1982年、中国政府の鄧小平ならびに中国共産党中央委員会が、全国に日本の中国侵略の記念館・記念碑を建立して、愛国主義教育を推進するよう指示を出した。この指示を受けて、1983年、中国共産党江蘇省委員会と江蘇省政府は南京事件の紀念館を設立することを決定し、中国共産党南京市委員会と南京市政府に準備委員会を発足させた。鄧小平は1985年2月に南京を視察に訪れ、建設予定の紀念館のために「侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館」の館名を揮毫し、鄧小平の視察直後に紀念館の建設が着工され、抗日戦争終結40周年に当たる同年8月15日にオープンした[9]。 2006年6月25日を最後の開館日にして、2006年6月26日から南京大虐殺70周年の2007年12月13日落成を目指し拡張工事が開始され一時閉館となった。完成後の敷地面積は2.2ヘクタールから4.7ヘクタールに大きく拡張される。敷地内の構成は東部地区に新資料