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R package の構造
第4回目は、Rのパッケージの構造について書きます。 まず、読んでいくコードですが、Bioconductor のな... 第4回目は、Rのパッケージの構造について書きます。 まず、読んでいくコードですが、Bioconductor のなかからGOstats を選びました。これはある遺伝子セットに有意に assign される Gene Ontology を発見するためのパッケージです。機能の詳細は vignette を読んでください。 なぜこのパッケージを読むのか 1. Pure R 2. S4で書かれている 3. RUnit によるユニットテストがついている 4. コードが短い (952行) 5. Rの開発者(というか創始者)であり、BioC developer core team のメンバーである R. Gentleman がメインで開発・メンテしているっぽいので、コードが綺麗なはず。 パッケージの構造 ではパッケージの中身を覗いてみます。 [code] tree GOstats GOstats/ |-- D