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ブックマーク / warbler.hatenablog.com (16)

  • ニセ科学批判をする覚悟 - warbler’s diary

    ニセ科学批判を格的にするには、(相手が相手だけに)自分が泥水をかぶる覚悟でやらないとできません。まともな研究者が相手しない方が良いというのは、そういう部分。分かってはいたけど、やはり大変です。 少しでも私側に落ち度があれば、たちまちそこを巧妙に攻撃されます。逆に私の方が悪質な人物だとされてしまい、法的に対処しようにも、これがなかなか難しいのです。 私もいくつかの失敗を経て、色々と勉強させて頂いております。 悲しいけれど、「人は嘘をつく」というのを前提にしておかないと、特にニセ科学に関わった人達に対しては用心をする必要があります。必ず証拠を残しておかないと、嘘をつかれても後から「嘘だと証明」することができません。 さらに、その証拠を自分で管理しておくことも大事です。細心の注意が必要です。 ニセ科学関係の講演などに参加するのも特に注意が必要です。講演会での出来事について主催者側から嘘をつかれ

    ニセ科学批判をする覚悟 - warbler’s diary
  • 岡山大学が不正調査で画像解析業者に支払った金額 - warbler’s diary

    岡山大学が、医学部から出された論文に対する不正疑義の調査において、論文掲載画像の加工痕跡検証(5画像)と、対となる画像の同一性検証(4組)を依頼した業者に支払った金額が開示されました。(文書20、21) 画像調査及び報告書作成費用として、株式会社イェンドレッド社に支払った金額は、 162万円(税込み)であったことが判明しました。 過去の事例を調べてみましたが、不正調査をした研究機関内で画像解析をしたケースが多く、この解析内容で業者に支払った金額が妥当なものかどうか判断する情報が不足しています。 解析業者の選定には、機密保持性を重視するとして、最初から1社に選定されました。(文書18) よって、他社と比較する「相見積もり」は一度も取られていません。 岡山大学がイェンドレッド社を選定した理由として、画像解析をする高度な技術を持っているとしていますが、その根拠となる資料等を提示して欲しいという私

    岡山大学が不正調査で画像解析業者に支払った金額 - warbler’s diary
  • 理研外部調査委員会報告の内容整理3−STAP論文で不正認定されなかった項目 - warbler’s diary

    STAP細胞論文に関する理研外部調査委員会報告のSTAP細胞に関する解析結果の内容整理をしました。 (*を付けた文章は、私のコメント) 理研外部調査委員会報告の内容整理1−STAP細胞の正体はES細胞 http://d.hatena.ne.jp/warbler/20141230/1419934465 理研外部調査委員会報告の内容整理2−STAP論文の不正認定http://d.hatena.ne.jp/warbler/20150114/1421255558 の続き <ES細胞混入を故意に行ったかどうか> 1)STAP細胞等の作製時にES細胞が混入したか。ES細胞を混入した者を特定できるか。研究不正は認められるか。 (1)ES細胞混入の根拠 ・STAP幹細胞とFI幹細胞はES細胞に由来すると結論。また、いずれもES細胞がSTAP幹細胞とFI幹細胞よりも先に樹立されていた事から、STAP幹細胞と

    理研外部調査委員会報告の内容整理3−STAP論文で不正認定されなかった項目 - warbler’s diary
  • 理研外部調査委員会報告の内容整理2−STAP論文の不正認定 - warbler’s diary

    STAP細胞論文に関する理研外部調査委員会報告のSTAP細胞に関する解析結果の内容整理をしました。 (*を付けた文章は、私のコメント) 理研外部調査委員会報告の内容整理1−STAP細胞の正体はES細胞 の続き http://d.hatena.ne.jp/warbler/20141230/1419934465 STAP細胞の正体がES細胞であると判明し、さらに信頼性のあるデータがほとんど無いという、悲惨な調査結果でした。 前回の調査結果と合わせて、Article論文に3件の捏造と1件の改ざんが認定されました。 杜撰なデータ管理により、オリジナルデータが確認できない事を理由として証拠不十分となり不正認定されなかった疑義が6件ありました。 2015年4月1日から適用される文部科学省『研究活動における不正行為への対応等に関するガイドライン』http://www.mext.go.jp/b_menu/

    理研外部調査委員会報告の内容整理2−STAP論文の不正認定 - warbler’s diary
  • (参考)STAP細胞論文まとめ−Nature Article論文 - warbler’s diary

