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生命科学に関するotori334のブックマーク (543)

  • n-gram - Wikipedia

    Six n-grams frequently found in titles of publications about Coronavirus disease 2019 (COVID-19), as of 7 May 2020 An n-gram is a sequence of n adjacent symbols in particular order. The symbols may be n adjacent letters (including punctuation marks and blanks), syllables, or rarely whole words found in a language dataset; or adjacent phonemes extracted from a speech-recording dataset, or adjacent

    n-gram - Wikipedia
    otori334
    otori334 2022/02/01
    DNAの読み枠解析にtrigram使ってそう.未確認.
  • ゴールデンライス - Wikipedia

    ゴールデンライス(右)と白米(左)の比較 ゴールデンライス(英: golden rice)はイネOryza sativaの品種の1つで、ビタミンAの前駆体であるβ-カロテンの生合成が可部でも行われるよう遺伝子操作を行った品種である[1][2]。ゴールデンライスはビタミンAの摂取が不足している地域で生育し消費される栄養強化品となることを目的として開発された。ビタミンA欠乏症によって毎年67万人の子供が5歳に達するまでに死亡し[3]、さらに50万人に不可逆的な失明が引き起こされていると推計されている[4]。コメは世界の半数以上の人々の主であり、アジア諸国では摂取するエネルギーの30–72%を占めるため、ビタミン不足の対策として効果的な作物である[5]。 ゴールデンライスとその元となった系統との差異はβ-カロテン生合成遺伝子が付加されているという点である。通常β-カロテンは葉で産生されて光

    ゴールデンライス - Wikipedia
  • 終止コドン - Wikipedia

    終止コドンとは、遺伝暗号を構成する64種のコドンのうち、対応するアミノ酸(とtRNA)がなく、最終産物である蛋白質の生合成を停止させるために使われているコドン[1]。終結コドンあるいはアミノ酸を指定しないことから、ナンセンスコドンとも呼ばれる。 一般に核ゲノムから転写されるmRNA上のコードでは、UAA(オーカー)・UAG(アンバー)・UGA(オパール)の3種がある[2]。

    otori334
    otori334 2022/01/31
    “UAA(オーカー)・UAG(アンバー)・UGA(オパール)”
  • オープンリーディングフレーム - Wikipedia

    分子遺伝学において、オープンリーディングフレーム(英: open reading frame、ORF)とは、翻訳される能力を持つリーディングフレームの部分のことである[1]。ORFとは、開始コドン(通常はAUG)で始まり、終止コドン(通常はUAA、UAG、UGA)で終わるコドンの連続した一続きである[2]。ORF(必ずしも最初のものとは限らない)内のATGコドン(RNAで言うAUG)は、翻訳が開始される場所を示している可能性がある。転写終結部位は、ORFの後に、翻訳終止コドンの先にある。もし、転写が終止コドンの手前で止まると、翻訳時に不完全なタンパク質が作られる[3]。複数のエクソンを持つ真核生物の遺伝子では、転写後にイントロンが除去され、エクソンが結合されて、タンパク質翻訳のための最終的なmRNAが生成される。イントロンには終止コドンが含まれていたり、リーディングフレーム間のずれが発生す

  • in situ - Wikipedia

    分子生物学などでは、実験において「生体内の来の場所での」という意味で用いられる。in vivo(イン・ヴィヴォ) も生体内であるが、in vitro(イン・ヴィトロ) が「試験管などで培養された細胞内」での実験を指すことがあるのに対し、in situ は「その細胞が由来する生物個体内の来あるべき場所」での実験を意味する。その細胞の位置が重要であったり、細胞がその周囲からの影響を受けているような場合に、このような条件での実験が必要となる。

  • シスエレメント - Wikipedia

    シスエレメント(cis-element、cis-regulatory element またはcis-acting element)は同一分子上の遺伝子発現を調節するDNA またはRNA の領域を指す。シス(cis)はラテン語で「同じ側」の意味であり、「同じ側で発現調節する要素(因子)」がシスエレメントの原義。 一般にシスエレメントは遺伝子上流部の転写因子が結合する領域を指す場合が多い。転写因子はタンパク質であり細胞内に拡散して特定のDNA 配列(シスエレメント)に結合して転写を調節するため、同じ場所に留まらずトランス(trans)に作用する。一方、シスエレメントはDNA またはRNA 分子内の転写因子等に認識される塩基配列で、同一分子に即ちシスに作用し、遺伝子発現を調節する。 古典的なラクトースオペロンを例にとると、オペレーターがシスエレメントであり、トランス因子であるラックリプレッサーが

