ラージゲノムにも対応したdot plot解析ツール D-GENIES - macでインフォマティクス

2023/12/01 追記 ドットプロットは、2組のシーケンスを視覚的に比較するために一般的に使用される。それらは挿入、欠失、逆位またはリピートを容易に理解できる方法で提示する。可変の線の太さ、線の形または色を使用して類似点の差異を表すことができる。産生されるゲノムアセンブリの数が増加するにつれて、大きなゲノムのドットプロットを生成するための使い易く効率的なツールが必要とされている。 既存のドットプロットツールは、2世代に分類することができる。最初の、そして最も古いものは静的なグラフィックスを生成するコマンドラインツールで構成され、他にもtupple_plot（Szafranski、Jahn＆Platzer、2006）とdot-matrix（Sonnhammer＆Durbin、1995）が含まれる。これらは通常2つの処理ステップをつなぎ、最初のステップは、一致ファイルを生成し、第2のステッ

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“産生されるゲノムアセンブリの数が増加するにつれて、大きなゲノムのドットプロットを生成するための使い易く効率的なツールが必要とされている”