Bayes 法による系統解析－MrBayes 3.1.2
諸注意 この解説は MrBayes 3.1（最新版は 3.1.2）を使い始めるにあたって，マニュアル・ 参考書などを整理しながら書いています。 従って，細かいところで今後修正する箇所も出てくる可能性があることをご了承下さい。 特に世代数や burnin の値については他の研究者らがどのような値を用いるのか， 今後出てくる MrBayes 3.1 を用いた系統解析の論文なども参照したいところなので， このプログラムを実際に使ってみる場合にはご注意下さい。 MrBayes 3.1.2 には，当然ながらここで紹介した以外にも様々な機能や設定がありますので， 必要な場合には直接参考書や説明書をお読み下さい。 ここでは Windows XP，Vista の環境で系統解析を行うことを前提とした方法を書いていますが， Mac OS の場合でも OS に依存する操作の違いはありますが，大きな違いはないと思
Bayes 法による系統解析―原理
最近ではベイズ法を用いて（MrBayes を用いて）系統解析を行う論文も大分増えており， 方法論としてはほぼ定着した感があります。 しかしその原理や考え方についてはあまり広く理解されていないようでもあります。 そこで，筆者が幾つかの文献や資料を読んで理解した範囲で，その考え方を紹介しておきたいと思います。 筆者は数学（統計学）を専門にしているわけではありませんので，数学的に厳密な解説ではないかもしれませんが， その程度の解説と思って読んでいただければいいと思います。 正確・詳細な解説については末尾の参考文献・サイトを当たってみてください。 なお，間違いなどがありましたら，ご指摘のほどよろしくお願い致します。 ベイズの事後確率（Bayesian posterior probability）が最大となるような系統樹を求める方法です。 これは最尤法が尤度が最大となるような系統樹を求める方法である
単系統，側系統，多系統
「単系統」（monophyly）あるいは「単系統群」（monophyletic group）という用語と側系統・ 多系統など関連する用語は，系統解析や分類学などの論文・文章などでしばしば用いられます。しかし専門外の方には「単系統」 という用語を正しく理解していない人も多いようです。そこで系統学にとって最も基本的な概念である「単系統」 という用語について少し解説を試みてみます。なお，「単系統」という用語の定義にも研究者によって違いがあります （Ashlock, 1971; Farris, 1991; 三中, 1997）。ここではワイリー ほか (1992) の単系統群の定義を基本に紹介し， 側系統群の定義については Farris (1974) や Farris (1991) を踏まえた見直しも行っています。 まず，一般的に用いられている「単系統群」は、「ある祖先とその子孫すべてを含む種の集合
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