火を通していたのになぜおでんが腐ってしまったのか？

基本的なことをおたずねします。 おでんを日曜日に作って、毎日朝晩に火を通しておりました。 火曜日、夕飯に食べようと食卓に出したところ納豆のようなにおいがして明らかに腐っており捨てざるを得ませんでした。 腐ってしまった原因として、二つ考えられます。 １．鍋が小さくて、煮汁が少なく上半分くらいが煮汁に浸かっていない状態でした。それなのにかき混ぜずそのままにして湯気だけあたる状態で放置したため上半分だけが腐ってしまった。 ２．沸騰した時に蓋を開けずそのままにしたため、冷える段階で徐々にしかさめず腐敗するに適した温度で長時間放置する結果となった。 このいずれかかと思うのですが、本当の原因は何でしょうか？ また、下半分は煮汁に浸かっていたためまだ食べられそうなのですが、大丈夫でしょうか？ 大丈夫な場合、食べるときの注意についても教えてください。