細菌の遺伝子発現は意外にルーズ？ - 蝉コロン
科学Visualizing high error levels during gene expression in living bacterial cells ? PNAS 細菌は環境への適応が速いことが知られている。理由として単純にすぐ思いつくのは、細菌は個体数がとんでもなく多いだろうし、そん中には変異したのもいろいろいるだろうし、環境の変化に対してもたまたま適応した変異株がまた爆発的に増えるだろうから、的なこと。ここで、新しい考えが出てきた。Bacillus subtilis枯草菌での研究で、低温や飢餓状態、毒物にさらされた時といった特定の条件下では遺伝子発現がDNAのコード通りに働かないでエラーを起こしやすくなり、タンパク質の多様性を増やすのだという。 筆者らは遺伝子発現のエラーを可視化・定量化できるような実験系をデザインした。GFPに予め変異を入れておく。読み枠をずらすframe
偏頭痛の遺伝子 - 蝉コロン
みんな偏頭痛とかなったりするかい。僕はいわゆる週末頭痛とかいうのに悩まされることがたまに。お腹もそんなに強靭というわけではなく*1、ちびまる子ちゃんの胃腸が弱いクラスメートみたいだったりもするのだけれど、腹痛より頭痛の方がなんとなく恐怖を感じたりしないか。頭痛の方が原因やメカニズムや顛末がいまいち想像できないからかな。 さて、遺伝子変異が片頭痛発症に影響 （ナショナルジオグラフィック 公式日本語サイト） - Yahoo!ニュース Genome-wide association study of migraine implicates a common susceptibility variant on 8q22.1 : Nature Genetics 偏頭痛について初めての遺伝的なリスクファクターが明らかになった。国際頭痛遺伝学コンソーシアムってのがあって、40カ所の研究所の協力で行われた
モルモットはげっ歯類で無いかもしれない - 蝉コロン
動物という話を10年くらい前に聞いたのだけれども、あれはどういう事だったのかな、今ではどうなってるのかなと思い調べてみました。げっ歯類。ちゃんと言うとげっ歯目/ネズミ目なのかな。歯が出ている奴らです。モルモットは一応歯が出ていますが、仲間でないかもしれないとはいったいどういうことなのでしょう。 ネズミ目はネズミ亜目、リス亜目、ヤマアラシ亜目に分かれる。マウス、ラット、ハムスター、そしてビーバーなんかはネズミ亜目。リス亜目はリス。ヤマアラシ亜目はモルモット、カピバラ、ハダカデバネズミなんかがいる。 「門歯が伸び続ける」がこの目の定義ということになるのかな。ウサギがかつて門歯が伸び続けることからネズミ目の仲間だったのだけれども、その後に別の身体的特徴からウサギ目へと独立したそうだ。そして同じようにモルモットもネズミ目からの独立を叫んだのだけれども、それは1991年に出た"Is the guin
産後うつとホルモンバランス - 蝉コロン
社会産後うつの原因の一つとして「ホルモンバランス」が言われているけども、「ホルモンバランス」ってのもざっくりとした言い回しだなと思ってもう少し調べてみました。 前提となる情報として、副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモンCRHは精神的ストレスで増加し、名前の通り副腎皮質刺激ホルモンACTHの下垂体からの分泌を促し、副腎皮質刺激ホルモンは副腎皮質から糖質コルチコイドの分泌を促進する。通常ACTHおよびCRHの分泌は糖質コルチコイドからのネガティブフィードバックによって抑制される。なんらかの原因でこのフィードバックが働かなくなって生じる慢性的な糖質コルチコイドの分泌過剰とうつとの関連が指摘されている。 それで、CRHは視床下部から分泌されるのだけれども、それとは別に妊娠している女性の胎盤からは胎盤由来副腎皮質刺激ホルモン放出ホルモン (pCRH)が分泌されている。 妊娠中の血中pCRHを測定すれば産
紅葉した葉を緑に戻す絵描き虫 - 蝉コロン
科学絵描き虫、「三度の飯より絵を描くことが好きな人」という意味では無い。英語だとleaf miner「葉っぱの炭鉱夫」と呼ばれている。幼虫が葉に潜り込んで中の葉肉組織だけを食べるというタイプ。表皮はそのまんまなので外から見ると、幼虫の通り道だけ跡が残ってラインを引いたように見える。字書き虫とも言うそうだ。ハエ、ガなどにこういう生活様式な種類がいる。by Alan Vernon Bacteria Bring Leaves Back From the Dead - ScienceNOWリーフマイナーなガの一種であるPhyllonorycter blancardellaの幼虫。こいつは秋に黄色くなった林檎の木の葉っぱに潜っているのだけれども、その部分は緑色に変わるのだ。この"グリーンアイランド"なとこは実際に光合成活性がある。つまりこの幼虫は紅葉した葉を緑に戻して食べられるようにする技を持つのだ