  • https://users.ox.ac.uk/~grafen/cv/scramble.pdf

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    otori334 2022/01/29
    “Genetic Scrambling as a Defence Against Meiotic Drive”
  • 選択係数| 遺伝学

  • Informing deep neural networks by multiscale principles of neuromodulatory systems

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    Informing deep neural networks by multiscale principles of neuromodulatory systems
    otori334
    otori334 2022/01/25
    Informing deep neural networks by multiscale principles of neuromodulatory systems
  • https://www.toyotariken.jp/wp-content/themes/test_web/toyota_report/69/s-32.pdf

    otori334
    otori334 2022/01/24
    微粒子誘電泳動を用いた電気的多検体同時DNA検出法の開発
  • Tandem affinity purification - Wikipedia

  • 分子進化のほぼ中立説 - Wikipedia

    分子進化のほぼ中立説(ぶんししんかのほぼちゅうりつせつ)、または、弱有害突然変異体仮説(じゃくゆうがいとつぜんへんいたいかせつ)とは、分子進化の中立説から発展し、分子レベルでの弱有害突然変異(あるいは、弱有利突然変異)が生物進化に及ぼす効果を理論的に説明する仮説である。 ほぼ中立説は1973年に太田朋子によって提唱され [1] (この時点では弱有害突然変異の効果のみ含む)、1990年代初頭にほぼ中立である弱有利突然変異と弱有害突然変異の効果を含む説に拡張された。 ほぼ中立説が木村資生の中立説と異なる点は次のとおりである。 中立説では自然淘汰の影響を受けない完全な中立突然変異に主題を置き、進化速度は集団サイズとは相関がなく、中立突然変異率に等しくなると論じた。 一方、ほぼ中立説では集団サイズと分子進化速度の相関を予想している。簡単に説明すれば、遺伝的浮動は弱有害突然変異を集団中に固定する力で

  • 反復配列 - Wikipedia

    この記事は検証可能な参考文献や出典が全く示されていないか、不十分です。 出典を追加して記事の信頼性向上にご協力ください。(このテンプレートの使い方) 出典検索?: "反復配列" – ニュース · 書籍 · スカラー · CiNii · J-STAGE · NDL · dlib.jp · ジャパンサーチ · TWL (2023年10月) 反復配列(はんぷくはいれつ、英語: Repetitive sequence)とは、生物ゲノムのDNA配列で、同じ配列が反復して(特に数回以上)見られるものの総称である。真核生物、特に進化した動植物に多く見られる。 一部を除いて機能はよくわかっていないため、従来は無駄な「ジャンクDNA」あるいは「利己的遺伝子」の例とされる一方、遺伝的組換えを通じて進化に大きく関わったとも考えられてきた。最近になって、一部のものについては遺伝子の発現調節に関わっている可能性が指

  • ロボットの最適な設計をアルゴリズムが考えると、驚くほど「奇妙な形状」ができあがる

  • 【書籍】セルプロセッシング工学 (増補) –抗体医薬から再生医療まで– | Chem-Station (ケムステ)

    その他 【書籍】セルプロセッシング工学 (増補) –抗体医薬から再生医療まで– 2022/1/18 その他, 化学書籍レビュー コロナ社, 書籍紹介, 生化学, 細胞工学 コメント: 0 投稿者: DAICHAN 今回ご紹介する書籍「セルプロセッシング工学 (増補) –抗体医薬から再生医療まで–」は、2007 年にコロナ社から刊行された同書籍の改訂増補版で、この約 15 年の間に発展した細胞工学のトピックを追加した決定版となっています。 ケミカルバイオロジー分野の発展により、ケミストにも有機合成だけでなく培養動物細胞を用いた活性試験の技術を求められるようになってきました。執筆者も元々はそうだったのですが、ラボで代々受け継がれている細胞培養の方法をマニュアル通りにこなすことはできるけど、各工程の意味やポイントなどをしっかり理解できていない方もいらっしゃるのではないでしょうか。 書では動物細

