JR九州は4月17日、翌18日の運行計画(17日18時時点)を発表した。九州新幹線や熊本県内の在来線を中心に、引き続き運転を見合わせる。 発表によると、脱線事故が発生した九州新幹線は全区間で終日運転を見合わせる。JR九州は「脱線車両の復旧のほか、被害のあった設備等の調査・復旧に努めていますが、余震が続いていることもあり、復旧の目途は立っておりません」としている。 在来線は、豊肥本線熊本~豊後竹田間や肥薩線八代~吉松間、三角線宇土~三角間で終日運転を見合わせる。鹿児島本線は鳥栖~荒尾間で本数を減らして運転。荒尾~熊本間は初発から運転を見合わせる。熊本~八代間は終日運転を見合わせる。 線路内に土砂が流入した豊肥本線の再開について、JR九州は「かなりの時間を要する見込み」としている。同線は水害による長期不通が過去に何度か発生しており、最近では2012年7月の九州北部豪雨で線路が流出。宮地~豊後竹
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