HIV予防にブレークスルー - 蝉コロン
HIV感染防ぐ膣用ジェルの開発に大きな進展、米科学誌 国際ニュース : AFPBB News まあ記事タイトル見たときは、つい最近のバナナにHIV予防成分 - 蝉コロンみたいなもんかなくらいに思っていたら、Science誌のホットトピックだった。Science/AAAS | Science Magazine: Prevention of HIV Infection in Women。ScienceExpressなのにFree accessになってる。けっこう本気か。 調査の対象は南アフリカKwaZulu-Natalって所のHIVに感染してない18から40歳の女性。Tenofovirジェルの効果をplaceboジェルと比較して調べている。30ヶ月間の追跡調査。Tenofovirはレトロウイルスの逆転写酵素阻害剤でこれ自身は以前から使われている。この辺も薬剤の開発と耐性株出現の追いかけっこなん
数学者もスペインの勝利を予言していた - 蝉コロン
ぼやぼや… that could rival the psychic octopus.Mathematical formula predicts clear favourite for the FIFA World Cup, Queen Mary, University of Londonvia Mathematical formula predicts clear favorite for the FIFA World Cup先週末の記事。ロンドン大学の数学者Dr. Javier López PeñaとDr. Hugo Touchetteが、スペインが勝つことを「数学的に」予測していましたので紹介。 それまでの全試合からパスのデータを集めて、グラフ理論っていうので、パスの「ネットワーク」を解析した。それぞれの選手のcentralityをスコア付けしている。その人がいないと困るネットワーク
低酸素適応ゲノム - 蝉コロン
科学, ゲノムGenes for High Altitudes -- Storz 329 (5987): 40 -- Science人類はまあいろんなところに住んでいるわけですが、エクストリームな環境の一つが高山地帯で例えばチベット高原。標高3500から4500mの所にチベット民族が住んでいます。常に酸素が薄い環境。そこに住んでいる人なら低酸素に適応する遺伝子変異があるんじゃないかということで、チベット人のゲノムを調べました。 この研究、Scienceに2グループから同時に出ていて*1、先に紹介する方は米ユタ大学と中国青海大学の共同研究で、後者はゲノム解析で飛ぶ鳥を落とす勢いの中国BGI。結論としては、低酸素誘導性因子hypoxia-inducible factor (HIF)のサブユニット、あるいはそのpathwayに関与する遺伝子が低酸素適応と関連するものとして見つかった。HIFについ
たった1つの論文のおかげでインパクトファクターが2.0から49.9 - 蝉コロン
ぼやぼやインパクトファクターに悩まされる日々(でもないか)ですが、皆様如何お過ごしでしょうか。 Metrics: journal’s impact factor skewed by a single paperActa Crystallographica Aという雑誌。2008年のIFは2.051で、最近公表された2009年は49.926。おととし以前は最大でも2.3だった。ちなみにCell、Nature、ScienceのIFは30前後です。この雑誌のIFが跳ね上がった原因は、どうやら"A short history of SHELX" (Acta Crystallogr. A vol. 64, 2008)という論文が5,624回も引用されたせいらしい。同じ号のそれ以外の論文はせいぜい3回。 当該論文は見てないけど、SHELXというのは「X線回折データをもとに結晶構造決定を行うためのソフト
エイリアンのDNAを作ってみる - 蝉コロン
科学さっきテレビでやってた映画エボリューションで、エイリアンは10種類の塩基を持っているとされていました。一応書いておくと、我々地球上の生物は4種類の塩基です。AGCT。エイリアンは10種類もあるから進化が早いのだというお話でした。どういう理屈でそうなるのか知りませんが、実際に、この地球上において、塩基の種類を増やしてみようと思っている研究者がいます。 横浜理研の生命分子システム基盤研究領域核酸合成生物学研究チーム、平尾一郎先生の研究室では、新規の人工塩基対を開発しています。AとT、GとCに加え、ﾌﾆｬﾗﾗとﾎﾆｬﾗﾗの第三の塩基対を生み出す仕事。最初は新塩基の名前XとYとかだったみたいだけど、研究者がいろいろ作りすぎてもう1文字で表せなくなったので最新のはDsとかPaとかだそう。ちなみにこの新しい塩基対DsとPaはカタチ的にいい具合になってて水素結合してないそうですよ。あんなん別にいらん