  • 後口動物 - Wikipedia

    Deuterostomia の語は、トマス・ヘンリー・ハクスリーによって1875年に作られた。ギリシャ語で deuter(o)(2番目の・後の)+ stoma(口)からなり、口が2次的に作られるという意味。当時は、原口が口になる Archaeostomata(刺胞動物なども含まれる)と対立するものとして分類された。 専門書では「後口動物」の語が使われることが多いが、高校生物用の参考書では「新口動物」の語が使われている。 かつては語義から棘皮動物門・半索動物門・脊索動物門・毛顎動物門・外肛動物門・腕足動物門などが含まれた。ただし毛顎動物門、外肛動物門、腕足動物門については、後に前口動物の冠輪動物であると判明した(後述参照)。21世紀の現在では、棘皮動物門・半索動物門・脊索動物門のみを後口動物に含むようになり、これら3門の単系統性は支持されている。なお、これらの中に(クモヒトデの一部など)原口

    後口動物 - Wikipedia
  • 遺伝子操作したブタの心臓を移植 世界初、米の57歳男性に(共同通信) - Yahoo!ニュース

    重い心臓病の患者にブタの心臓を移植する米メリーランド大の医師ら=7日、メリーランド州ボルティモア(同大提供・AP=共同) 【ワシントン共同】米メリーランド大は10日、重い心臓病の57歳男性に、免疫拒絶が起きないよう遺伝子操作したブタの心臓を移植したと発表した。世界で初めてとしている。手術から3日後の今も患者の経過は順調で、注意深く推移を見守る。米国でも移植のために提供される心臓は不足しており、執刀医は「問題解決に一歩近づいた」としている。 渡航臓器移植で邦人2人死亡 術後に容体が悪化 ブルガリア 21年 手術を受けたメリーランド州在住の男性は不整脈で1カ月半入院しており、生命維持装置を使っていた。心臓移植を受けられず、人工心臓も装着できなかったため、今回の移植以外に助かる手段がない状態だった。昨年末、品医薬品局(FDA)が手術を認めた。

    遺伝子操作したブタの心臓を移植 世界初、米の57歳男性に(共同通信) - Yahoo!ニュース
  • 突然変異 - Wikipedia

    突然変異(とつぜんへんい、英: Mutation)とは、生物やウイルスがもつ遺伝物質の質的・量的変化。および、その変化によって生じる状態。 核・葉緑体において、DNA、あるいはRNA上の塩基配列に物理的変化が生じることを遺伝子突然変異という。染色体の数や構造に変化が生じることを染色体突然変異という。 細胞や個体のレベルでは、突然変異により表現型が変化する場合があるが、必ずしも常に表現型に変化が現れるわけではない。また、多細胞生物の場合、突然変異は生殖細胞で発生しなければ、次世代には遺伝しない。 表現型に変異が生じた細胞または個体は突然変異体(ミュータント、mutant)と呼ばれ、変異を起こす物理的・化学的な要因は変異原(ミュータゲン[注釈 1])という。個体レベルでは、発癌や機能不全などの原因となる場合がある。しかし集団レベルでみれば、突然変異によって新しい機能をもった個体が生み出されるの

    突然変異 - Wikipedia
  • 人工培養された脳細胞によるゲームプレイの仕組み 〜自由エネルギー原理について〜|masa_kazama

    イントロ「実験室内で培養した人の「ミニ脳」にゲームをプレイさせることに成功、AIよりも速いわずか5分で習得」というニュースが話題になっています。 脳細胞をトレーの中で人工培養させて、その細胞に卓球ゲームの「Pong」をプレイさせたところ、たった5分で学習し、ラリーが続くようになったと報告されています。まるで、マトリックスの映画のようで、この技術を使った未来がワクワクすると同時にちょっと怖くもあります。一体、どんな技術を使って、脳細胞に卓球ゲームを学習させたのでしょうか。このニュースを取り上げている記事は多かったのですが、中身の仕組みについて解説している記事は多くありませんでした。そこで、このブログ記事では、ミニ脳にゲームを学習させた仕組みを自分の勉強がてらに、備忘録的にざっくりとまとめたいと思います。(そのため、自分の理解や記述が間違っている箇所があるかもしれません。もしありましたらお知ら

    人工培養された脳細胞によるゲームプレイの仕組み 〜自由エネルギー原理について〜|masa_kazama
  • 3D-printed 'living ink' is full of microbes and can release drugs