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2009年10月30日のブックマーク (7件)

  • Bowtie: An ultrafast, memory-efficient short read aligner

    Bowtie is an ultrafast, memory-efficient short read aligner. It aligns short DNA sequences (reads) to the human genome at a rate of over 25 million 35-bp reads per hour. Bowtie indexes the genome with a Burrows-Wheeler index to keep its memory footprint small: typically about 2.2 GB for the human genome (2.9 GB for paired-end).

  • Cerebral Mastication » Blog Archive » Kicking Ass with plyr

    I was recently asked about using sympy in Python to print \(LaTeX\) formulas in RMarkdown notebooks. I misunderstood the question at first but after some thought I realized that I didn’t know if it would work… but I should try it. Yes, printing elements of a matrix. So it's due to the prog languages' differences ( R vs Python), not rmarkdown vs Jupyter Notebook? pic.twitter.com/Any4qIDHS7 — Eyayaw

    ma_ko
    ma_ko 2009/10/30
    plyr
  • Getting a job at the University of Akron could require a DNA sample

  • 全文検索エンジン Miniseをリリース + WEB+DBで全文検索の特集記事 - DO++

    全文検索エンジンの Minise: MIni Search Engineをリリースしました. このエンジンは全文検索の基的な機能をサポートしたもので,索引手法は逐次検索(索引無),N-gram,転置ファイル,接尾辞配列をサポートしており,そこそこ最適化を行ってます.Wikipedia語版を実験で使ったもので20万文書で構築時間が500秒前後,検索時間が一クエリあたり数msとなっています. BSDライセンスで公開しています. 割りきって,機能を絞ってシンプルな構成にしていますので改造したりしやすいようになっています。まだ、ドキュメントはないですが、C++ APIとして利用しやすいようにもなっていますので、研究用途などで新しい索引やランキングとかでの利用も想定しています(実際に研究用で使ってます). --- 今回の全文検索ライブラリを開発する機会になったのが,私が担当した今月号のWEB+

    全文検索エンジン Miniseをリリース + WEB+DBで全文検索の特集記事 - DO++
    ma_ko
    ma_ko 2009/10/30
    "Wikipedia日本語版を実験で使ったもので20万文書で構築時間が500秒前後,検索時間が一クエリあたり数ms"
  • 3日で作る高速特定物体認識システム (2) SIFT特徴量の抽出 - 人工知能に関する断創録

    3日で作る高速特定物体認識システム (1) 物体認識とは(2009/10/18)の続きです。 今回は、画像からSIFT (Scale-Invariant Feature Transform) という局所特徴量を抽出するところを作ってみようと思います。 SIFT特徴量の抽出 まずは、局所特徴量の代表ともいえるSIFTを試してみます。OpenCVにはSIFTを抽出する関数がなかったのでRob Hess氏がC言語で実装したライブラリを試してみます。内部でOpenCVを使っているので事前にOpenCVのインストールが必要です。実装はOpenCV 1.1でされているみたいですが、2.0でもちょっと手直しすると動きました。Rob Hess氏のホームページからSIFT Feature Detectorのzip版を落とします。 (注)Hess氏のサイトが更新されたようで現在はGitHub上のOpenSIF

    3日で作る高速特定物体認識システム (2) SIFT特徴量の抽出 - 人工知能に関する断創録
    ma_ko
    ma_ko 2009/10/30
    "画像からSIFT (Scale-Invariant Feature Transform) という局所特徴量を抽出する"
  • D40 LPF面についた ゴミ清掃 : デシタル一眼撮影中

    September 06, 2007 D40 LPF面についた ゴミ清掃 このカメラはホントにゴミが付きにくく しかも・・付いても目立たないですね 購入して8ヶ月・・・ブロア吹いたのは購入一ヶ月目とあと1回位・・・・ 無水エタノールでの清掃は1回も無し 実際ゴミを発見したのは1回です。 まあ・・撮影枚数は少ないですが・・・ って事で・・・・ 3回目?のブロア清掃を・・・ 私はこんな感じでやってます。 ※各画像はクリックで拡大画像が見られます 1)先ずは、ゴミの有無を確かめる為に、 1枚撮影します 撮影の為のカメラ側の設定をします ・レンズはキットレンズで構わない ・焦点距離はテレ側(55mm側)にする ・レンズのA/M切り替えを『M』にし、 ピントを∞にする (∞側を間違えない様に・・・・) ・カメラのダイヤルはAにし、絞り込む (今回はF22にしました) ※補正が+0.7入ってますが、戻

    D40 LPF面についた ゴミ清掃 : デシタル一眼撮影中
  • 一眼レフカメラを使いこなすための入門ブログ

    オンラインスロットには人気の映画をテーマにしたゲームが数多くあります。 この記事では日で人気を博した洋画がテーマのスロットゲームを9紹介します。 映画をテーマにしたスロットの配信会社 映画をテーマにしたオンラインスロットゲームを開発し、配信するには、正式なライセンスを配給会社から取得する必要があります。 そのため、PlaytechNetEnt、Microgaming、IGTなど、この記事で名前が挙がっているオンラインスロットゲーム制作会社はどれも評判が良い大手の会社です。 これらの会社は映画テーマのスロット以外にも数多くの良質ゲームを制作・配信しているので、他のスロットもぜひ試してみましょう。最もおすすめのオンラインカジノスロットを専門家が徹底比較したレビューはこちらを参照してください。人気のスロットが見つかります。 『キングコング』 巨大類人猿キャラクターが猛威を振るう1933年の