ウイルスは退化しているもののやはり生物だった | 5号館を出て
私は持論として「ウイルスは生物」です。もちろん教科書にははっきりと「生物ではない」と書かれたものがまだまだ多いですから、試験に出た時には「ウイルスは生物ではないと考えられている」と書いておいたほうが無難なのですが、その「常識」を根底から覆すような論文が出ました。 Giant viruses coexisted with the cellular ancestors and represent a distinct supergroup along with superkingdoms Archaea, Bacteria and Eukarya Arshan Nasir, Kyung Mo Kim and Gustavo Caetano-Anolles BMC Evolutionary Biology 2012, 12:156 doi:10.1186/1471-2148-12-156 Pub
ポスター発表のための１０の簡単なルール | 5号館を出て
今日は日本の中央部は雨が降っていたりしたようですが、出発地の九州と到着地の北海道は良い天気でした。 ２時過ぎに札幌着いたのですが、いままで北海道大学の正門の写真を撮ったことがなかったことに気がついたので、意味もなく撮してみました。 福岡も酷暑という感じではありませんでしたが、さすがに札幌の初夏はさわやかです。 研究室に着いて新着論文をチェックしていたら、PLoS COMPUTATIONAL BIOLOGY に、「良いポスター発表をするための１０の簡単なルール」という論説が載っていました。すでに、ポスター発表を終わった人には「何をいまさら」と思われてしまうかもしれませんが、学会を思い出しながら読んでみました。 今回の学会でも素晴らしいポスターもたくさんありましたが、明らかに読んで欲しくないオーラを出しているポスター、パワーポイントやワードのページを並べただけのポスターなどもたくさんあり、やは
余ったポスドクをどうするって・・・ | 5号館を出て
昨夜は三省堂サイエンスカフェでした。大阪からわざわざいらしてくれた榎木さんを囲んで、ポスドク問題を語る会となりました。いつものサイエンスカフェと違って、会場から質問ではなく意見やコメントがどんどん出されて、なかなか活発な会になったと思います。 さて、昨日は「余ったポスドク」はどうすれば良いということになったのでしょうか。 結論的には多数の方の予測通り、「なかなかむずかしい」ということで、全員が頭を抱えてしまったのですが、基本的に今の政府や省庁にはなんとかしようという気概が感じられないし、なんとかなるものではないというところでは合意が得られたような気がします。 基本的に、政府や官僚が今やろうとしていることがもしあるとしても、それは今後の学生やポスドクのことで、現在すでに持て余されたポスドク達に暖かい手が差し伸べられることはないであろうというのは共通の認識だったと思います。となれば、その人々に
肉食動物でもベジタリアンを続ければ植物を分解できるようになる【追記】日本人の海苔分解腸内細菌 | 5号館を出て
昨日発行になったPNASにパンダの腸内細菌がセルロースを分解しているという論文が載っていました（www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.1017956108）。 ササ（タケ？）しか食べないであんな大きな体を維持しているのですから、おそらくセルロースを分解する能力はあるのだろうと推測されていたのですが、直接証明されたのは初めてのようです。 そもそも、2009年にパンダの全ゲノムが解読された時から、彼らはセルロースを分解できる酵素の遺伝子は持っていないことが明らかになっていました。もちろん、ササと言ってもセルロースだけでできているわけではなく、中に含まれる細胞には、ごく少量のデンプンや脂肪やタンパク質が含まれていないわけではありません。遺伝子の解析からパンダは他のクマと同じように肉を食べて分解することができる酵素を持っていることもわかり、彼らはもともとは肉食もしてい
大くくり入試の後始末としての学生客引き | 5号館を出て
北海道大学では今年の春の入試から学部ごとに学生を募集する従来の入学試験制度を大幅に縮小し、「文系」「理系」枠での入試を行った学部などがたくさんあります。その結果として，今年の1年生が学部に進学する来年の春には膨大な数の学生の進学振り分け作業が待っています。 この振り分けは学生にとっては希望する学部学科にいけるかどうかを決める重要なポイントになるだけでなく，学生を受け入れる学部学科にとっては，どのくらいの数の「優秀な学生」を囲い込むことができるかによって，その将来が大きく左右される重要な節目になると信じられている気配を感じます。（私個人としてはそれほどとは思っていないのですが，多くの先生方を見ているとそのように感じられます。） この学科定員と募集人員の表をご覧いただければわかるように理系として1027人を募集した中から，我々に関係の深いところでいうと生物科学科（生物学）と生物科学科（高分子機
教員の早期退職 | 5号館を出て
