幾霜::残日録::2008/01/18 (金)
WindowsではVisual C++ 2008 Express Editionを、MacOS XではXcode 3.0をダウンロードしてインストールします。 最適化コンパイルしてバイナリを作成するには、まず自分のPCのCPUが何なのかを知らなくてはなりません。Windowsなら「コントロールパネル」の「システム」の項を、MacOS Xなら「このMacについて」を見て下さい。CPUが分かったら、SSE / SSE2 / SSE3 / AltiVecなどの拡張命令のサポート状況を検索して調べましょう。WindowsならCPU-ZとかCrystalCPUIDなどのソフトで調べることもできます。SSSE3とかSSE4というのも既にありますが上記のコンパイラではサポートされていません。 拡張命令のサポートに応じて以下のようにコンパイルオプション(CFLAGS)を変更します。Windows用のMak
Bayes 法による系統解析－MrBayes 3.1.2
諸注意 この解説は MrBayes 3.1（最新版は 3.1.2）を使い始めるにあたって，マニュアル・ 参考書などを整理しながら書いています。 従って，細かいところで今後修正する箇所も出てくる可能性があることをご了承下さい。 特に世代数や burnin の値については他の研究者らがどのような値を用いるのか， 今後出てくる MrBayes 3.1 を用いた系統解析の論文なども参照したいところなので， このプログラムを実際に使ってみる場合にはご注意下さい。 MrBayes 3.1.2 には，当然ながらここで紹介した以外にも様々な機能や設定がありますので， 必要な場合には直接参考書や説明書をお読み下さい。 ここでは Windows XP，Vista の環境で系統解析を行うことを前提とした方法を書いていますが， Mac OS の場合でも OS に依存する操作の違いはありますが，大きな違いはないと思
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http://webcache.googleusercontent.com/search?q=cache:KTzmU18YXQ0J:evol.mcmaster.ca/~brian/evoldir/Answers/Nuclear.and.mitochondrial.phylogeny.answers+%22BEGIN+mrbayes%22+unlink+invgamma&cd=2&hl=ja&ct=clnk&gl=jp
http://molecularevolution.org/molevolfiles/mrbayes/mb_part_block1.txt
https://msu.edu/course/zol/855/f09/mrbayes_templates_102809.txt
Phylogenetics: Morphology and Partitioning in MrBayes - EEBedia
CAS: MrBayes Command blocks
MrBayes Tutorial - Bodega Phylogenetics Wiki
https://rhizobia.nz/downloads/MB-search.txt
http://www.nematodes.org/teaching/tutorials/phylogenetics/Bayesian_Workshop/Data/A-1/example.parts.nex
https://evol.mcmaster.ca/~brian/evoldir/Answers/Nuclear.and.mitochondrial.phylogeny.answers
