NMF
NMF# class sklearn.decomposition.NMF(n_components='auto', *, init=None, solver='cd', beta_loss='frobenius', tol=0.0001, max_iter=200, random_state=None, alpha_W=0.0, alpha_H='same', l1_ratio=0.0, verbose=0, shuffle=False)[source]# Non-Negative Matrix Factorization (NMF). Find two non-negative matrices, i.e. matrices with all non-negative elements, (W, H) whose product approximates the non-negative
Generalized additive models (GAMs)? · Issue #3482 · scikit-learn/scikit-learn
Hello there, Thanks for making this fantastic library. I use it every day in my bioinformatics research. We're developing a toolkit for single-cell RNA-seq analysis (http://github.com/yeolab/flotilla) and want to add all current state-of-the-art analyses. Unfortunately, most of these are in R. I can reimplemement some of them, but they rely on certain R packages, in particular VGAM, aka Vector Gen
高次元データの次元削減および2次元プロット手法 - Qiita
はじめに 本記事はPython2.7, numpy 1.11, scipy 0.17, scikit-learn 0.18, matplotlib 1.5, seaborn 0.7, pandas 0.17を使用しています． jupyter notebook上で動作確認済みです．(%matplotlib inlineは適当に修正してください) SklearnのManifold learningの記事を参考にしています． 多様体学習と言われる手法について，sklearnのdigitsサンプルを用いて説明します． 特にt-SNEはKaggleなどでもたまに使用されている，多次元データの可視化に適した手法です． また可視化だけでなく，元のデータと圧縮されたデータを結合することで，単純な分類問題の精度を向上することができます． 目次 データの生成 線形要素に注目した次元削減 Random Proj
numpy, scipyでOpenBLASを使う - Qiita
>>> import numpy >>> numpy.show_config() lapack_opt_info: extra_link_args = ['-Wl,-framework', '-Wl,Accelerate'] extra_compile_args = ['-msse3'] define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 3)] blas_opt_info: extra_link_args = ['-Wl,-framework', '-Wl,Accelerate'] extra_compile_args = ['-msse3', '-I/System/Library/Frameworks/vecLib.framework/Headers'] define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 3)] にて確認する． 調べた結果，upda
【NumPy / SciPy】Pythonでデータの標準化 |
NumPyの mean と std を使う方法。 In [1]: import numpy as np In [2]: x = [1,2,3,4,5,6,7,8,9] In [3]: x_copy = np.copy(x) In [4]: x_std = (x_copy - x_copy.mean()) / x_copy.std() In [5]: x_std Out[5]: array([-1.54919334, -1.161895 , -0.77459667, -0.38729833, 0. , 0.38729833, 0.77459667, 1.161895 , 1.54919334]) In [6]: np.mean(x_std) Out[6]: 0.0 In [7]: np.std(x_std) Out[7]: 1.0 mean, std を使った方法は Pandas でもできる
Scipyの疎行列を使った文書間コサイン類似度の計算 – はむかず！
私のブログが引用されているこんな記事 (未解決)大規模疎行列のコサイン類似度 – studylog/北の雲 を見つけたので乗っかってみる。しかも、未解決って書いてあるし。 文書群データが疎行列\(A\)で与えられているとする。ここで、各行が文書を、各列が語を表しているとする。ここで文書間のコサイン類似度を総当りで計算したいものとして、その方法を示す。 \(A\)の各行をベクトルと見てL2ノルムで正規化したものを\(\tilde{A}\)とすると、コサイン類似度を示す行列は \[ \tilde{A} \tilde{A}^T \] で計算できる。 では\(\tilde{A}\)をどう計算するかだが、ブロードキャスティングを使ってインプレイスで求めるのがいいかと思う。以下にサンプルコードを示す。 from scipy.sparse import lil_matrix import numpy a
非線形SVMとscikit-learnによる実装 - Qiita
以前（というか昨年のAdvent Calender）線形SVMについて書かせていただいたのですが、非線形の部分に触れられずに終わってしまったので、今回は続きということで非線形SVMについてまとめてみようと思います。 前回の記事は以下になります。 線形SVM(Machine Learning Advent Calendar 2015) 非線形SVMとは 前回の線形SVMでは、データ集合の実空間上に線形な境界を設けることで、データ集合を２つのグループに分類していました。 例えば、二次元空間上に存在するデータ集合を２つのグループに分類したいとき、線形SVMを使えば両グループが最も乖離する位置に線形な境界（超平面）を定義でき、データ集合を2分することができます（なおこのときのデータ集合は訓練集合であり、各データの正解ラベルはわかっているものとします）。 （同じ色の点は、同じグループのデータであるこ
scikit-learnで Non-negative Matrix Factorization(NMF) - Qiita
NMFは次元削減の手法であり､レコメンドの精度を高めることができるといわれています。 機会学習ライブラリのscikit-learnでもNMFを簡単に使うことができます。 今回は､具体例を用いて試して､NMFを直感的に理解することが目的です。 「Matrix Factorizationとは」という記事がわかりやすいです。 NMFとは レコメンドとしてのMatrix Factorizationについてざっくりと理解するには､英語ですが､以下の資料がわかりやすいです。 Matrix Factorization Techniques For Recommender Systems このスライドにある図を引用しながら軽くイメージを説明します。 NMFの手法が一躍有名になった､Netflix Prizeを想定し､ユーザーとその人がどの動画に何点の評価をつけたかを表す行列が与えられるとします(左のRat