コンピューターはクラッシュする。生物はしない。話のわかるやつだ。 - 蝉コロン
科学Linux vs. Genome in Network Challenge | Wired Science | Wired.comコンピューターのシステムは脆弱である。生物は頑強だ。エヘンエヘン。no titleゲノムをOSと見立てて、大腸菌(E.coli)とLinuxの情報ネットワークを比べてみた。 大腸菌の転写制御ネットワークはピラミッド型。少数のマスタースイッチ的な遺伝子がトップにあって、中腹にmiddle managersがいて、裾野には互いにindependentに働く多くの機能が存在する。Linuxのコールグラフ(プログラムコードのネットワーク)はどちらかというとひっくり返ったピラミッドであたまでっかち。トップにたくさんのプログラムがあって、そんなに多くないサブルーチンを呼び出している。モジュールがいっぱいあって高度にオーバーラップしている。船頭が多くてワーワー言ってるうち
感染症とマニュアルと政府 - 蝉コロン
関連：Togetter - まとめ「口蹄疫における政府批判に対する雑感」、Togetter - まとめ「「口蹄疫における政府批判に対する雑感」の補遺」 新型インフルエンザも口蹄疫も稀だけどいつかは来る感染症なので、それに備えて専門家らが指針ガイドラインを作ってます。今回の口蹄疫はまだ進行中の出来事で全然総括出来る段階に無いので、新型インフルエンザについて過去に起きたことを紹介したいと思います。 医療従事者ら備蓄ワクチン事前接種へ 新型インフル対策で６０００人 - MSN産経ニュース2年前の記事です。忘れている人もいるかも知れないけれど、去年ブタの新型インフルエンザが実際にやってくる前までは、トリインフルエンザに対する懸念が高まっていました。そこで、舛添要一厚労相は１５日、国家が備蓄しているワクチンの一部を医療従事者や検疫担当者ら約６０００人に事前接種する方針を明らかにした。１６日に開かれる
マウスの表情から痛がりぶりを読み取る - 蝉コロン
Access : Coding of facial expressions of pain in the laboratory mouse : Nature Methods 以前にマウスの尾静脈注射をする必要ができた。静注は基本といえば基本だけど習熟にはそれなりの練習が求められる技術で、学部時代に実習でやった時はまるっきり失敗だった。そんでまあtips的なのもいろいろ存在してて、そのひとつとして血管を見やすくするためにネズミのしっぽをお湯につけて怒張させたりする方法がある。このときお湯が50℃(テキストによっては55℃)を超えてるとネズミがやけどします、という注意書きもあった*1。それでぼやぼやとネズミにとってのいい湯加減ってどの辺だろうなあと夢の世界に旅立ったりしたものだ。ソロモンの指輪があれば「熱くない？」とか聞けるのに。「お風呂入る？」「いんや、入らない」 さてNature Meth
ダンゴムシゲノム - 蝉コロン
ぼやぼやお便りをいただきました。先日、三歳になる娘が庭で大きな石をひっくり返し「ダンゴムシがいるよかわいいねえ」と捕まえて見せてくれましたがどう見てもワラジムシです。いくらつついたところで丸まりません。嗚呼、ダンゴムシでいてくれたら。 そこで思ったのですが、ダンゴムシがクルッと丸まれるのに必要な遺伝子って何なのでしょう？とてもよく似ているのでダンゴムシ引くワラジムシをやれば丸まる遺伝子が見つかるのではないかと思うのですが。 これってNature、Scienceの種になりませんか？P.N. 便所虫便所虫さん、ありがとうございます。ダンゴムシとワラジムシのゲノムを比較してみたいですよね。あるいはcDNAのサブトラクションとか。なにか怪しげな遺伝子が見つかるかも。発生過程での遺伝子発現プロファイルまで見ないと決定的な因子はわからないかもしれないですけど。 ダンゴムシゲノムとか調べられてないのかな
極寒の地に生きていたマンモスの蛋白質を再現 - 蝉コロン
科学, ゲノムScientists Untangle Woolly Mammoth Genome - ScienceNOWNature Geneticsで報告された。Substitutions in woolly mammoth hemoglobin confer biochemical properties adaptive for cold tolerance : Nature Genetics : Nature Publishing Group研究チームはマンモス(woolly mammoth)のヘモグロビンに着目した。ヘモグロビンは御存知の通り、血中で酸素を運搬する役割を持つ。酸素分圧の高い肺で酸素と結合し、酸素分圧の低い末梢組織で酸素を放出する。ヘムの脱酸素が吸熱反応だから低温環境だと放出できず、細胞に酸素を受け渡す能力が落ちる。つまり寒いとエネルギー効率が悪い。 シベリアの永久
査読とはいったい・・・・・うごごごごご - 蝉コロン
