MISHIMA Method for Inferring Sequence History In Terms of Multiple Alignment ---> HomePage maintained by Kirill Kryukov MISHIMA Alignment server MISHIMAシステムとは 塩基配列を多重整列する新しい方法です。ClustalWなど既存の大部分の方法が採用しているProgressive Alignment法を用いず,配列間で共通な短いユニーク配列(1〜12塩基)を高速に発見し,それらをseeds(種)として長い塩基配列をブロックに分断します。ブロック長が50塩基を越えるときには,同一の探索をそのブロック内だけで行い,新しいseedsを発見してさらに分断します。このアルゴリズムは,塩基配列がお互いにきわめて近縁な場合に特に有効です。たとえば,動物の