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Smith Waterman法のアルゴリズム
Abstract ここでは,バイオインフォマティクスの分野で広く用いられている文字列検索アルゴリズムである... Abstract ここでは,バイオインフォマティクスの分野で広く用いられている文字列検索アルゴリズムであるSmith Waterman アルゴリズム(SW法)について説明する.特徴としては,GPUを用いたライブラリが豊富であり非常に高速な探索が可能であることが挙げられる. Smith Waterman法は,バイオインフォマティクスの分野で広く用いられている文字列検索アルゴリズムである.DNAや塩基配列の探索によく用いられる相同性検索の一手法である. Smith Waterman法は,2種類の異なる文字列から,最適な類似部分を抽出することができる. 長さがmとnの文字列から類似部分を抽出する場合,アルゴリズムのオーダーはO(mn)である. SW法を用いて抽出された部分文字列の例その1