Crystal structures of the gastric proton pump - Nature
The gastric proton pump—the H+, K+-ATPase—is a P-type ATPase responsible for acidifying the gastric juice down to pH 1. This corresponds to a million-fold proton gradient across the membrane of the parietal cell, the steepest known cation gradient of any mammalian tissue. The H+, K+-ATPase is an important target for drugs that treat gastric acid-related diseases. Here we present crystal structures
コネクトームをシーケンサーに掛けたい - fantom_zona’s diary
今年読んだ一番好きな論文2017の12月21日の記事です。 初めまして。kira_kira_worldです。合成生物学と基礎医学が好きな学部生です。この企画は以前から見ていて、ずっと見る専だったんですが、今年は景品欲しさに登録してみました。 紹介論文 紹介する論文は、"Using high-throughput barcode sequencing to efficiently map connectomes"です。バーコード技術(後述)を使ってコネクトームを決定する方法を考えましたっていう論文です。 前置き Wikipediaの"コネクトーム"というページを引用しますと、 「コネクトーム（connectome）とは、生物の神経系内の各要素（ニューロン、ニューロン群、領野など）の間の詳細な接続状態を表した地図、つまり神経回路の地図のこと。」 とのことです。今回の論文の中では、コネクトームと
タンパク質の進化と温度の話 [今年読んだ一番好きな論文2017] - バイオ系だけどプログラミング始めました
今年読んだ一番好きな論文2017にエントリーしたので、論文紹介の記事をブログに書いてみようと思います。 adventar.org このブログで論文紹介もしたいなあと思っていたんですけど、就活と研究で色々忙しくって書けてなかったのでこれを機にもうちょっと書きたいです。 ブログではImageJのこととかPythonのこととか書いていますが、僕の専門はタンパク質とかなので、紹介するのもタンパク質のお話になります。 さて、今回紹介したいのは、この論文です。 Evolutionary drivers of thermoadaptation in enzyme catalysis Science 20 Jan 2017: Vol. 355, Issue 6322, pp. 289-294 DOI: 10.1126/science.aah3717 science.sciencemag.org 進化の歴史
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学術論文の査読システムが崩壊の危機に瀕している | BioMedサーカス.com - 医学生物学研究の総合ポータルサイト
学術論文の査読システムが崩壊の危機に瀕している 査読（英語ではPeer-Review）とは、同分野の研究者が他者の研究内容を評価することを示します。研究活動をする上で、ほとんどの研究者は自身の研究成果を発表する前段階の論文査読は避けては通れません。論文の査読は、研究成果が世に出る前にその内容が科学的に正しいかどうかを判断する目的で使われており、科学分野にとって必要不可欠なシステムです。 しかしここ数年、特にバイオ系の学術雑誌に投稿された論文の査読プロセスが、非常に好ましくない状況に陥っています。好ましくない状況というのは「投稿された論文が同分野の研究者によりその研究内容を科学的に評価される」という査読システムの根本が崩壊寸前であるということです。 何故そのようなことが起きてしまったのでしょうか。1番の原因は、現在の査読プロセスに種々の問題が含まれていることが挙げられます。そこで本オピニオン
CellTree: an R/bioconductor package to infer the hierarchical structure of cell populations from single-cell RNA-seq data - BMC Bioinformatics
Single-cell RNA sequencing, one of the most significant advances in recent genomics [1], is fast becoming the norm in whole-transcriptome expression profiling, providing unique insights into the exact state of individual cells throughout biological processes, such as cell differentiation or tumorigenesis. In opposition to traditional batch sequencing, single-cell expression measurements are not af
Eight common genetic variants associated with serum DHEAS levels suggest a key role in ageing mechanisms - PubMed
The .gov means it’s official. Federal government websites often end in .gov or .mil. Before sharing sensitive information, make sure you’re on a federal government site. The site is secure. The https:// ensures that you are connecting to the official website and that any information you provide is encrypted and transmitted securely.
A transparent bending-insensitive pressure sensor
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A naturally occurring variant of the human prion protein completely prevents prion disease | nature
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Cancer: The Ras renaissance - Nature
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Tet1 controls meiosis by regulating meiotic gene expression : Nature : Nature Publishing Group
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Comparison between the amount of environmental change and the amount of transcriptome change
Cells must coordinate adjustments in genome expression to accommodate changes in their environment. We hypothesized that the amount of transcriptome change is proportional to the amount of environmental change. To capture the effects of environmental changes on the transcriptome, we compared transcriptome diversities (defined as the Shannon entropy of frequency distribution) of silkworm fat-body t
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Germ line–inherited H3K27me3 restricts enhancer function during maternal-to-zygotic transition | Science
Comparative, transcriptome analysis of self-organizing optic tissues - Scientific Data
Primary transcripts of microRNAs encode regulatory peptides - Nature
Agrochemical control of plant water use using engineered abscisic acid receptors | nature.com
How insulin engages its primary binding site on the insulin receptor : Nature : Nature Publishing Group
Mitonuclear protein imbalance as a conserved longevity mechanism - Nature
Structural basis for the facilitative diffusion mechanism by SemiSWEET transporter - Nature Communications
Arthropod relationships revealed by phylogenomic analysis of nuclear protein-coding sequences - Nature
CapR: revealing structural specificities of RNA-binding protein target recognition using CLIP-seq data - Genome Biology