退官間近の研究職。研究室に山積みの「虎の子蔵書」。最適解を学生に学び、事なきを得た話。
十余年在籍した研究室を退官するにあたり、漠然と悠々自適な趣味の生活ばかりを思い描いてきたが、思いのほか生活を根本から見直さねばならなかった。それは経済的理由ではなく、研究者の端くれとして学術業界で身すぎ世すぎしてきた者として、より深刻な事案だ。 教え子の進路でも老後の費用でもなく、研究室に山積みになっている蔵書のことだ。 きっと同じ悩みを持つ同業者も多いと思うので、人生の一部が詰まった本棚という卒論より難解な課題を、理想的に解決した話を残しておきたい。 いつまでもあると思うな研究室 日常的に目に入ってる研究室の本棚という存在が、いかに有り難いことだったのか、ここに来て気づかされた。 自宅の書斎はすでにいっぱいで、ついつい買い足した本や資料は研究室の本棚に置くようになった。 大学ならばスペースもあるし、講義や研究に使う以外にも、学生たちに閲覧させたり貸出する意味でも置いている意味がある。 学
「6年解けなかった構造があっさり」──タンパク質の“形”を予測する「AlphaFold2」の衝撃 GitHubで公開、誰でも利用可能に
米Alphabet傘下の英DeepMindが、遺伝子配列情報からタンパク質の立体構造を解析するAI「AlphaFold v2.0」（以下、AlphaFold2）をGitHub上で無償公開し、ネット上で注目を集めている。Twitterを利用する生物系の研究者からは「革命的な成果だ」「これからの研究の前提が変わっていく」など、AlphaFold2の予測精度に対して驚きの声が相次いだ。 なぜAlphaFold2はこれほどの驚きや賞賛をもって迎えられているのか。タンパク質構造解析の難しさをひも解く。 未知の部分が多いタンパク質の構造 タンパク質は数十種類のアミノ酸からできており、配列によってさまざまな性質に変化する。例えば筋肉、消化酵素、髪の毛はそれぞれ役割が異なるが、いずれもタンパク質で作られている。タンパク質の構造が分かれば、生体内の化学反応の理解が進む。アルツハイマー型認知症やパーキンソン病
科学的分析の道具としてのニューラルネットワークを勝手に考えてみる(追記つき) - 蒼龍のタワゴト~認知科学とか哲学とか~
しばらくの間、このブログが放置状態になっているのは気になっていた。前に触れた、アブダクションとIBE(最良の説明への推論)との関係については、関連論文からめぼしい部分を見つけて引用のためにそれを翻訳したりと、準備は進めているがまだ記事を書く段階には至っていない。この辺りについては日本語で読める解説があまりないようなので、あれば便利なので記事にしておきたい気もするが、それなりにちゃんと書こうとすると案外大変。まぁ、無理せずマイペースでやっていきます。 私は同時並行的にあちこちに関心が移るが、ここに書けるほどのものは今はない。過去に遡ればいろいろなくもないが、わざわざ書こうとする気が起こるテーマがある訳でもない。そこで今回は、ネットや論文でここのところ見て気になったテーマを、面倒なのでサイトや文献への参照なしで書きます。気になる人は自分で調べて確認してください。 ニューラルネットワークをどう使
エクセル近似曲線の罠 - 小人さんの妄想
エクセル近似曲線の「指数近似」「累乗近似」は、いわゆる非線形最小二乗法ではない。 ・エクセルで用いているのは、データの対数に直線をあてはめるという方法。 ・いわゆる非線形最小二乗法とは、残差（誤差）の２乗和を最小にする方法。 詳しいことは以下のページで尽きているのだが、エクセルの近似曲線は便利だと、 私自身多くの人に勧めている手前、注意を忘れないよう記載しておく。 * Excelグラフ累乗，指数，多項式近似の論文記載の注意(生物科学研究所 井口研究室) >> https://biolab.sakura.ne.jp/excel-graph.html * 指数近似 赤い点で描かれているのが元になるデータ、 Y = 0.8 * exp( 0.3 * X ) に、Xに比例する大きさで正規乱数を加えたもの。 下側の青い線がエクセルの指数近似曲線。 上側の緑の線はＲ言語による非線形回帰。 * 累乗近似
小さい画像をきれいに拡大 人工知能を使ってノイズを除去する“スゴイ”ソフトウェア「waifu2x」 - はてなニュース
Webサイトを作る際に、用意した画像が粗かったり、画像のサイズが小さ過ぎたりした経験はありませんか？ 人工知能の技術を活用したソフトウェア「waifu2x」を使えば、ノイズのある画像をきれいに拡大できます。はてなブックマークには「すごい」「これは使える」など多くのコメントが集まっています。 ▽ waifu2x waifu2xのページで、拡大したい画像のURL、もしくはパソコン内にある画像ファイルを選択します。「ノイズ除去」と「拡大」の項目では、画像のノイズをどの程度を抑えるか、画像サイズを何倍にするかを指定できます。「送信」ボタンを押すと、変換された画像が出力されます。 開発者であるultraist（id:ultraist）さんのブログ記事によると、waifu2xは実際に画像を修復するのではなく、縮小されたり、圧縮されたりする前の状態を人工知能が予想して変換します。waifu2xは「スゴイ
