DNAでもRNAでもない新たな遺伝物質XNAについて - 蝉コロン
科学遺伝、進化できる物質作製に成功 生命起源や研究に貢献 - 47NEWS（よんななニュース）進化するだなんだ言っていますが、どうなんでしょう。実際の論文はこちら。 Synthetic Genetic Polymers Capable of Heredity and Evolution さて、DNAの構造はこんな感じです。http://en.wikipedia.org/wiki/File:DNA_chemical_structure.svgデオキシリボースという五炭糖（図中オレンジ）がリン酸（図中黄色P）を介して連なっていて、AGCTの塩基が枝みたいに伸びています。二本鎖の相補対が点線で結ばれてます。ちなみに図でバックボーンと書かれているように、塩基がなくても縦のリン酸結合の数珠つなぎ自体は壊れない。DNA二本鎖だったらそういう塩基のない部分は歯抜けみたいになりabasic siteと呼ば
大事なところがもげて思い残すことなく喰われる生き物 - 蜘コロン - 蝉コロン
当ブログではこれまでオスの生殖器がもげる動物というのをいくつか見てきました。 大事なところがもげる変ないきもの - 蝉コロン ちんこがもげる変ないきもの - 蛸コロン - 蝉コロン そしてニューカマーの登場です。ﾊﾟﾁﾊﾟﾁﾊﾟﾁﾊﾟﾁ 昨年ニュース - 動物 - “去勢”されたクモは戦闘に強い（記事全文） - ナショナルジオグラフィック 公式日本語サイトというような知見がありました。東南アジアに住むコガネグモの仲間マラバルジョロウグモモドキNephilengys malabarensisは、交尾（尾じゃないけど）のときにオスの生殖器がもげてしまうのだそうです。もう二度と生えてこない。そしてもげたオスは戦闘能力が上がるらしい。虎だ！虎になるんだ！やけくそになるのかな。ウマだともいでないほうが気が荒いのにね。 上記ナショジオの記事によると"切断された生殖器は75％の確率で、メスの体内に効果的
蚊にさされやすい人の皮膚と常在細菌 - 蝉コロン
科学いやあ、雪降ってましたね。蚊の話題です。 Microbial communities on skin affect humans’ attractiveness to mosquitoes 蚊に刺されやすいとされる人がいます。何が蚊を引きつけているのか。体温だー呼吸（二酸化炭素）だー血液型だー男女差だー毛がモジャモジャだーといろいろ言われていますね。あれ、体温はスタンド能力の話だったかな。まあとにかくこれらの他に汗のニオイというのも蚊の誘引物質であることが言われています。しかし実は汗そのものは無臭で、匂いは皮膚の常在細菌たちがかもし出している。つーことは皮膚の常在細菌の構成によって、蚊が寄って来やすかったり逆に気が付かれなかったりするのではないか。 という研究。PLoS ONE論文。一応おもしろ研究じゃなくてマラリアを媒介するガンビエハマダラカAnopheles gambiae sen
ダチョウの大事なところがオッキする仕組みが明らかになる - 蝉コロン
動物ご想像どおりのあの話なので引き返すなら今のうちです。それにしても各紙報じ過ぎだな。 Mystery of the male ostrich’s erection solved - life - 14 December 2011 - New Scientist BBC Nature - Bloodless erections for big birds, say researchers Ostrich Penis Clears Up Evolutionary Mystery: Scientific American Ostrich penis clears up evolutionary mystery : Nature News & Comment LとRで大違いとして名高いerection。当選ではありません。 論文：The erection mechanism of the rat
自分の尻尾を追いかける犬の動画を400も集めた論文がある - 蝉コロン
動物NCBI ROFL: A scientific analysis of 400 YouTube videos of dogs chasing their tails. | Discoblog | Discover Magazine 「NCBIのお茶噴いた論文：イヌが自分の尻尾を追いかけるYouTube動画400についての科学的解析」みたいな訳になるかな。 論文はこちら。PLoS ONE: A Vicious Cycle: A Cross-Sectional Study of Canine Tail-Chasing and Human Responses to It, Using a Free Video-Sharing Website PLoS One. 2011; 6(11): e26553. Published online 2011 November 9. doi: 10.137