    ※既に撤回されたArticle論文ですが、先にUPした理研の調査報告書を理解する上での参考用に、STAP細胞の主論文であったこの論文内容をまとめたものをUPしておきます。 (EDと略しているのは、Extended Data Figure) Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12968.html Haruko Obokata, Teruhiko Wakayama, Yoshiki Sasai, Koji Kojima, Martin P. Vacanti, Hitoshi Niwa, Masayuki Yamato & Charles A. Vacanti Author

    (参考)STAP細胞論文まとめ−Nature Article論文 - warbler’s diary
  • 理研外部調査委員会報告の内容整理1−STAP細胞の正体はES細胞 - warbler’s diary

    STAP細胞論文に関する理研外部調査委員会報告のSTAP細胞に関する解析結果の内容整理をしました。 資料:理化学研究所「調査報告」平成26年12月26日 研究論文に関する調査委員会 •調査報告書(全文)http://www3.riken.jp/stap/j/c13document5.pdf •調査報告書(スライド)http://www3.riken.jp/stap/j/h9document6.pdf <解析結果のまとめ> FES1(ES細胞)→STAP-SC FLS, FI-SC CTS, 2Nキメラ, 4Nキメラ, テラトーマ 129B6 F1ES1(ES細胞)→STAP-SC AC129, STAP-SC FLS-T GOF-ES(ES細胞)→STAP-SC GLS 2014年6月の若山教授の記者会見で、私はSTAP-SC作製の時系列を質問し、次の様な考察をしていましたが、どんぴしゃで

    理研外部調査委員会報告の内容整理1−STAP細胞の正体はES細胞 - warbler’s diary
    urashimasan
    urashimasan 2015/01/05
     すばらしいまとめ。/ところで”8番染色体にトリソミー(マウスでは致死)”とあるのは正しい?「キメラ形成能はあるが生殖系列にはならない」では?
  • 2014年6月16日 若山照彦教授の会見メモ - warbler’s diary

    参考として、6月に行われた若山さん会見の質疑応答での、若山さんの応答についてのメモをUPしておきます。 ※その後の解析で、STAP-SC FLSのGFP遺伝子挿入位置が15番染色体ではない可能性が判明しており、この件については別の記事で解説しています。http://d.hatena.ne.jp/warbler/20140712/1405180002 http://d.hatena.ne.jp/warbler/20140710/1404987809 <若山さんの証言など> (参考)FNN 動画 https://www.youtube.com/watch?v=hD3Wd9cpo78 https://www.youtube.com/watch?v=rxS0mEkm7dM https://www.youtube.com/watch?v=wP38ggYR0JM https://www.youtube

    2014年6月16日 若山照彦教授の会見メモ - warbler’s diary
    urashimasan
    urashimasan 2014/09/04
     ”「第三者機関の結果は…価値がない」…「遠藤さんの報告も若山さんが出したデータではないので、そんな事を著者に言っても仕方無い」という返事が理研の先生方から” CDB幹部はもみ消す気満々だね。
  • STAP現象の検証実験に関する会見記録 2014年4月7日と8月27日 - warbler’s diary

    <STAP現象の検証実験> 4/7日と8/27に行われた会見での、質疑応答での検証チーム側の応答の内容について「記録」としてまとめました。 記事が長くなってしまうので記者側の質疑は省きました。 (坪井理事、相澤特別顧問、丹羽プロジェクトリーダー、小保方ユニットリーダーの敬称を略させて頂きました) ※私からの質疑と補足、意見を入れています。 応答の内容は冗長にならないように、全般に要約しています。 実験総括責任者: 独立行政法人理化学研究所発生・再生科学総合研究センター 特別顧問(相澤研究ユニット研究ユニットリーダー兼務) 相澤慎一 研究実施責任者: 独立行政法人理化学研究所発生・再生科学総合研究センター 多能性幹細胞研究プロジェクトプロジェクトリーダー丹羽仁史 [2014年4月7日]検証の実施計画 ・STAP 現象の検証の実施について http://www3.riken.jp/stap/j

    STAP現象の検証実験に関する会見記録 2014年4月7日と8月27日 - warbler’s diary
    urashimasan
    urashimasan 2014/09/03
    4月会見:4Nで”とても微弱”な再構成のシグナル(2Nで派手に出てたのに)・丹羽”ES細胞とTS細胞を混ぜて培養したことがあるが、わずか数日のうちに分離してしまう”
  • 2014年8月27日の理研のアクションプランに関する記者会見の記録 - warbler’s diary

