Amazon.co.jp: バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門: Pavel A.Pevzner (著), Neil C.Jones (著), 渋谷哲朗 (翻訳): 本
ChemDoodle Web Components | JavaScript HTML5 Chemistry
ChemDoodle Web Components A minimal, open-source, JavaScript library for fast, professional, HTML5 scientific interfaces Tutorial Download What are ChemDoodle Web Components? The ChemDoodle Web Components (CWC) library is a pure JavaScript chemical graphics and cheminformatics library derived from the ChemDoodle® application and produced by iChemLabs. ChemDoodle Web Components allow the wielder to
大規模フィンガープリント類似検索のための簡潔マルチビット木の実装を公開しました - Yasuo Tabeiの日記
以前のブログで紹介した簡潔マルチビット木のc++による実装 (Succinct Multibit Tree (SMBT)) を公開致しました。ソフトウェアーはgoogle codeからダウンロードすることができます。 http://code.google.com/p/smbt/ SMBTは去年のWABIで発表した内容にもとづいています。 簡潔マルチビット木に関するブログ記事 : http://d.hatena.ne.jp/tb_yasu/20120808/1344415559 論文 : Yasuo Tabei: Succinct Multibit Tree: Compact Representation of Multibit Trees by Using Succinct Data Structures in Chemical Fingerprint Searches, Workshop
情報系の人が生命科学者のモチベーションを知るのに有用かもしれない統合TV 10選 - Loud Minority
Entrez SNP を使い倒す（前編）PubMed/OMIMへの扉をひらく Entrez SNP を使い倒す（後編）下戸遺伝子の多型をさぐる 新たなる有用遺伝子候補を探索する 高速アラインメントツールBLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す2009 遺伝子発現データの活用事例 biomartを使い倒す〜遺伝子の上流配列を取得する〜2009 Biomartを使い倒す-マイクロアレイprobeIDの対応表を作る Gene Ontologyを使って特定遺伝子の機能情報を検索する OMIMを使い倒す 家族性乳がんの関連遺伝子をさぐる RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる おまけ． Galaxyを使い倒す-特定の転写因子予測結合領域と遺伝子上流領域の「交差点」をリストアップする 自然言語処理技術の活用実例
生命情報学系論文誌の傾向と対策 - Loud Minority
幸せなバイオインフォマティクス研究生活を送るために、論文誌の傾向と対策です。 バイオインフォマティクス（生命情報学、生物情報学）分野は幅広い生命科学分野をカバーしているので雑誌によって傾向があります。その傾向をまとめてみました。円の大きさは、その雑誌に載ったときの社会的なインパクトの大きさです。バイオインフォ関係の論文が掲載される雑誌は数多ありますが、ここで選択したのは以下の基準で選びました。 生物実験無しでコンピュータ及び数式的な解析だけで載る可能性が有る 種や現象に偏りすぎていない（そのため遺伝学系の雑誌や植物など種を特定したものを省いてあります） ざっくりとした傾向として、 一般的なキャッチーさが求められる雑誌 Nature, Science, Nature系列(Biotechnology, Genetics, Methods), Cell(上記図に忘れています), PNAS 生物学
データ整備・解析のためのインフラ整備について - Loud Minority
この数ヶ月で，国内の複数の研究所の方々とお話しさせて頂く機会があったのですが，バイオインフォで重要と私が思っていている大量データを扱うためのインフラ整備が後手に回っている印象を受けました．色々な要因があるとは思うのですが，一つの側面についてのまとめと部外者視点の理想像で考えた問題提起です． 今後，当該分野が健全な発展を遂げられますように． 100401 BioinfoinfraView more presentations from sesejun.
