西暦2015年(平成27年)、戦いは始まった。世界を股にかけるとんでもない大馬鹿野郎でありロリコン変質者宮崎駿の分身である碇ゲンドウは、息子のシンジを東京の代替都市、第3新東京市(誰かが「2つでは足りない」と考えたため作られた都市)に呼び寄せる。ゲンドウの経営するミステリアスでポストモダンな私設武装組織・「NERV」(「ネルフ」と読む。NEO EARTH OF RETARN VERERASION TEAM : 地球に生物多様性を取り戻す市民団体)は、第3新東京市に位置している。ゲンドウが趣味で地下に作った巨人や、足がなく顔にキモい仮面をつけた巨大なマシュマロマンなどといった膨大ででたらめなガラクタの山を置いておくために設立された。普段はキリスト教徒にケンカを売ったりしている。 ゲンドウの計画は、彼の死んだ妻のクローンである無表情な女や、横暴で狂暴なキチガイクソアマを彼の息子に提供し口説かせ
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