    <研究不正再発防止をはじめとする高い規範の再生のためのアクションプラン> 8/27に行われた会見での、質疑応答での理研側の応答の内容について「記録」としてまとめました。 記事が長くなってしまうので記者側の質疑は省きました。(野依理事長、川合理事、坪井理事の敬称を略させて頂きました) ※私からの質疑とそれに関する補足を入れています。 応答の内容は冗長にならないように、全般に要約しています。 参考動画:FNN https://www.youtube.com/watch?v=a0e8wRkSHN8 野依:(当日配布された資料1. 『「社会のための理研」に向けて改革する』とほぼ同じ内容の話) [資料1に無かった内容について] ・処分に関しては、論文の疑義に関する予備調査の開始に伴い、懲戒委員会の審査を一時停止している段階であるが、調査終了後すみやかに懲戒委員会の審査を再開する。 ・役員に関しては、

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  • ヘンドリック・シェーン事件の経緯 - warbler’s diary

    日、NHKアーカイブスでNHK BSスペシャルの『史上空前の論文捏造』が再放送されました。 論文不正の事例研究として、とても参考になります。 この番組のディレクターである村松秀さんが取材内容をまとめた著書『論文捏造』(中公新書ラクレ)からも引用させて頂き、ヘンドリック・シェーン事件の経緯をまとめました。 <ヘンドリック・シェーン事件の経緯> 1970年8月 ドイツの小さな町に生まれる。 1988年 コンスタンツ大学入学 「シェーンは研究熱心で、いつも夜遅くまで実験をしていた。科学論文をよく読む勉強家だった」 1997年11月 26歳 博士の学位をとる 1998年 27歳ドイツのコンスタンツ大学で博士の学位をとった後、ベル研に契約研究者として勤める。 ベル研は、それまでに11名のノーベル賞を受賞していた名門研究所。 上司のバートラム・バトログ博士は、ベル研の固体物理学研究部門のトップで超伝

    ヘンドリック・シェーン事件の経緯 - warbler’s diary
    urashimasan
    urashimasan 2014/08/21
    再放送8月29日(金)午前1時30分
  • 若山さんの記者会見(2014/6/16)の配布資料にあるPCR解析データ - warbler’s diary

    2014年6月16日の若山さんの記者会見で配布された資料にある、遺伝子解析データです。 (会見後、この解析をした第三者機関は、放射線医学研究所であると判明) 解析に使用したPCRプライマーのDNA配列はまだ未公表です。 若山さんと理研CDBから、より詳しい情報が出されましたのでその部分を書き換えました。(2014/07/22) http://www.ccn.yamanashi.ac.jp/~twakayama/LSHP/press20140722.pdf http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2014/20140616_2/20140616_2_2.pdf <現在までに分かった事> 以下の各DNA電気泳動で使用しているDNAサイズマーカー(M)は、100bp ladder [18番染色体に挿入遺伝子が存在するか?] 18番染色体に挿入遺伝子

    若山さんの記者会見(2014/6/16)の配布資料にあるPCR解析データ - warbler’s diary
    urashimasan
    urashimasan 2014/07/22
     CAG-GFPの他にacrosinプロモーターGFPを含むと。/だとすると下流側のC=Dバンドが出るのは不可解(A-DはC-Dより長いし)。岡部系統は下流側を含んでいないように読めたけど。
  • Nature誌のSTAP細胞論文取り下げ告知文に関する経緯について - warbler’s diary

    若山さんとやりとりした結果、STAP細胞論文取り下げ告知文に関する混乱の経緯が判明しました。 若山さんがNature誌に送った取り下げ理由(5)のSTAP幹細胞の遺伝子解析の結果について説明した英文が誤読を招くもので、それによって若山さんが意図した意味ではない解釈をされたことが原因でした。 以下は、若山さんの説明です。 1. 論文撤回理由書がnatureから出される直前になって、FLSにはCAG-GFPだけではなく、15番染色体上に存在する遺伝子のプロモーターにGFPをつないだものが合わせて導入されている可能性が示唆されました。ですので、第三者機関のCAG-GFP遺伝子は15番染色体上のゲノム配列に隣接していたという調査結果自体は誤りではありませんでしたが、レポーター遺伝子自体が異なっているいう想定外のことが起きていたため、より詳細な解析が必要となりました。 この事態を受けて、私は「15番

    Nature誌のSTAP細胞論文取り下げ告知文に関する経緯について - warbler’s diary
    urashimasan
    urashimasan 2014/07/10
     ”FLSにはCAG-GFPだけではなく、15番染色体上に存在する遺伝子のプロモーターにGFPをつないだものが合わせて導入されている” mycはch.15  (b:id:entry:199893990 b:id:entry:199923046)
  • 6/16の若山教授の会見で判明した事など−STAP細胞がES細胞である可能性について - warbler’s diary

