2011年度生物情報科学演習 リファクタリングとデザインパターン
コードのリファクタリングとデザインパターン C++, Javaなどオブジェクト指向の考え方、クラスを上手に使うとコードをよみやすく整理できる場合が多くあります。 プログラムの動作を変えずにコードを整理することをリファクタリングと呼びます。 最初からコードを上手に設計するのは、熟練のプログラマでも難しいものです。少人数で開発する場合は、むしろ積極的にコードをリファクタリングし、アルゴリズムの見通しをよくするとよいでしょう。コードを修正する際にはversion管理ツールを使えるようにしておくと安心です。以前のソースコードの状態にいつでも戻せます。 ソースコードの版管理ツール Mercurialの使い方 http://www.xerial.org/wiki/lecture/2010/Mercurial デザインパターンに関しては、GoF本や結城浩さんの本などを読むと理解はできると思いますが、
MPI – Xerial – Trac
Parallel and Distributed Programming (MPI Programming) written by Taro L. Saito Lecture Page (2006): http://www.logos.ic.i.u-tokyo.ac.jp/~tau/lecture/parallel_distributed/2006/ My presentation slides (PDF) C++ Source Codes Subversion repository: http://www.xerial.org/svn/project/sandbox/trunk/pdp username: anonymous, pass: (empty) To build & run these codes, you require Boost C++ Library and ANTLR
Xerial Wiki: 2010年度 生物情報科学科 情報基礎実験 - Mercurialの使い方
2010年度 生物情報科学科 情報基礎実験 資料 2010年11月5日 この資料のURL http://www.xerial.org/wiki/lecture/2010/Mercurial 担当： 斉藤 太郎 (http://www.xerial.org/leo) Mercurialでソースコードの変更履歴を保存する ソースコードの変更履歴を保存しておくことで、バグをコードに混入させてしまっても、以前のコードに戻すことができます。コードへの変更履歴をすべてデータベース中に保存しておくことができるので、不要なコードを削除したり、クラスの名前を付け替えるなど、大規模なコードの変更も安心して行えるようになります。 例えば、森下研で開発されているゲノムブラウザ(UTGB)のソースコードは十万行を超える大規模なものですが、Mercurialのリポジトリで管理されています。 Google Code
Xerial Wiki: 2010年度 生物情報科学科 情報基礎実験 - STLの使い方
2010年度 生物情報科学科 情報基礎実験 資料 2010年11月2日 この資料のURL http://www.xerial.org/wiki/lecture/2010/STL 担当： 斉藤 太郎 (http://www.xerial.org/leo) STL(Standard Template Library) の使い方 C++には、Standard Template Library (STL) (参考: http://www.cplusplus.com/reference/stl/ , http://www.cppreference.com/wiki/ )という便利なライブラリが備わっており、非常に強力です。STLにあるデータ構造では、以下のものをよく使います。 vector 可変長配列。要素の参照がO(1)。配列の途中への要素の挿入はO(n) deque (double-ende
Xerial Wiki: 2010年度 生物情報科学科 情報基礎実験 - C++プログラムのデバッグ
2010年度 生物情報科学科 情報基礎実験 資料 2010年11月2日 C++プログラムのデバッグ手法 この資料のURL http://www.xerial.org/wiki/lecture/2010/CppDebug 担当： 斉藤 太郎 (http://www.xerial.org/leo) クラスを使ったプログラミング クラスを使う理由は、おおざっぱに コードを再利用したいとき データ構造を作るとき（BitVector, 木構造など） アルゴリズムに必要な変数やメソッドをまとめるとき などです。クラス（オブジェクト）を作るクセをつけておくと、プログラムの細部を効率的に「忘れる」ことができ、プログラムの大きな流れに集中しやすくなる利点があります。また、道具となるクラスをたくさん用意しておくと、複雑な工程が絡み合ったプログラムでも、短い行数でコーディングできるようになっていきま
Xerial Wiki: 課題4 - 2009年度 生物情報科学科 情報基礎実験
External Sortingを実装する 締切： 2010年1月30日 提出先： http://lecture.utgenome.org/exp2009/ このページのアドレス： http://www.xerial.org/wiki/lecture/2009/Report4 ヒント External Merge Sort のアルゴリズム 講義資料中のMultiway Merge Sort Chapter 13: External Sorting Raghu Ramakrishnan, Johannes Gehrke. Database Management Systems. 3rd Edition. 入力： タブ区切りのテーブルデータ primary keyとして使う列番号と、データ型(整数、文字列、染色体名、strand)のリスト 例： (配列名, 染色体番号, s
Xerial Wiki: 2009年度 生物情報科学科 情報基礎実験 - プログラム開発環境の構築
ここでは、C, C++, Javaプログラミング言語の開発環境の構築について説明します。 この資料のWebページ http://www.xerial.org/wiki/lecture/2009/Index 担当：斉藤 太郎 (http://www.xerial.org/leo) C/C++開発環境のセットアップ 以下のうち、どれか一つがインストールできればよいです。最初のうちはVisual Studioがとっつきやすいと思います。プログラミングに習熟してからも十分使える開発環境ですので、今のうちに使い方に慣れておくとよいでしょう。 Windows Microsoft Visual Studio C++ (Express Edition: 無償で利用できる) MinGW (Windowsに移植されたgcc, g++) Cygwin (Windows上で、gccなどのUNIXコマンド
Xerial Wiki: Exception
例外 Java Tutorials: http://java.sun.com/docs/books/tutorial/essential/exceptions/index.html 例外の構文 try, catch, finally Javaでは、プログラムの実行中にエラーが起こったときに、例外クラス(Throwableインターフェースを実装したもの)を投げる(throw)ことがあります。例外がthrowされると、プログラムの流れがとまり、try文中なら、その外側のcatchクローズによって例外が補足されます。 tryブロック中を正常に終了したときも、例外処理を行った後も、finallyクローズ内のコードは必ず１度実行されます。特に必要としない場合は、finally節を省略してもよいです。 try { // throws IOExceptionという宣言をもつメソッドを実行 }
AdaBoost – Xerial – Trac
Boosting Algorithm 2008 Lecture Slides: (pdf) (6/24, 2008) Report Submission Site: http://lecture.utgenome.org/lms2008/ 注意：u-tokyo.ac.jpのアドレスを使った場合、登録確認用のメールが遅れて届くことがあります。参考：ECC メールが届かない。登録だけは早めに済ませておくこと。 How to Submit Your Report First, open http://lecture.utgenome.org/lms2008/ , then click 'New User?' link. Type your student ID number, full name (Kanji is allowed) and e-mail address and push the
Xerial – Trac
[English][Japanese] Xerial Project The goal of the Xerial Project is to develop a freely available native XML database system implemented in both of C++ and Java. The generated products from the Xerial project are licensed under the Apache License Ver 2.0. In order to use or distribute our softwares, please read carefully the detail description of the Apache License. The pronunciation of 'Xerial'
1
リリース、障害情報などのサービスのお知らせ
最新の人気エントリーの配信
j次のブックマーク
k前のブックマーク
lあとで読む
eコメント一覧を開く
oページを開く
xerial: log
Lens – Xerial – Trac
InformationProcessing - PukiWiki
Xerial Wiki: 生物情報科学実験I Java基礎