日本では退職金というものが、定年まで勤め上げて辞める場合と、定年前に「自己都合」で止める場合とで、ずいぶんと差があると言われてきました。 要するに会社としては定年まで勤めてくれた人に対しては十分な退職金を払うものの、それ以前に辞める人にたいしては、あたかもペナルティを与えるが如くに、退職金の減額をするという慣行が続いてきました。それで、一旦勤め出したら定年までは辞めないことが自分の老後の生活を守るためにも必要だったのだと思います。 それが、バブルがはじけた頃から、一般企業では定年前に辞める人に対してペナルティどころか、定年で辞める場合よりも上乗せした退職金を支払うことで、リストラを進めようとしたことがあります。いわゆる定年前退職勧奨金というものです。 その頃、私の周りでも居心地の悪くなってきて大学でも同様の制度が導入されたら、すぐにでも辞めたいという声をよく聞いたものです。半分は冗談だった
この夏はソーラー扇風機で | 5号館を出て
原発が使えなくなると電気が足りなくなるという脅しが電力会社や政府から出されなくても、電気の使用量を減らすことができるのならば原発をやめることができるのなら、という気持ちの人も多くなっているのだと思います。とりあえずの緊急避難が要求されているわけではない北海道でも節電をしている人が大変に多くなっているのを感じます。とりあえずは、コンビニやスーパーマーケットなどの商業施設で転倒している照明がはっきりと少なくなっているのが目立ちますが、逆に今までが無駄に明るすぎたということを感じさせられる気がします。そもそも、明るいほうがよくものが売れるということすら、販売側の「強迫観念」に過ぎなかったのではないかと思われるくらい、少し暗くなった店内に人が減っているという印象は受けません。もしこれで、それほど大きな影響がないということがはっきりしたならば、今後はこうして照明を落とした販売を続けてくれるようにお願
ウイルス遺伝子をゲノムに取り込み進化するバクテリア | 5号館を出て
先週22日に届いた Nature communications の新着論文のお知らせメールに載っていたはずですが、完全に見落としていました。それが、とてもおもしろいということを ScienceDaily のニュースで認識させられました。 Bacteria Have One of Nature's First Immune Systems バクテリアは自然界で最初の免疫システムを持っていた タイトルだけではなんのことかわからないのですが、要するにバクテリアはゲノムの中にウイルス（バクテリオ・ファージ）の遺伝子を取り込むことで、ウイルスが中で増殖して破壊されてしまうことを阻止する（これが「免疫」ということでしょうか）だけではなく、ファージの遺伝子を積極的に利用して抗生物質に対する耐性のみならず、過酸化水素、酸や熱、浸透圧に対する抵抗性を獲得してパワーアップしていることがわかったというお話です。
クラウドを意識せずに使えるクラウドサービス simplenote | 5号館を出て
いつもチェックしているブログ「たつをの ChangeLog」に書評（本人は「読書メモや読後雑感」とおっしゃっていますが）が載っていました。 上田渉 / ノマド出張仕事術 １時間のプチ移動から本格出張まで 私もこの手のハウツー本には結構弱く、出張の途中などに見つけるとおもわず買ってしまって、旅行の友にすることが良くあります。 今回は、たつをさんが紹介してくれておりますので、読まずとも中に何が書いているのかだいたい知ることができた気になっています。一部を抜き出してみます。-- ノマドの基本はクラウド。・・・ -- Gmail は基本ですね。・・・ -- Googleカレンダーはここ半年で手放せなくなりました。・・・ -- Dropbox はかなり活用しています。・・・ -- Evernote は結局あまり使ってません。テキストデータはSimplenoteで扱うことにしています。・・・ だいたい
なぜ機能しなくなったのなら「廃止」とならないのか？ | 5号館を出て
今朝の朝日新聞の1面でした。 センター入試、難易度別に２種類 １６年導入を検討 また、入試のやり方の新しいパターンが増えるのかと思うとげっそりします。えり好みさえしなければ誰でも大学に入れる「全入時代」が迫り、受験生の学力の幅が広がったことなどから、１回１種類のセンター試験で学力をつかむのが難しくなったためだ。 現段階で想定されているのは、試験科目を主に国公立大（一部の私大も含む）の志願者向けのものと、私立大向けの基礎科目型に分ける２種類の試験。大学が二つのうちどちらかを選び、志願者が受験する仕組みが考えられる。両試験とも一定量は同じ問題を出し、それぞれの得点を換算できる仕組みにするという。 また、ペーパー試験を課さないＡＯ・推薦入試の受験生を対象に、高校段階の学力を把握するテストを、センター試験とは別に導入するかどうかも検討するとみられる。 2000年頃に行われた学習指導要領の改変で教え
コンピューターに殺されたタイプライター | 5号館を出て
大学院に入学した時に、入学祝いにオリベッティのタイプライター（もちろん手動のもの）を買ってもらったことを思い出しました。当時は大学院に入ったら、日本語はほとんど使わなくなり、あらゆる公式な論文はたとえ修士論文といえどもすべて英語で書かなければならないということになっていたので、大学院生はおそらく全員がポータブルのタイプライターを持っていたと思います。 しばらくすると、電動タイプライターというものが出現して、それまでの重いキーとは比べものにならない軽さに感動したものですが、値段が高かったため個人で持っている人はそれほど多くなかったと思いますが、研究室には「清書用」のどっしりとした電動タイプがあったものです。 そうこうしているうちに、電動タイプがどんどん進歩して、調べてみるとずいぶん前からあったものらしいのですが、IBMのセレクトリックという電動タイプが研究室に導入されました。これは印字部分が
