RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べるRCSB PDB (Protein Data Bank)は、タンパク質の立体構造データベースです。立体構造のデータは、タンパク質を構成する原子の座標データとして保存されています。今回は、オプシンを例として「タンパク質の立体構造を調べる」という基本的な利用方法を解説するほか、PDBファイルをダウンロードせずに内容を参照したり、ブラウザ上で構造を確認する方法を解説します。PDB IDやキーワード以外にもAuthor・タンパク質の分類・分子機能など様々な条件から構造を検索することが可能です。
Jpredを使ってタンパク質の二次構造予測をする2009
Jpredは、複数の相補的な二次構造予測の結果を統合して、それにマルチプルアラインメントの情報を追加することで二次構造予測を行うことができるツールで、英国のDundee大学が提供しています。このツールの特徴として、二次構造予測を行う前に質問配列と相同な配列を持つタンパク質が立体構造データベースにすでに存在するかを調べることが可能で、Jpredを使って二次構造予測をする必要があるかを前もって知ることができます。また、二次構造予測結果はJavaによるマルチプルアラインメントエディター／ビューワーとして有名なJalviewで表示することもできます。今回は、ロドプシンのアミノ酸配列を使って説明しています。
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