人間の体毛は何のためにあるのか - 蝉コロン
モジャモジャしてますか？剃ったりしてませんか？そのモジャモジャがあなたを救うのです。 ヒトは他の霊長類と比べると体毛が全然無いんですがそれでもちょっとある。何であるの？という長年人類を悩ませてきた未解決の問題に立ち向かった研究者たちがいたのです。 彼らは、様々な濃さの体毛を持つボランティアを集め、南京虫（トコジラミ）をこっそりと腕に乗せたのだ。何かに気づいたらこのボタンを押してください。すると！よりモジャモジャな人（毛包の密度が高く毛の長い人）の方が、何かが俺の腕を這っていると気付くスピードが早かったのだ！！！腕の毛を剃り落としたらダメ*1！！！全然ダメ！！！そしてその一方で！南京虫の移動速度は毛に阻まれて遅くなる*2！！！ つまり！！南京虫などの外寄生虫が！！！血ィ吸うたろかとか肌に向かって移動しても！！！！体毛モジャモジャだと、そこはまさに草木生い茂る大森林！！！！！歩きづらい！！！！
脳内で自らをコピペしまくる遺伝子と人間の個性 - 蝉コロン
科学, ゲノム遺伝子組み換え、脳細胞でも高頻度…初の実証 : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞） 確かに組み換えなんだけどなんかレトロトランスポゾンのinsertionを免疫系と同等の組み換えっぽく言うのは個人的に違和感。興味深いけど。 ニューロンとレトロトランスポゾンL1レトロトランスポゾンというのがある。jumping geneとか呼ばれたりしてゲノムのあちこちに自らのコピーを増やしている。ヒトゲノムの17%を占めている(大部分は不活性である)。こいつらが跳びまわると、大事な情報がコードされている所に余計な配列がコピペコピペされていくわけで、これはまあ大変よろしくない。通常、細胞はあの手この手でこの飛び回る配列(transposable element:TE)を押さえ込んでいるわけだけれども、ニューロンの前駆細胞では、なぜかこのL1に好き勝手させており、他の体細胞に比べ
「理系チアガールだけど何か質問ある？」 - 蝉コロン
社会Arizona Cardinals (SCIENCE) Cheerleaders: Ask them anything. | The Intersection | Discover Magazineサイエンスチアリーダー。サイエンスを応援してくれるのかなムヒョヒョって思ったらそうではなくて、サイエンスをやってるチアリーダーということみたい。 サイエンスチアリーダーNFLやNBAの現役あるいは元チアリーダーで、科学技術関連の職に就いている女性が100人以上いるそうだ。自己紹介見ると二足のわらじを履いている人も多いっぽい。数学者、医師、化学者、エンジニアなどなど。"shaking their pom poms and divulging science and math facts"とある。 公式ウェブサイトはこちら。Science Cheerleader 昨年ワシントンで行われた科学技術
イヌは肺がんを嗅ぎ分けられるか？ - 蝉コロン
動物イヌが人の病気を嗅ぎつけるみたいな話はたまに見かける。イヌは揮発性有機化合物VOCを嗅ぎ分けることができるので、疾患特異的なVOCが患者から出てればそういうことも可能かもしれない。 BBC News - Sniffer dogs detect lung cancer Canine scent detection in the diagnosis of lung cancer: Revisiting a puzzling phenomenon 肺がんは早期診断が決め手。呼気が診断に使えれば理想的。そういうセンサーの技術開発は進んでいるが、そもそも何の物質を診断のターゲットにしたらいいかもわからない現状。 被験者220名。内訳は健康110名、肺がん60名、和田アキ子がCMをしているCOPD（慢性閉塞性肺疾患）50名。バイアス、交絡因子になりそうな既往歴、投薬状況、臨床病理学的データも検討。
恋する赤の女王 - 蝉コロン
科学ちょっとタイトルの表現が婉曲的すぎた。病原体と宿主との終わらない進化の軍拡競争は、赤の女王仮説として知られているのだけれども、それにはやっぱりセックスが大事だよということを実験的に示した仕事。赤の女王仮説実験は昨年にも報告があって (http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7286/full/nature08798.html)、細菌とそれに感染するファージで何かやってた。今回のはもちょっと高等な生き物で、共進化に有性生殖の意義をからめています。 走り続けなければ生き残れないwikipedia:赤の女王仮説「赤の女王」とはルイス・キャロルの小説『鏡の国のアリス』に登場する人物で、彼女が作中で発した「その場にとどまるためには、全力で走り続けなければならない（It takes all the running you can do, to keep