樺美智子 没後50年 | 5号館を出て
私が大学に入った頃は、4月28日とか10月21日とかとともに学生が政治的記念日として意識することを要求される日として6月15日がありました。 4月28日は、昭和27年（1952年）に沖縄がその主権を日本からアメリカへ譲り渡された日で、「沖縄デー」と呼ばれていました。10月21日は「国際反戦デー」、そして6月15日は安保反対運動の中で国会に突入した学生の1人、当時東大生だった樺美智子（かんばみちこ）さんが警察との衝突の中で亡くなった日です。 沖縄がアメリカの領土の一部になったのも1951年に締結された日米安保条約（日本国とアメリカ合衆国との間の安全保障条約）によるものです。 その安保条約が改定の時期を迎えた1960年に全国的規模で行われたのがいわゆる「60年安保」と呼ばれる反対運動で、国会内では日本社会党が、外では学生組織として全学連（全日本学生自治会総連合）が全国の大学生を組織して激しい運
イヌの起源は揚子江の南にいた100匹ほどのオオカミから16000年ほど前に家畜化された | 5号館を出て
イヌの起源については、しばらく前から東アジアという説が有力ですが、つい最近、アフリカの土着犬を調べてみると東アジアのイヌと同じくらい遺伝的多様性が見られることから、必ずしも東アジア起源ということではないかもしれないという論文も出ていました。 Published online before print August 3, 2009, doi: 10.1073/pnas.0902129106 Complex population structure in African village dogs and its implications for inferring dog domestication history Adam R. Boyko他多数 しかし、この論文でも東アジアが起源でないとしても、アフリカにはオオカミがいなかったので、アフリカもイヌの発祥の地というわけではなさそうだ、という弱
イヌの毛のパターンは3つの遺伝子の組み合わせで決まる | 5号館を出て
Science誌の速報版、Science Expressに載っている論文です。 Published Online August 27, 2009 Science DOI: 10.1126/science.1177808 Science Express Index REPORTS Submitted on June 16, 2009 Accepted on August 14, 2009 Coat Variation in the Domestic Dog Is Governed by Variants in Three Genes 著者はEdouard Cadieu 他たくさんの方々 膨大な数のイヌの遺伝子を解析して、その毛のパターンを決める遺伝子を探したところ、基本的にたった3つの遺伝子の組み合わせで決まるという結果を示したものです。 解説記事がBBC NEWSにあります。 Variet
Dropbox の強力な対抗馬出現 SugarSync | 5号館を出て
特に Dropbox に不満があるというわけではないのですが、同じようにあるいはそれ以上便利な対抗馬が出現したと聞いては、ムズムズしてきます。 DropboxからSugarSyncに移行した （4403 is written） しかも、こちらは今ならサービス期間ということらしく、Dropbox と同じ ２G に 500M バイトのサービス分が無料で使えるということです。 基本的には Dropbox と同じように、ウェブ上に保存したフォルダやファイルを任意のコンピューター（何台でも）で同期をとってくれるというものですが、Dropbox の場合は自動的に作られた My Dropbox というフォルダーだけが同期されるのですが、SugarSync では任意のフォルダを同期できるようです。 SSL接続をしてメールドレスとパスワードでサインアップし、クライアントソフトをダウンロードして同期したいコン
もっともっとたくさんの科学批評家が必要だ | 5号館を出て
CoSTEPの修了式のコメンテーターのおひとりである松田さんから受けた刺激に対して、それが新鮮なうちに書いてしまおうと思っていささか（というか、かなり）未熟な考えを書いてしまったために、多くの方を混乱に陥れてしまったことを反省しております。 科学技術コミュニケーション： 解説から批評へ （stochinai） その結果、あちこちで不必要な反発や議論を巻き起こしてしまったという責任も感じているのですが、まあこういうことは議論されないよりは、多少の誤解や間違いを出発点としていたとしても、議論があること自体が良いことだと自分に言い聞かせております（＾＾；）。 そんな中で、はななだ未熟な私のエントリーに対して、ktatchyさんとhiroichiさんが非常に誠実なご意見を書いてくださり、とても感謝しています。また、関連した有益なコメントもあちこちでたくさん頂きました。 コミュニケーターブームが科学
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