Must-read Papers in Bioinformatics courses
Protein seqeunce-sequence alignment: M. O. Dayhoff, R. M. Schwartz, B. C. Orcutt. A model of evolutionary change in proteins. in Atlas of protein sequence and structure, Volume 5 (M. Dayhoff, ed.). National Biomedical Research Foundation, Washington, D.C. 1978, Pages 345-352 Description: PAM matrix (construct a score matrix for guide protein sequence alignment) (Download PDF file) S. Henikoff, J
まめトーーク！ 解析
十～数百、それ以上のデータがある状態で分類器を構築する場合、私はRandom Forestをよく使います。Random Forestとは、標本データを復元ありの無作為抽出 (bootstrap)して作成した仮想データを多数生成して、それぞれのデータに対して毎回ランダムに選択した変数群を用いて決定木を構築、各々の決定木の多数決で予測を行うといった分類器です。bootstrapでデータの揺らぎを学習し (bagging)、多数の異なる決定木の多数決 (ensemble)でモデルの揺らぎを学習するイメージです。予測精度が高く、過学習 (overfit)しない点、bootstrapにより予測率が評価されるので、cross validation等が必要ない点など、扱いやすい方法です。 Rで計算できます。 パッケージをロードして、データを読み込みます (データはここからDLできます)。 library
長鎖ncRNAが操る「生命現象の裏社会」 | Nature 日本語版 Focus | Nature Research
広告企画 Nature 2011年12月1日号 この10年で、ヒトやマウスの大規模なゲノム解析が進み、タンパク質をコードしないnon-coding RNA (ncRNA)の存在が、あぶり出されることになった。当初、研究者の多くが「ゲノムのがらくた」としたncRNAだが、あまりの量の多さから「何らかの機能をもつ」と考えられるようになり、新たに研究されはじめた。その結果、核内の低分子RNAや20塩基程度のマイクロRNAには、発生、分化、代謝、ウイルス耐性、発がんなどのさまざまな機能が秘められていることがわかってきた。一方で、数百から数千塩基対に達する「長鎖ncRNA」については、やや出遅れていた感があった。ところが、ここへ来て興味深い成果が相次いでいる。ゲノムワイドな遺伝子発現制御に関与することがわかってきた長鎖ncRNAについて、最新の研究成果を紹介する。 サイエンスライター 西村尚子 夜明
脳の神経活動を可視化する - サイエンスあれこれ
2013年03月25日 01:34 カテゴリサイエンス最前線〜脳 脳の神経活動を可視化する Posted by science_q No Trackbacks Tweet 私たちの脳にある約1000億個の神経細胞は、私たちが生きている間、起きている時も寝ている時も、絶え間なく活動しています。どの神経細胞が、どの神経細胞と一緒に、どういう時に活動したのかを知ることができれば、脳が働くしくみがわかります。しかし、これまでは、神経細胞1個を識別できる解像度で、かつ脳全体の神経活動を観察することは不可能でした。 米ハワード・ヒューズ医学研究所・ジェネリアファームのMisha B Ahrens氏らは、性能を向上させたカルシウム応答性蛍光タンパク質（GCaMP5：1世代前のGCaMP3の数倍のダイナミックレンジ）とlight-sheet蛍光顕微鏡（市販品の約10倍の撮影速度）を用いて、ゼブラフィッシュ
ノンコーディングRNA - サイエンスあれこれ
2011年10月03日 06:19 カテゴリサイエンス最前線 ノンコーディングRNA Posted by science_q No Comments No Trackbacks Tweet ノンコーディングRNA（ncRNA）とは、タンパク質に翻訳されないRNAのことなのですが、聞いてもピンとこない人も多いかと思います。それもそのはず、これまでも転移RNA（tRNA）やリボソームRNA（rRNA）など、タンパク質に翻訳されないRNAは知られていたのですが、これらを敢えてncRNAと呼ぶことはなかったからです。ではなぜ今になってncRNAなどという言葉が台頭してきたのでしょう。それは、ここ数年の間に急速に進歩した、マイクロアレイや次世代シークエンサーといった、大規模遺伝子解析技術と関係があるんです。 これらの技術を使ってRNAの網羅的解析を始めた当初、研究者たちは、それまでの常識では考えられ
GENCODE - Home page
