Rubyでもっとも重要なライブラリは何か？PageRankで計算してみた - aike’s blog
最近、PageRankを計算するPHPソースコードを公開している人がいたので、Rubyで書き直してみました。 PHPからRubyへは移植というよりほとんど写経のような感じでそのままポーティングできます。 pagerank.rb #!/usr/bin/ruby # original PHP source http://phpir.com/pagerank-in-php def calculatePageRank(linkGraph, dampingFactor = 0.15) pageRank = Hash.new tempRank = Hash.new nodeCount = linkGraph.length linkGraph.each {|node, outbound| pageRank[node] = 1/nodeCount tempRank[node] = 0 } change =
任意のRubyスクリプトを実行するとき開始／終了時のタイムスタンプを出力する方法 - 今日もスミマセン。
やりたいこと cronとかで、自動的にスクリプトを実行したときに、その実行開始／終了のタイミングで開始時刻／終了時刻を標準出力に出力したい。 そこで 汎用的に使えるちょっとしたスクリプトを組んでみた 以下のスクリプトを、timestamp.rb という名前で作成して、ロード可能な場所に配置しておきます。 puts "-" * 60 puts "#{Time.now} #{$0} was started" puts "-" * 60 END { puts "-" * 60 puts "#{Time.now} #{$0} was finished " puts "-" * 60 } これで、ruby コマンドで任意のスクリプトを実行する際、-r timestampとしてrequireしてあげることで、開始・終了時のタイムスタンプが標準出力に出力されるようになります。 こんな感じで使えます たと
Rails で cron を使わずに cron っぽいことを行う方法
Rails で cron を使わずに cron っぽいことを行う方法 河野です！ 今回は、 Rails で cron を使わずに cron っぽいことを行う方法をご紹介します！ cron が使えないというケースはあまりないかもしれませんが、知っているといつか役に立つかもしれません。 poormans_cron プラグインを使う poormans_cron というプラグインを使うと、 cron を使わずに cron っぽいことができるようになります。 poormans_cron は指定した間隔毎に任意の処理を実行するためのプラグインです。 また、基本的に cron は分単位からの指定しかできませんが、 poormans_cron では秒単位で処理の起動間隔を指定することができます。 仕組み poormans_cron の仕組みはとても簡単です。 poormans_cron をインストールする
文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」
文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」 文部科学省の「統合データベースプロジェクト」において、SNPタイピングデータの半永続的な集約管理と研究者間の情報共有を目指して、日本人健常者のデータを登録した標準SNPデータベース、日本人健常者のコピー数多型（CNV）を登録したCNVデータベース、及びゲノムワイド関連解析のデータベース(GWAS-DB)を構築しています。(https://gwas.lifesciencedb.jp/ ) GWAS-DBは、研究概要、品質基準などの情報と共に、遺伝子型頻度やアリル頻度、及び遺伝統計解析の結果を登録しています。また、GWAS-DBはSNPだけでなくマイクロサテライトやCNVの疾患関連解析の結果も登録・閲覧することができ、エクソン情報やCNVなどの情報と遺伝統計解析の結果を重ね合わせて可視化する機能を備えています。疾患関連SNPの候補
Ruby でグラフ作成
私が Ruby でグラフを簡単に作成できるのを知ったのは「Rubyist 九州」の例会に参加したことがきっかけです． その記憶がなくならないうちに，Ruby で簡単に作成できるグラフの種類を一通りまとめておきたいと考えました． 参考 Web ページ: http://www.gfd-dennou.org/arch/davis/gfdnavi/doc/install/install-rails.htm Linux での事前準備 インストール前に「yum check-update; yum update」を実行しておくとトラブルが減るでしょう． これは更新可能な全パッケージを更新するという操作です． yum check-update yum update ImageMagick と ImageMagick Ruby インタフェース (RMagick) を yum を使ってインストール yum i
MacFUSE+sshfsが便利 - 理想未来ってなんやねん
MacFUSE+sshfsを使うと、ssh先のマシンの好きなディレクトリをローカルファイルシステムと同じように扱える。 ちょっと前から使っているのですが、凄い便利なので紹介しておきます。 MacPortsを使うと簡単にインストールできる。 sudo port install sshfsMacPortsを使わない場合は下記からバイナリをダウンロードしてインストールする。 MacFUSE sshfs 尚、Snow Leopardで使う場合は、sshfs内のsshnodelay.soを消す必要がある。 使い方は、次のような感じ sshfs username@192.168.1.234:/var/share /path/to/mountpoint -oauto_cache,reconnect,volname=nandemoyoiGUIな方の為にアプリもある模様。 Macfusion 関連記事 [L
Mac用メタセコイアビューアを作ってみた - 強火で進め
前回、工学ナビさんのGLMetaseqを使ってみて使い方が分かったのでメタセコイア(mqoファイル)ビューアを作ってみました。 工学ナビさんが急募してたのでMacでGLMetaseqを使ってみた - 強火で進め http://d.hatena.ne.jp/nakamura001/20091214/1260814236 工学ナビさんが急募してたのでMacでGLMetaseqを使ってみた(続き) - 強火で進め http://d.hatena.ne.jp/nakamura001/20091216/1260928620 まぁ、見た目は前回作ったのとほとんど変わらないんですけど今回はGLUTは使用せず、Macべったりな開発にしたので後から色々とGUIパーツを貼り付けたりするのが楽になります。 また、ファイルのドラッグ&ドロップやメニューからのファイル選択に対応しています。 ファイルはこちらからDL
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