HIVがいなくなったわけ - 蝉コロン
科学, ウイルスCNN.co.jp：ＨＩＶ感染の独男性、幹細胞移植で「完治」の研究報告の件。 バナナにHIV予防成分 - 蝉コロンでも書いたけれど、HIV感染のメカニズムはこんな感じ。HIVは免疫を担当するT細胞(とMΦ)を標的にします。T細胞はCD4というタンパク質を細胞表面にニョッキリ出しています。HIVが細胞内にエントリーするにはCD4との結合が不可欠です。CD4発現T細胞は免疫系の司令塔みたいなもんなのだけれど、HIVはよりにもよってこの細胞を叩くようにできている。しかし実はCD4だけではウイルスの侵入には不十分で、さらにコレセプターとしてCCR5もしくはCXCR4を必要とします。はじめのほう、何か細胞側に二つの受容体があるでしょう。CD4とCCR5もしくはCD4とCXCR4がウイルス侵入のターゲット。 んで、HIV感染抵抗性のある人を調べると、CCR5遺伝子に32 bpの欠損が見
ウンデル教授「うんこの話をしよう」 - 蝉コロン
動物ゾウのうんこは未消化の植物が多く含まれているのでフンコロガシが喜ぶ。野うさぎは一回で十分な消化ができないので自分のうんこ食う。同様にモルモットも食糞する。ニワトリは腸内細菌がビタミンをつくってくれるのでやはり自らのフンをついばむ。ウマが馬房で食糞してるのは暇すぎるからだ。ヘラジカやガゼルの母親は仔の糞尿を食う。匂いを残さないため。 公園で犬の落とした糞からメタンガスを集めてガス灯の燃料に。うんこキレイ。セセリチョウの幼虫はうんこを5フィートくらい遠くまで飛ばす。人間でいえば240フィート(73メートル)飛ばすくらいのウン擲パワー。20年くらい前に野毛山動物園のサル(チンパンジーだったかな)が、僕のすぐ横にいた外国人旅行者にうんこを投げつけた。ブロンドヘアーの女性であった。今はアクリル板があるはず。5年くらい前に川端通三条付近で早朝、カラスが大量に飛んでいてフン落とされたらかなわんなーと
マウスの短くなった寿命を戻す - 蝉コロン
科学普通よりテロメアが短くって寿命が縮まったマウスは、またテロメアを伸ばせば元に戻せることがわかった。寿命リバーシブル。テロメア長を原因とする障害はテロメア長を戻せば回復する。当たり前のようだけれども、取り返しが付くというのはやっぱり不思議。一度テロメアが短くなったら、DNAの大事なところがダメージを受けるから、その後でテロメア伸ばしても遅いじゃんって思ってた。論文の著者らも老化進行を遅らせる程度だろうとはじめは考えてたみたいよ。 Partial reversal of aging achieved in mice | Harvard Gazettehttp://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature09603.html染色体両端はテロメアと呼ばれていて*1、染色体を保護するキャップのようなもの。細胞分裂では完全にコピ
有性生殖の意義とそれを完全に捨てた生き物 - 蝉コロン
動物, 科学, 生殖有性生殖はいろいろコストがかかる。オスとメスがいなければならない。ひとつの種で二種類の個体を産みだすのはいかにも大変そうだ。オスにとってお得な形質がメスにとって不利みたいなコンフリクトも起こる。それに生殖細胞は減数分裂という特殊な細胞分裂がある。ああ、高校で習った時から減数分裂苦手だったなあ。半数体になるのはいいけど、組換えとかなんとかややこしい。なんであんなシステムができたのか僕にはさっぱりわかんない。精子と卵ができたら、受精とそれに辿りつくまでの超めんどくさい過程を経なければならない。ああ、めんどくさい。人類全部は補完しなくてもいいけど、男女くらいは補完しちゃった方がいろいろ楽じゃないかしら。 有性生殖なんで高いコストを払って有性生殖なんてものを採用しているのかといえば、それは多様性のためと考えられている*1。同種内で遺伝情報をシャッフルする仕組み。例えば一組の夫婦
睡眠時間に関わる遺伝子？ - 蝉コロン
科学, ぼやぼや論文ではなくてthe American Society of Human Geneticsでの学会発表なようだけれども。The Gene for Zzzzzzzz - ScienceNOW 4260人(ヨーロッパ7カ国)について睡眠について質問すると共にDNAサンプルを採取した。そんで数千の遺伝子マーカーについて、何か睡眠と関連したのはないかなーと調べたところ、ABCC9というのが見つかった。ATP-binding cassette, sub-family C member 9でABCC9。幹細胞やってる人とかはABCトランスポーターをご存知かと思うけれど、あれの仲間でカリウムチャネル。この遺伝子について、あるタイプの人らは別のタイプの人らより睡眠時間が平均して6%短い。つまり7.5時間対8時間の違いがでてくるのだとか。で、ショウジョウバエでこの遺伝子を潰すとやっぱり睡眠時
海は巨大ウイルスでいっぱいだー - 蝉コロン
