まず環境 os leopard ruby ruby 1.8.6 (2007-09-24 patchlevel 111) [i686-darwin9.2.0] rubyはportsでいれたやつとデフォルトで入っているものがあり、 which ruby すると/opt/local/bin/rubyなのでportでいれた方が実行されている。 現象 $ irb irb(main):001:0> require 'osx/cocoa' LoadError: no such file to load -- osx/cocoa from /opt/local/lib/ruby/site_ruby/1.8/rubygems/custom_require.rb:27:in `gem_original_require' from /opt/local/lib/ruby/site_ruby/1.8/rubyge
ここ数年の間に、次世代シーケンサを利用した研究が多くなってきた。 Transcriptome解析、SNP解析、ヒストン修飾やDNAメチル化。 次世代シーケンサの登場のより、ゲノム全体における転写や複製などの 細胞内プロセスの概観が明らかになってきた。 そういった技術の進歩とデータ量の増加にともないNCBIやEBIなどでは 次世代シーケンサが作り出す大量配列データのデータベースが開発された。 そのひとつがNCBIのShort Read Archive(SRA)である。 使い方を簡単に説明すると、 NCBIトップページでSRAを選択。 IDやキーワードを入力。 ヒットしたエントリーの概要とRUNごとのStatisticsが 表示される。 各エントリの右上のリンクをクリックするとFASTQ形式(標準FASTQ形式) のシーケンスファイルがダウンロードできる。 またNCBIからAsperaをインス
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