海外の旅に出る前に用意したい100円グッズと便利な使い方
日本に帰ってから行ってみたい場所のひとつに100円ショップがありました。海外でも似たような店舗はたくさんありますが、日本のレベルには達していません。価格が安ければ品質が伴わない、品質を求めたら価格が高くなるというジレンマに陥ります。オーストラリアの店で手にした中国製のマルチツールは、刃がペラペラで缶を切る前に曲がって困りました。だからこそ、日本で用意するのが無難でしょう。100円ショップのグッズは旅に欠かせません。少し工夫を凝らしたら、旅を快適にもできます。 こんにちは、自転車世界一周の周藤卓也＠チャリダーマンです。そろそろ旅立ちますが、寒いらしいので心配です。今回もまた100円ショップで、いろいろと買い込んだので紹介してみます。 3年ぶりの日本の100円ショップは、電子機器が豊富になったと感じました。3年前はカードリーダー類が100円ショップで買えることなんてありませんでした。液晶の保護
量子化学計算勉強室 無償ソフト
[Ⅰ] 公開ソフトについて 公開ソフト全般の紹介・解説書としては以下のものが幅広く書かれている。 すぐできる「量子化学計算ビギナーズマニュアル」 講談社 2006年 この分野でもっとも有名な計算ソフトは"Gaussian"シリーズであるが、残念ながら有償である。この"Gaussian"と比べても 能力的に遜色のないとされる無償のソフトが"GAMESS"(これにもUS_GAMESSをベースに、PC_GAMESS,Win_GAMESS,UK_GAMESSなど種々のものがある） である。この２つのタイプのプログラム以外にも様々なソフトが紹介されている。 ここでは、PC_GAMESSとそれに関連するプログラムの入手についてごく簡単に説明する。 [Ⅱ] PC_GAMESS/Facio/Molekelの入手と使用法 PC_GAMESSは量子化学計算本体プログラムではあるが、当然の事ながらプログラム内容
pooneilの脳科学論文コメント: フリーのConference management system / Abstract management system
■ フリーのConference management system / Abstract management system 以前、生理研のCOE国際シンポジウムの準備をしていたときに、webベースでabstract submissionとかを受け付けるためのConference Management Softwareについて調べてリスト化してエントリを作成したことがあるのですが(20050412)、結局そのときはソフト自体は使わずにメールベースで処理することになりました。 あれから５年が経って、国際シンポジウムのオーガナイザーをするにあたって、このへんが使えるかどうか調べてみることにしました。学会だったらScholarOneとかOASIS (Coe-Truman Technologies)とかをサポート込みで買えばいいんでしょうけど、そんなふうにお金はかけられません。フリー版を探してみ
2009年も使っていきたい5つのツール | シゴタノ！
「ツール」をテーマとして、今年一年を振り返ってみたいと思います。 私自身に限っていえば、2008年はツールの当たり年でした。当たり年どころかもしかすると、2008年こそ、今まで生きてきた中で、ことツールに限っていえば最高の一年だったかもしれません。 私自身は、実業家でもなければ、プログラマーでもないので、「ツール」ということでいうと、人のお世話になりっぱなしです。それが少々心苦しくもあり、他方もどかしくもあります。 が、2008年はたしかに、「もどかしさ」に限っては心から消え失せつつあります。つまり、ツールが自分の望むところを、ほぼ100％叶えてくれるようになってきたからです。こうなればあとは、使い込むだけという段階に入りつつあります。 今年とりあげた、そんなすばらしいツールたちを簡単に振り返ってみることにします。 なくなるとたちまち仕事にならなくなるツール 情報と原稿管理は全てEVERN
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基礎生物学研究所 / トレーニングコース-概要
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国立がん研究センター、p53遺伝子の欠失がラットの発生を阻害することを明らかに、遺伝子改変動物の効率的な作製も
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