科学, ウイルスここ数年、巨大ウイルスの存在がちらほら報告されている。巨大ウイルスはただおっきいだけじゃない - 蝉コロン ウイルスに感染するウイルス - 蝉コロン 一般的に言ってウイルスは、ゲノムサイズが小さく最低限の遺伝子セットしか持っていない。複製には宿主細胞の機構を利用するので、自分自身はわりとコンパクトにまとまっている。遺伝子10個とかそんな感じ。B型肝炎ウイルスなんて全長3kbくらいで遺伝子4つ。こんなシンプルな(ように見える)構造のウイルスをなかなか排除できないってのも一つの興味ではあるけれども、今回は巨大ウイルスの話。 ゲノムサイズ最大のウイルスであるミミウイルスの仲間、ママウイルスは淡水に棲むアメーバに感染するウイルスで、ゲノムサイズ1200kbで1200個以上の遺伝子を持っている。どうですHBVと桁違いすぎでしょう。で、こういうでっかいのは極めてレアなケースなのか、ある
で、結局ヒトゲノムに遺伝子はいくつあるの？ - 蝉コロン
科学, ゲノムThe Great Beyond: My genome has how many genes? 10年前の最初のゲノム解読のニュースの記憶から、ずっと3万だと思っていたのだけれど、実はもっと少ないようで。 1964年は6,700,000個と見積もられていた。多すぎ。まだイントロンの存在も知られてなかった頃で、細胞あたりのDNA量から計算したのかな。1990年代にはゲノムプロジェクトが始まり、遺伝子地図だとかESTデータベースだとかが整備されてきた頃は5万〜10万の幅でいろいろ言われていた。2001年最初のゲノムのドラフトシークエンスができたころは3〜4万だとかになった。確か当時「思ってたよりずっと少なかった！」と驚かれてた。そしてそれから10年でrefineされて現時点で最も正確な見積は22,333個だって(NCBIのRefSeqより)。ずいぶん減ったなー。10年前のドラフト
コンニャクは英語で悪魔の舌、学名は - 蝉コロン
生活以前に留学生の歓迎会があった。その留学生がこんにゃくを指してこれは何だと聞く。とりあえず英語の発音っぽく「コンニャクー(ニャにアクセント)」などを試みるが通じない。すると日本滞在が長い留学生がこれはdevil's tongueだと言う。悪魔の舌だって。へー英語だとそう言うんだ。もっともコンニャクの存在を知らない人にはdevil's tongueでもダメだと思うけどね。わかる人ならKonjacで通じる。 その場では、あの黒っぽくてつぶつぶのあるコンニャクが血色の悪い悪魔の舌なのだなと思い、かばかりと心得て帰ったのだけれども、あれ花だね。花の形だ。wikipedia:コンニャクより。悪魔の舌っぽい。ｹｰｯｹｹｹｹｯｹｰと笑いそうである。 ここのところ小石川植物園のショクダイオオコンニャクあるいはスマトラオオコンニャクが話題なので思い出したのでした。あれデカイねー(種をまいて１６年…“世界最
"100歳以上生きられる遺伝子の特徴"の論文はダメかもしんない - 蝉コロン
＊論文が激しい批判を受けているのは事実だけども詳細が間違ってたら教えてください。この論文ね。Genetic Signatures of Exceptional Longevity in Humans -- Sebastiani et al., 10.1126/science.1190532 -- Science フルテキスト読めないわけだけども金払わないと。 先日のニュースニュース - 科学＆宇宙 - 長寿者は遺伝子に特徴（記事全文） - ナショナルジオグラフィック 公式日本語サイト100歳まで生きられるかどうか予見することは未だ不可能だが、見通しは立ちつつあるようだ。約70種の遺伝子の150種の組み合わせが長寿に関係することがわかり、100歳前後まで生きることができるかどうかを77％の精度で予見できるようになったとする研究が発表された。ところがこれに統計遺伝学者は懐疑的というか総ツッコミ
エイリアンのDNAを作ってみる - 蝉コロン
科学さっきテレビでやってた映画エボリューションで、エイリアンは10種類の塩基を持っているとされていました。一応書いておくと、我々地球上の生物は4種類の塩基です。AGCT。エイリアンは10種類もあるから進化が早いのだというお話でした。どういう理屈でそうなるのか知りませんが、実際に、この地球上において、塩基の種類を増やしてみようと思っている研究者がいます。 横浜理研の生命分子システム基盤研究領域核酸合成生物学研究チーム、平尾一郎先生の研究室では、新規の人工塩基対を開発しています。AとT、GとCに加え、ﾌﾆｬﾗﾗとﾎﾆｬﾗﾗの第三の塩基対を生み出す仕事。最初は新塩基の名前XとYとかだったみたいだけど、研究者がいろいろ作りすぎてもう1文字で表せなくなったので最新のはDsとかPaとかだそう。ちなみにこの新しい塩基対DsとPaはカタチ的にいい具合になってて水素結合してないそうですよ。あんなん別にいらん
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