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次世代シークエンサーDRY解析教本による遺伝子発現解析〜インストール、FASTQC、TopHat〜@AJACSa三島2 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル

Hash 2016/05/10

『次世代シーケンサーDRY解析教本』に従った作業手順の動画解説．2hr 近くある

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【ゲノムリテラシー講座】配列解析基礎(講義2)

本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD）ゲノムリテラシー講座において2009年9月12日に開催された、バイオインフォマティクス基礎講座：配列解析、タンパク質立体構造解析から、川端　猛（奈良先端科学技術大学院大学）による「配列解析基礎（講義2）」をお送りします。約67分です。

Hash 2014/11/23

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ライフサイエンス領域融合レビューLeadingAuthor'sを使い倒す

「領域融合レビュー」は、生命科学において注目される分野・学問領域における最新の研究成果を、その背景や歴史からわかりやすく紹介・解説する日本語コンテンツです。「新着論文レビュー」がある1本の論文を解説するものであるのに対し、「領域融合レビュー」はある学問分野・領域を広く総合的に取り上げる比較的長いレビューを出版・公開するものです。

Hash 2013/05/02

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COILSとPaircoil2を使ってコイルドコイル構造を予測する

COILSと Paircoil2は、アミノ酸配列からコイルドコイル構造の位置を予測するプログラムです。コイルドコイル構造とは、二本以上のαヘリックスが組み合わさって形成されたタンパク質構造モチーフの一つで、７残基繰り返しの特徴的な周期配列を持ちます。今回は、酵母の転写活性化因子であるGCN4のアミノ酸配列を例として用い、COILSとPaircoil2を使った予測方法を解説します。

Hash 2009/05/20

作った。その(4)。COILSとPaircoil2の使い方。単純。

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タンパク質の立体構造データベースであるRCSB PDB (Protein Data Bank)では、毎月一個の分子を取り上げた、 "Molecule of the Month" という特集記事がアップされています。今回は、"Molecule of the Month"の読み方や、過去記事の閲覧方法を解説します。また、PSI (Protein Structure Initiative) やその他の特集記事も紹介します。

Hash 2009/04/29

作った。その(3)

DBCLS

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RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる

RCSB PDB (Protein Data Bank)は、タンパク質の立体構造データベースです。立体構造のデータは、タンパク質を構成する原子の座標データとして保存されています。今回は、オプシンを例として「タンパク質の立体構造を調べる」という基本的な利用方法を解説するほか、PDBファイルをダウンロードせずに内容を参照したり、ブラウザ上で構造を確認する方法を解説します。PDB IDやキーワード以外にもAuthor・タンパク質の分類・分子機能など様々な条件から構造を検索することが可能です。

Hash 2009/04/23

作った。その(2)

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Jpredを使ってタンパク質の二次構造予測をする2009

Jpredは、複数の相補的な二次構造予測の結果を統合して、それにマルチプルアラインメントの情報を追加することで二次構造予測を行うことができるツールで、英国のDundee大学が提供しています。このツールの特徴として、二次構造予測を行う前に質問配列と相同な配列を持つタンパク質が立体構造データベースにすでに存在するかを調べることが可能で、Jpredを使って二次構造予測をする必要があるかを前もって知ることができます。また、二次構造予測結果はJavaによるマルチプルアラインメントエディター／ビューワーとして有名なJalviewで表示することもできます。今回は、ロドプシンのアミノ酸配列を使って説明しています。

Hash 2009/04/23

作った。その(1)

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