ぼやぼやこないだ話題になった某論文が一向に掲載されないので毎日PNASをチェックしてたらやっとでた。それはそれとしてPNASの論文見ててふと気づいたのが、Editorのところの注釈「*This Direct Submission article had a prearranged editor.」あれ、こんなの前からあったっけ？ PNAS。Proceedings of the National Academy of Sciences USA。新聞記事だと「米科学アカデミー紀要」とか表記されることもある。最近はPLoS ONEにその座(どの座？)を奪われつつあるけど、面白げで新聞受けの良さそうな論文が載ったりする( ジャーナリズムはPLoS ONEがお好き？ -朝日新聞編- - かたつむりは電子図書館の夢をみるか)。 PNASはIF*1がすごく高いというわけではないけれど、総合誌という見方で
ヒトとネアンデルタール人は交配してたかも - 蝉コロン
科学Neanderthals may have interbred with humans : Nature Newsニューメキシコで行われたannual meeting of the American Association of Physical Anthropologistsで。形質人類学会。 ご存知のようにネアンデルタール人は我々人類の直接のご先祖というわけじゃなくて、我々の祖先と共存していた時代があるらしい別系統の人類であることがわかっている。今回、DNA解析によりネアンデルタール人とヒトは交雑していた可能性が示された。我々のゲノムにその痕跡があるという。 研究者らはアフリカ、ヨーロッパ、アジア、オセアニア、アメリカからの99人種1983人のマイクロサテライトのデータから系統樹を作ってみた。するとネアンデルタール人との交雑が2回起きたとすると最も説明がつくんじゃないかっていう結果
Ph.D.コースはなんのためにあるのか？ - 蝉コロン
ぼやぼや以前のNatureの論説Do scientists really need a PhD? : Article : Natureに対するcorrespondenceがいくつか出ています。元の論説記事では、最近躍進が目覚ましい中国のゲノム研究所BGIの事情を紹介しています。中国では数百人の大学卒業生がそのままBGIに入り、バイオインフォマティシャンとして働いているようです。これは単なる技術補佐員ではなく、論文の1st authorになったり学会に出たりもするみたい。こういう過程を経ていっぱしの研究者になれるんだったらドクターコースいらなくね？ちゅう話。イケイケの中国は研究者の促成栽培もしてるんですねえ。 ところで中国のBGIって国の機関じゃ無いの？と思ったら"The Institute has both a private and a public character."という記述がW
トリュフゲノム - 蝉コロン
科学先月末にオンライン版は出ていたようだが、トリュフゲノムが解読された。黒トリュフ。Perigord black truffle genome uncovers evolutionary origins and mechanisms of symbiosis : Article : Natureタイトルのペリゴールってのは、フランスの地名でフォアグラ、トリュフ、ワインが有名なんだって。 トリュフはこれまでに解析された真菌で最も大きく複雑な125Mbのゲノムである。解析の結果、そのうち58%がトランスポゾンだったんだって。うぜえ。タンパクをコードする遺伝子は7,500ほど。ファミリーになってる遺伝子は少ない。トランスポゾンばっかり飛び回ってて、遺伝子のduplicateは少ないんだな。 菌やら植物やらの性について全く無知で*1、雌雄同株の子嚢菌であるところのトリュフはさらにややこしくて（wi
マスクをしないで挑むインフルエンザウイルス - 蝉コロン
科学How 1918 flu antibodies fend off swine flu : Nature Newsより。 H1N1インフルエンザは2009年パンデミックインフルエンザソ連型の季節性インフルエンザ1918年パンデミックインフルエンザ（スペインかぜ）が知られている。このうち、1918株*1と今回の2009株は似ていて、お年寄りは2009株にも対応出来る抗体を持っているらしい、って話は御存知の通り。マウスの実験でも、1918株ワクチンは2009株にも効くし、逆もまた然りということが確かめられている。 （この段落、前のエントリ*2の使い回し）ウイルスv.s.免疫機構は、ウイルス表面の抗原を認識できる抗体があるかないかの勝負になる。ウイルスは自分の情報を書き換え続け、免疫はウイルス情報をアップデートし続ける。H1N1についてヒト集団の持っている抗原情報は大昔のスペインかぜウイルスの
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