『R でバイナリを読む』で, R でピーク検出すればベースコールができるという話を書きました。 R には Peaks というパッケージがあり,ピーク検出が容易にできます。これを用いてベースコールを行ってみます。 いま chromat にはシークエンサーが読み取った蛍光強度の時系列データが入力されているとします。ピーク検出は SpectrumSearch で行えます。 # install.packages("Peaks") library(Peaks) peak.A <- SpectrumSearch(as.numeric(chromat$A)) ここで, peak.A$pos には,ベクトル chromat$A の検出されたピークの位置 (ベクトルのインデックス) が含まれます。したがって, AGCT のすべての塩基でこれを繰り返し, インデックス順にソートすれば,そのまま塩基配列になりま