、海外のよく知

尊敬する林さんに名前を挙げていただいている以上一応何か書かないわけにも行かないかなと思う次第・・・ただちょっと今時間ないので専門用語噛み砕く余裕無いですすいません・・・ http://togetter.com/li/364596?utm_source=dlvr.it&utm_medium=twitter なんだか猛烈に批判されてますね。一年と3ヶ月くらい前に、僕が自分のコメ欄に書いたのと似た感じかなあ。あのころは僕も意味ないかなーと思ってました。 http://d.hatena.ne.jp/aggren0x/20110524/1306265193 あの時以降、次世代シーケンサーのバリアント検出精度はなんだかどんどん上がってるし（主にアルゴリズムの改善で）、あと一細胞とりだしシーケンスとかもごく近い将来にできそうだし。体細胞一個のゲノム、直接見れますよねわりとすぐに。お金はかかりますけど。5

http://www.rerf.or.jp/news/TBSRCCJ.html ブコメで「放影研なんて知らない」というのがいまだにいくつか見られることに超びっくり。なにをもって原発の議論をしてるんだろか・・・ま、でも放影研って昔から情報発信が足りないって面はありますかな。これが複雑なもので、放影研の解析結果は被曝認定と密接に絡んでいるので、昔はみだりに発言してしまうと猛烈な抗議が来たりするということもあると伺ったことがある。でももう潮時でしょう。 ちなみに放影研はもとABCC (Atomic Bomb Casualty Commission)とか言う施設で、アメリカやイギリスの頭脳が多数在籍していた（広島は直接にはイギリス占領下だったみたい）。敗戦当時日本には統計学的にしっかりした疫学研究を支える十分な知的背景はなかったというが、彼らが居たので放影研コホートがとてもしっかりとしたとされる。

冨田先生が個人ゲノムを公開したとのことで、 http://www.keio.ac.jp/ja/press_release/2012/kr7a4300000aubbx.html ここにひっかかるところがあったので。 冨田先生はもちろん有名な方です。E-cellの人でしたね。しかし遺伝統計学者ではないのですが（こういったことで国立遺伝研の相変わらずのプレゼンスの小ささってなんなんだろう、ほんとにヒトに興味ないんだなあ・・・）。わたしが今おりますこちら欧米では、こういう話はすべてかならず遺伝統計学者がやってるんですけどね。 さて、そのプレスリリースにコホート研究の重要性が述べられており（ゲノム研究の歴史を概略で述べながらゲノムワイド関連研究（GWAS）を完全にスルーする時点でかなり政治的な文章であるっぽいですが）、その点についてはまことに同感でありますが、その中で 現在我が国における主要なコホー

引用先もひとりごとだし、このエントリもひとりごと。まあ追随っていうか。こういうのみんなそうですよ的な話っていうか。パリの話ですいませんが。 http://biomedcircus.com/research_02_13.html 海外に出ると、海外駐在員として出てきたような日本人は、研究留学している人間よりも完全にふたつかみっつ、格上の生活をしている。ちなみに官僚もそうである（なんでだろう）。 幸いなことに（？）僕は海外に出た当初から駐在員と関係をもってしまったので、最初っから格差に気づいていて、途中で気づいて涙するようなことはなかった。それでわかっていた格差はこういうものだ。 まず海外に来たら役所に滞在許可証をもらわないといけないが、研究者は一人でなんとかするか、ラボの事務さんに頭下げて朝から並ぶ。駐在員は、会社が手配した通訳さんがやってくれて、窓口の時間に間に合えば良い。 研究者が雑踏に

10代の大腸癌患者さんというのがいた。 僕の担当ではなかった。むかしのことだけど。 若い人のがんの進行は速い。若ければ若いほど速いのかもしれない。もちろん担当の主治医はそれこそ頭をかきむしるくらいに苦悩していたけど、僕にとってもそれはとても言葉で言い尽くせるような経験ではなかった。こういうのを言葉に出来る人が作家になるのだろうが、僕には文才がない。 思ったよりずっと早く亡くなった。 大腸癌だからこれほどの衝撃をうけるので、白血病や骨肉腫とかならよくあることではあるかもしれない。交通事故で若くして死ぬこともよくあるだろう。それでも、ひどく不公平なものだと思った。だって大腸癌だ。 10代の1型糖尿病患者さん、20代のSLE患者さんならよく診た。いずれも一生付き合う病気だ。人生の長さが70年なら、まだそのうち1-2割しかすごしていないのに、残りすべてをこの病気とつきあって生きていかなきゃいけない