Rによるバイオインフォマティクスデータ解析（第２版） - Loud Minority
著者の樋口さんより献本頂きました．ありがとうございます． この本が合う人は明確です． Rで何が出来るか眺めたい． Rを使い始めて，使い方を検索エンジンで検索したが，全然見つからない（入れるべき単語が分からない） RJpWikiとか眺めたけど，専門用語っぽいものがわからないので，俯瞰したい． 理論はどうでもよいので，Rで出来そうな事を一通り見てみたい というタイプの人です．これ一冊でRが1から10まで分かる事はありませんし，データ解析のイロハが分かる事もありません．ましてや，バイオインフォマティクスが何かにも答えてはくれません．例題も時々DNAの塩基配列やBioconductor(Rを用いたバイオデータ解析用の一連のコマンド群)が出てきますが，例題として出ている感じです． なので，はじめから最後まで通して読むのではなく，辞書的に使う本です．特に図を眺めて，自分の目的にあった検索用語を調べるた
Jalviewを使い倒す〜配列解析・系統樹編〜
Jalviewは多重アラインメントのビューワー/エディターです。Javaで作られており、Web上で動作するプラットフォームもあります。今回は、PCにインストールしたJalviewを使用して、多重アラインメントの結果から系統樹を作成し、また多重アライメントされた配列を削除・追加します。Jalviewのインストールは、Jalviewの「Download」から、「Install with InstallAnywhere」をクリックします。そして、自分のOSに合ったインストーラ(本動画の場合MacOSX)をダウンロードします。 今回使用するデータは「ClustalWで解析した結果をTreeView Xで描写する」の中で行っているClustalwの解析結果です。また、追加する配列はUniProt ID:Q6EV72です。
Local BLAST の使い方〜導入・準備編〜 2011
今回の統合TVは、自分のコンピュータでBLAST検索を実行する方法を紹介します。 現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。 しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。 そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう!今回はその第一弾、”導入・準備編”としてBLASTプログラムのインストール方法やBLAST検索用のデータベース作成方法について紹介します。
Rによるバイオインフォマティクスデータ解析 第2版 -Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング
内容はバイオインフォマティクスに限らずに割と広い内容をカバーした感じで、クックブックと逆引きの中間的なスタイルと言えば良いのだろうか？ Rのインストールから基本的な操作は（大体どの本にもあるように）載っていて データマイニングとしては PCA ICA PLS MDS SPE k-means,Fuzzy cmeans spectral clustering NMF SOM decision tree kNN SVM RF LASSO MARS がサンプルコードとともに簡潔に説明されている。 8章はバイオ系データの解析、チップとか。odesolveを利用したシミュレーションのサンプルもあって、SBMLRは面白そうだなぁと思った。メカニズムがどうなっているのかはモデルと実験系の不一致をよく突き詰めて考えることでしかきちんとした理解は得られないと思っている。 最後のほうの章は統合環境、データベース
共立出版株式会社 新刊・近刊2011年1月『Rによるバイオインフォマティクスデータ解析 第2版−Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング−』
Rによるバイオインフォマティクスデータ解析 第2版 −Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング− （ISBN978-4-320-05708-1） 樋口千洋 著 B5，336頁，4600円 ●内容 医学・生物学の分野では，マイクロアレイやプロテオミクスなどのゲノム関連データ解析の発展に伴い，大量のデータ解析を日常的に行うことが多くなってきた。このような状況において，統計解析環境RとそのアドオンソフトBioconductorは，もっとも有望なオープンソースのデータ解析ソフトとして，利用者もますます広がってきた。 本書は，ゲノム解析に関するデータ解析について，特にマイクロアレイ解析に偏ることなく，蛋白質解析，データベースとの連携など，バイオインフォマティクス全般についてできるだけ多くのパッケージの利用方法について、平易に解説している。また，初版執筆時より，統計
Open-bio.jp
オープンバイオ研究会 オープンソースのバイオインフォマティクスプロジェクトを推進 英名 Japan Open Bioinformatics Research Group 通称 Open Bio Japan 略称 (O|B|J) See wiki for details. 目的 海外では、BioPerl, Biopython, BioJava, EMBOSS などバイオインフォマティクス用のソフトウェア開発プロジェクトを円滑に推進するために Open Bio Foundation (OBF) が重要な役割を果たしており、これらのソフトウェアを含む数多くのオープンソースソフトウェアがアカデミック／コマーシャルを問わず広く使われています。しかし、国内ではこれらのプロジェクトに関わっている開発者が少ないことや、日本語ドキュメントの不足からか、まだ十分には活用されていませんし、国際的にも貢献が足りな
藤博幸「はじめてのバイオインフォマティクス」「タンパク質機能解析のためのバイオインフォマティクス」: ホットコーナー
ブログ(iiyu.asablo.jpの検索) ホットコーナー内の検索 でもASAHIネット(asahi-net.or.jp)全体の検索です。 検索したい言葉のあとに、空白で区切ってki4s-nkmrを入れるといいかも。 例 中村(show) ki4s-nkmr ウェブ全体の検索 ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。 --- http://iiyu.asablo.jp/blog/2010/09/30/5377471 三中信宏「生物系統学」、計算分子進化学、ゲノム進化学の本も で、 --- ここから --- お、計算分子進化学というのもあるのね。あ、藤博幸先生だ。やはり、から んでるのか。 http://www.amazon.c
Avogadro
Avogadro is an advanced molecular editor designed for cross-platform use in computational chemistry, molecular modeling, bioinformatics, materials science, and related areas. It offers flexible rendering and a powerful plugin architecture. Cross-Platform: Molecular builder/editor for Windows, Linux, and Mac OS X. Free, Open Source: Easy to install and all source code is available under the GNU GPL
BioRuby
2023/09/27 BioRuby 2.0.5 released (ChangeLog) 2022/09/13 BioRuby 2.0.4 released (ChangeLog) 2021/11/06 BioRuby 2.0.3 released (ChangeLog) 2020/12/31 BioRuby 2.0.2 released (ChangeLog) 2019/09/06 BioRuby 2.0.1 released (ChangeLog) 2019/06/14 BioRuby 2.0.0 released (ChangeLog) 2018/09/20 BioRuby 1.5.2 released (ChangeLog) 2016/09/07 BioRuby 1.5.1 released (ChangeLog) 2015/07/10-11 BOSC 2015 (Abstrac
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Amazon.co.jp: はじめてのバイオインフォマティクス (KS生命科学専門書): 藤博幸: 本
Amazon.com: Probabilistic Methods for Bioinformatics: with an Introduction to Bayesian Networks: Neapolitan, Richard E.: Books
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99ドルで「自分のDNA分析」が可能に
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