MISHIMA Multiple Alignment Server
MISHIMA Method for Inferring Sequence History In Terms of Multiple Alignment ---> HomePage maintained by Kirill Kryukov MISHIMA Alignment server MISHIMAシステムとは 塩基配列を多重整列する新しい方法です。ClustalWなど既存の大部分の方法が採用しているProgressive Alignment法を用いず，配列間で共通な短いユニーク配列（1〜12塩基）を高速に発見し，それらをseeds（種）として長い塩基配列をブロックに分断します。ブロック長が50塩基を越えるときには，同一の探索をそのブロック内だけで行い，新しいseedsを発見してさらに分断します。このアルゴリズムは，塩基配列がお互いにきわめて近縁な場合に特に有効です。たとえば，動物の
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SATé - Simultaneous Alignment and Tree Estimation
