Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources - Nature Protocols
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Welcome - Cytoscape Wiki
Cytoscape is an open source bioinformatics software platform for visualizing molecular interaction networks and integrating these interactions with gene expression profiles and other state data. Tips_on_using_this_wiki See all pages in this wiki Note: To edit wiki pages, sign up for an account, then add yourself to the editor list. Using Cytoscape Cytoscape_User_Manual: Development draft Example
DAVID Functional Annotation Bioinformatics Microarray Analysis
The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID ) v6.8 comprises a full Knowledgebase update to the sixth version of our original web-accessible programs. DAVID now provides a comprehensive set of functional annotation tools for investigators to understand biological meaning behind large list of genes. For any given gene list, DAVID tools are able to: Identify enriched b
FANTOM 4 | Home Page
Welcome to FANTOM Functional Annotation of the Mammalian Genome FANTOMは、理化学研究所 オミックス基盤研究領域が主催する国際研究コンソーシアムです。これまでに、103,000のマウス完全長cDNAクローンの収集およびアノテーション（機能注釈）を行い、世界中の研究機関へ配布してきました。FANTOMプロジェクトの1,2,3回目においては、ほ乳類細胞において転写されている要素の同定に取り組み、遺伝子の総数に関する概念を刷新するとともに、転写産物の半分以上がタンパク質をコードしないことをつきとめました。FANTOM3プロジェクトではそれに加え、CAGE（Cap Analysis of Gene Expression）法の開発を行い、ゲノムワイドな転写開始点の同定を行いました。その結果、これまでに考えられてきたものよりも遥かに多
Open-bio.jp
オープンバイオ研究会 オープンソースのバイオインフォマティクスプロジェクトを推進 英名 Japan Open Bioinformatics Research Group 通称 Open Bio Japan 略称 (O|B|J) See wiki for details. 目的 海外では、BioPerl, Biopython, BioJava, EMBOSS などバイオインフォマティクス用のソフトウェア開発プロジェクトを円滑に推進するために Open Bio Foundation (OBF) が重要な役割を果たしており、これらのソフトウェアを含む数多くのオープンソースソフトウェアがアカデミック／コマーシャルを問わず広く使われています。しかし、国内ではこれらのプロジェクトに関わっている開発者が少ないことや、日本語ドキュメントの不足からか、まだ十分には活用されていませんし、国際的にも貢献が足りな
講義資料
2009年GCOE特別セミナー (キャリアパス支援テクニカルセミナー) ～転写制御のバイオインフォマティクス入門～ 2009年12月18日、東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター レジュメ PDF版 2009年GCOEテクニカルトレーニングセミナー ～Perlを用いたゲノム・配列解析～ 2009年10月5日～10月9日、東京大学機能解析イン・シリコ分野 レジュメ PDF版 その他の資料 sample.txt sample_list.txt メディカルゲノムサイエンス研究室実習 ～統計ソフトRを用いたマイクロアレイ解析～ 2008年9月9日～9月12日、東京大学機能解析イン・シリコ分野 レジュメ HTML版 PDF版 その他の資料 startxwin startxwin.bat ゲノムリテラシー講座 ～転写制御領域の配列解析入門～ 2008年9月3日、JST-BIRD PDF版 間違いや
GCOE_lec20091218.ppt
誰にでもできる 発現データ解析 東京大学医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 機能解析イン・シリコ分野 田中 義章 転写制御のバイオインフォマティクス入門 2 トランスクリプトーム解析（１） 遺伝子発現量の測定 （次世代シーケンサetc (鈴木先生)） 発現量変化が有意な遺伝子の同定 （田中） アノテーション解析、パスウェイ解析(田中) 発現制御因子の解析（山下先生） 転写制御のバイオインフォマティクス入門 3 トランスクリプトーム解析（２） 発現解析の例 １．薬物処理群vs非処理群 ２．感染細胞vs非感染細胞 ３．異なる細胞種 ４．細胞周期毎の発現量の違い 解析方法 １．マイクロアレイ(Affimetrix, Stanford etc) ２．次世代シーケンサ(Solexa, SOLiD, 454 etc) 転写制御のバ
Tablet : Information & Computational Sciences
Tablet Tablet is a lightweight, high-performance graphical viewer for next generation sequence assemblies and alignments. Visit the download page to get the latest version of Tablet (1.21.02.08; 8th February 2021). Please cite: Milne I, Stephen G, Bayer M, Cock PJA, Pritchard L, Cardle L, Shaw PD and Marshall D. 2013. Using Tablet for visual exploration of second-generation sequencing data. Briefi
Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome - Genome Biology
Software Open access Published: 04 March 2009 Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome Ben Langmead1, Cole Trapnell1, Mihai Pop1 & …Steven L Salzberg1 Show authors Genome Biology volume 10, Article number: R25 (2009) Cite this article Bowtie is an ultrafast, memory-efficient alignment program for aligning short DNA sequence reads to large genomes. For the
NGS Alignment Programs
Software Currently, this page only includes software I am familiar with. Most of them aim for aligning next-generation sequencing (NGS) data and were developed since 2007. I may extend the list when I have time. Several notes: The programs are listed in the alphabet order in each category. Features shown in brackets are optional and may affect efficiency. The version number shown for each program
NGS Surfer's Wiki | HomePage
HomePage TikiWikiのバージョンアップ 【2012.2.29】 NGS Sufer's Wikiで使用しているTikiWikiのバージョンをv5.4からv8.3にアップしました。このバージョンアップにより、セキュリティがより強化されスパム等の不正書き込みをできる限り遮断する設定にしています。 サイト内検索 by googleカスタム検索 メインコンテンツ 初めての方へ シーケンサーの一般論 次世代シーケンサーの概要 DNAマイクロアレイと次世代シーケンサーの比較 シーケンサープラットフォーム(機種)の違い アプリケーションリスト アセンブル (de novoアセンブリ, トランスクリプトームアセンブリ, メタゲノム) トランスクリプトーム解析 (発現解析、スプライシングバリアント解析、ncRNA・smallRNA解析) リシーケンシング解析 (WGS, exome, CNV,
(Rで)塩基配列解析
(Rで)塩基配列解析 (last modified 2024/07/11, since 2010) このページは、RStudio (R含む)で生命科学系のデータ解析を行うためのテンプレート集です。このページに特化したチュートリアル（インストール | についてと基本的な利用法）を一通り実践した上でご利用ください。より一般的なチュートリアルは、教科書の付録ページ(←読込に時間がかからなくなりました)にあるR1.010とR1.020で提供しています(2023/04/01)。 アグリバイオインフォマティクス、@Agribio_utokyo、アグリバイオの教科書、(Rで)塩基配列解析のサブページ What's new? (過去のお知らせはこちら) 生命科学研究のためのデジタルツール入門 第2版（監修：坊農秀雅・小野浩雅）が2024年6月末に出版されています。生命科学分野に参入してきた学生さんに、最新
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Gene Ontology Enrichment Analysis Software Toolkit (GOEAST) -- Homepage
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ZEBRAFISH-BASED QUANTITATIVE AND SYSTEMS PHARMACOLOGY
Volume 39 Issue suppl_1 | Nucleic Acids Research | Oxford Academic
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