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Acceleration and parallelization - Gromacs
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Table of contents1. Terms and definitions2. Acceleration2.1. CPU acceleration: SSE, AVX, etc2.2. ... Table of contents1. Terms and definitions2. Acceleration2.1. CPU acceleration: SSE, AVX, etc2.2. GPU acceleration3. Parallelization schemes3.1. MPI3.2. Multithreading with thread-MPI3.3. Multi-level parallelization: MPI and OpenMP3.4. Hybrid/heterogeneous acceleration3.4.1. Performance issues with hybrid acceleration3.5. Separate PME nodes3.6. Running simulations3.6.1. MPI, Thread-MPI3.6.2. OpenMP