NumPy・SciPyを用いた数値計算の高速化 : 応用その1 - Qiita
対象 Python及びNumPy初心者に向けて書いています. 「C言語は使えるけど最近Pythonを始めた」とか「Pythonらしい書き方がよくわからない」に該当する物理系の数値計算を目的とした方には特に有用かもしれません. また, 自分の不勉強のために間違った記述があるかもしれません. ご容赦ください. あらまし 内容はNumPyを用いた数値計算の高速化 : 基礎のつづきです. ndarrayのユニバーサル関数や演算を用いて可能な限りforループを使わずに基礎的な数値計算を実装していきます. 今回からSciPyも仲間に加わります. 以下ではNumPy・SciPyの関数の詳しい実装についてはあまりコメントしていないので, わからないことがあったら是非リファレンスを読んでみてください. 言わずもがな, 車輪の再発明をしないことがとっても大事です. 微分 物理の基礎方程式には微分がつきものです
NumPy・SciPyを用いた数値計算の高速化 : 応用その2 - Qiita
対象 Python及びNumPy初心者に向けて書いています. 「C言語は使えるけど最近Pythonを始めた」とか「Pythonらしい書き方がよくわからない」に該当する物理系の数値計算を目的とした方には特に有用かもしれません. また, 自分の不勉強のために間違った記述があるかもしれません. ご容赦ください. あらまし NumPyを用いた数値計算の高速化 : 基礎 NumPy・SciPyを用いた数値計算の高速化 : 応用その1 の続きになります. 基礎的な数値計算の手法を追っていきますが, 今回は少し発展的な内容も含みます. 代数方程式 / 超越方程式 代数方程式はいわゆる手で解けるふつうの方程式です. 超越方程式は随分大仰な名前ですが, 代数的な手法で解けない方程式のことを指します. 具体的には $$ \sin(x) = \frac{x}{2} $$ こんな子です. この方程式は, 「$\s
NumPy・SciPyによる高速化の実力を見る - Qiita
あらまし 以前の記事でNumPy・SciPyの高速化にまつわる事柄を書きました: NumPyを用いた数値計算の高速化 : 基礎 NumPy・SciPyを用いた数値計算の高速化 : 応用その1 NumPy・SciPyを用いた数値計算の高速化 : 応用その2 ホントに早くなってるの？ちゃんと調べてみましょう. 調査方法 Pythonによるオレオレ実装と比較します. 速度よりシンプルさを重視した実装との比較なので正当な評価とは言い難いかもしれません. Pythonはanaconda3, 時間計測にはIPythonの%timeitを使用します. --実行環境-- OS : Ubuntu16.04 LTS 64bit Python : anaconda3-4.1.1 CPU : Intel Corei5 3550 (4-core / 4-thread) リストの初期化 たとえば行列の初期化です.
Linear algebra — NumPy v2.3 Manual
Linear algebra# The NumPy linear algebra functions rely on BLAS and LAPACK to provide efficient low level implementations of standard linear algebra algorithms. Those libraries may be provided by NumPy itself using C versions of a subset of their reference implementations but, when possible, highly optimized libraries that take advantage of specialized processor functionality are preferred. Exampl
numpy.random.randint — NumPy v1.16 Manual
numpy.random.randint¶ numpy.random.randint(low, high=None, size=None, dtype='l')¶ Return random integers from low (inclusive) to high (exclusive). Return random integers from the “discrete uniform” distribution of the specified dtype in the “half-open” interval [low, high). If high is None (the default), then results are from [0, low). low : int Lowest (signed) integer to be drawn from the distrib
numpy.nan_to_num — NumPy v2.2 Manual
numpy.nan_to_num# numpy.nan_to_num(x, copy=True, nan=0.0, posinf=None, neginf=None)[source]# Replace NaN with zero and infinity with large finite numbers (default behaviour) or with the numbers defined by the user using the nan, posinf and/or neginf keywords. If x is inexact, NaN is replaced by zero or by the user defined value in nan keyword, infinity is replaced by the largest finite floating po
Overview — NumPy v1.8 Manual
Version: 2.2 Download documentation: User guide (PDF) | Reference guide (PDF) | All (ZIP) | Historical versions of documentation Useful links: Installation | Source Repository | Issue Tracker | Q&A Support | Mailing List NumPy is the fundamental package for scientific computing in Python. It is a Python library that provides a multidimensional array object, various derived objects (such as masked
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Scipyでの疎行列の扱い - Qiita
numpy, scipyちょっと遅い気がするって時はblas, lapack, atlasが入っているか見直しましょう - Qiita
https://qiita.com/gash717/items/cea49826f9bd023f2184
http://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/sparse.html
逆引き Numpy / Pandas (随時更新予定) - Qiita
