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SRAのファイルのパス取るのだるすぎる - Qiita
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SRAのファイルのパス取るのだるすぎる - Qiita
よくある(俺調べ)。ファイルパスのリストを作ります。 下準備 まずID変換用のファイルを取ってくる(... よくある(俺調べ)。ファイルパスのリストを作ります。 下準備 まずID変換用のファイルを取ってくる(このファイルは毎日更新されます) lftp -c 'open ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/reports/Metadata && pget -n 8 SRA_Accessions.tab' fastqファイルが欲しい場合 Submission ID (prefix) - Submission ID - Experiment ID - Run ID と階層が深くなる感じで置いてある。たとえば /usr/local/ftp/public/ddbj_database/dra/fastq/SRA108/SRA108897/SRX369002/SRR1019460_1.fastq.bz2 こんな感じ。 ポイント 全てのデータがfastqに変換されているわけではない DDBJ的には