正規分布 測定誤差のバラツキや社会現象あるいは自然現象の中に現れるバラツキの多くは釣鐘型をした正規分布であることから、この分布は統計学の中でも最も重要で応用性の広い分布です。母集団が正規分布に従っているとき、これを正規母集団と呼び、その母平均を、母分散を(母標準偏差はしたがって)としたとき、一般になる記号で表します。正規分布の形状は、下図のように、母平均を中心として左右対称になった釣鐘型形状をしており、その関数の変曲点までの距離がちょうど母標準偏差となっています。確率変数の実現値である変数の出現確率を示す式を確率密度関数と呼び、それをとしますと、正規分布の確率密度関数は となります。 このように関数は確率変数の他には母平均と母分散しか含まず、またこの母平均と母分散がその関数の形状を特徴づけていることから、正規母集団の母数として母平均と母分散が選ばれます。関数を確率変数の全領域で積分した値は
1. 計算する前に考えること 2. 計算の流れ 3. PDBファイルの作成 4. トポロジーファイルの作成 5. 初期構造の作成 6. エネルギー最小化 7. 初期平衡MD計算 8. 本計算 9. 結果の解析 GROMACSオンラインマニュアル 計算する前に考えること どんな現象を計算するか? 計算機の高速化により、以前は不可能と言われていた蛋白分子のフォールディングや、液晶分子系のネマチック相転移のMD計算がここ数年、可能になりつつある。 しかし、下の図に示すようにMDで算できる現象の時間・空間の範囲はまだまだ非常に限られており、MDが時間・空間スケールの小さな現象の解析に向いていることには変わりはない。 MDで解析する事が可能な現象であるか否かを、事前に注意深く検討する必要がある。 どんな系を計算するか? 実用的に興味あるソフトマテリアルの多くはある程度複雑な分子であり、また、その凝集
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