    情報:若山さんは、STAP細胞に関する実験で、キメラマウスの作製とSTAP幹細胞・Fgf4誘導幹細胞の樹立を担当。 この記事で、 Nature Article論文とは、 Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency Nature 505, 641–647 (30 January 2014) | doi:10.1038/nature12968 http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/abs/nature12968.html Nature Letter論文とは、 Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency Natu

    6/16の若山教授の会見で判明した事など−STAP細胞がES細胞である可能性について - warbler’s diary
    urashimasan
    urashimasan 2014/06/20
     時系列からもすり替え説で矛盾なし/RNASeqで使われたtrisomy細胞(子孫できない)はこれとは別なのか、交配データも捏造なのか気になる。/GLSの作製日は2012年1月31日/7/5 追記にも重要情報
  • 石井俊輔氏が責任著者となっている論文に関する疑義を頂きました - warbler’s diary

    理化学研究所の石井俊輔上席研究員が責任著者となってる論文に疑義があるとして、匿名の方から相談されました。 なお、石井氏はSTAP細胞論文の調査委員会委員長をされている方です。 (追記:石井氏は、この疑義が出された後に委員長を交代されました) 相談者から頂いた資料を公開し、他の方々にも検証して頂きたいと思います。 資料(PDFファイル)はこちらです。 石井俊輔氏が責任著者である論文についての疑義 - コピー.pdf 疑義が指摘されている論文は、次の2です。 (1) Oncogene. 2008 Feb 14;27(8):1045-54. Epub 2007 Aug 13. http://www.nature.com/onc/journal/v27/n8/pdf/1210727a.pdf http://www.nature.com/onc/journal/v27/n8/full/121072

    urashimasan
    urashimasan 2014/04/26
     実行犯や(存在すれば)指示した人物は一発退場になるべきだが。/ 幼稚な捏造だから指摘できるのであって、はじめからやる気でノートも作ってたら見破れないよね。
  • 「研究不正」をどう防ぐか<上> - warbler’s diary

    WEBRONZAより転載、加筆。 http://astand.asahi.com/magazine/wrscience/2013082000008.html 研究不正、特に論文の捏造は重大な問題であり、学問への信頼を揺るがせるものです。発覚するしないに関わらず、不正を行った人だけではなく周囲の人達も巻き込んでいきます。 最も深刻なのは、論文データの捏造は誤った結論を導くことで、その分野の研究の進展を妨げる悪影響を及ぼすことです。自説に沿うように修正したデータは、例えその研究者が「正しい結果はそうなるはず」だと思っていても、確かめられた「事実」とは違うものです。私の知人は大学院時代に研究テーマを設定した際に参考にした論文に捏造があり、実験がどうしても上手く行かずに悩みながら2年ほど足踏みをしてしまいました。参考にした論文が、まさか捏造であったとは思わずに、自分の未熟さのせいで上手く行かない

    「研究不正」をどう防ぐか<上> - warbler’s diary
    urashimasan
    urashimasan 2014/03/04
     ”有力なジャーナルを狙うタイプ:著名な研究者との共著にすることで、その信頼のご威光を借りることにより、再現性がなくても追試をした人の技術力不足ではないかと思わせて見逃される。”
  • ある大学で起きた研究不正についての実例 - warbler’s diary

    ここで紹介する実例は、 第36回日分子生物学会で開催された 理事会企画フォーラム「研究公正性の確保のために今何をすべきか?」 http://www.aeplan.co.jp/mbsj2013/mbsj_forum.html の、第1セッションと第5セッションで話題提供させて頂いたもので、その時の原稿をUPします。 私はサイエンスライターとして研究不正の調査をしており、このケースもその過程で知りました。最初にお断りしておきますが、私はフリーのライターとして独立して活動しており、大学や企業には所属しておらず、分子生物学会の会員でもありません。こうした利害関係のない立場からこの企画に協力しました。 ある論文不正事件の関係者を匿名でAさんとしてお話します。 Aさんからは、「私は不正の当事者でもありますので、特定の個人や機関に対する批判や断罪などできる立場ではありませんが、自分の経験が皆様のお役に

    ある大学で起きた研究不正についての実例 - warbler’s diary
    urashimasan
    urashimasan 2013/12/09
    "B教授は今年度も新たに科研費を獲得して研究を継続しています" うわあ
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