The goal of the GENCODE project is to identify and classify all gene features in the human and mouse genomes with high accuracy based on biological evidence, and to release these annotations for the benefit of biomedical research and genome interpretation. GENCODE are updating the annotation of human protein-coding genes linked to SARS-CoV-2 infection and COVID-19 disease. The Long-read RNA-seq Ge
かっこ悪い振られ方、二度と君に会わない
最初にお断りしておくが、これは冗長な自分語りである。あまり面白くないと思う。 共通の知人の結婚式で、前に付き合っていた女性に会った。もう数年前のことだ。 私たちは大学の同期生で、お互いが初めて付き合う相手だった。二十歳から付き合い始め、20代の大部分を二人で過ごした。同棲していた期間も長かった。20代の終わり、彼女が突然別れを切り出し、部屋を出て行った。会うのはそれ以来だった。 彼女は美人ではない。ファッションに力を注ぐタイプでもない。しかし彼女は、なんというか、非常に素敵になっていたのだ。その時だって別に美人ではなかったが、彼女を綺麗だという人がいても私は全く驚かない。付き合っているときはあんなにもっさりしていたのに。 私にはその時点で、特定の恋人がいなかった。それで思ったのだ。彼女とは趣味が合うことも分かっているし、一度は別れたが共に積み重ねた10年からの歴史があるわけで、もう一回付き
保険の見直し・保険相談なら「保険ほっとライン」
令和6年能登半島地震の影響により被害を受けられました皆さまに、心よりお見舞いを申し上げます。 被災地の一日も早い復旧と、皆さまの安全と健康を心よりお祈り申し上げます。 保険ほっとラインが選ばれる理由 POINT1 アフターフォロー かかりつけの保険相談ショップとして、お支払いや各種変更手続きなどをきちんとサポートいたします。 POINT2 全店に保険のプロが在籍 安心してご相談いただけるよう、ファイナンシャルプランナーがしっかりサポートいたします。 POINT3 日本初の来店型保険相談ショップ 1998年の誕生以来、「お客さまカルテ」を通してショップ全体で末長くサポートしております。 保険ほっとラインとは 保険ほっとライン誕生の背景
アルツハイマー病の患者に由来するiPS細胞を用いた細胞内へのアミロイドβタンパク質の蓄積に関連するストレスと薬剤応答性の解明 : ライフサイエンス 新着論文レビュー
アルツハイマー病の患者に由来するiPS細胞を用いた細胞内へのアミロイドβタンパク質の蓄積に関連するストレスと薬剤応答性の解明 Modeling Alzheimer's disease with iPSCs reveals stress phenotypes associated with intracellular Aβ and differential drug responsiveness. Takayuki Kondo, Masashi Asai, Kayoko Tsukita, Yumiko Kutoku, Yutaka Ohsawa, Yoshihide Sunada, Keiko Imamura, Naohiro Egawa, Naoki Yahata, Keisuke Okita, Kazutoshi Takahashi, Isao Asaka, Takashi Aoi, A
素人研究の方法
素人研究についてかって古書店巡りをしていた頃、何人かの素人研究家に出会った。軍歌の研究や、外国語辞書研究、あるいは紫式部の住所を特定する研究など、その全貌はよく分からないのだけど、彼らの話を聞くのは楽しかった。その目的は様々で、完全に個人的な楽しみの人もいれば、自分の研究に多少の自負と色気もあって世間に発表したいという人もいる。 ぶっちゃけた話をすると、50-100万程度の資金を用意し、上手く研究の対象を選び、時間さえかければ、誰もがなにかを発見することは出来る。プロが研究しないことを対象にすれば、そういうことは出来てしまうのである。 ところが素人の研究を発表し、認めてもらうというのはかなり難しい。外国語辞書を研究していた人は、とにかく外国語辞書を集める事が目的だった。選り好みしないという条件が付くけれど、古書店で売られている外国語辞書は安い場合が多い。ひたすら数を集めるのであれば、安価に
asm.js:コンパイラのための低レベルかつ高度に最適化可能なJavaScriptのサブセット
JavaScriptのサブセットとして静的型付け言語を定義し、事前コンパイルを可能にすることでJavaScriptの実行速度を劇的に改善しようというasm.jsの概要を、1つ前の記事で調べました。 まだasm.jsの情報は少ないのですが、その中でも分かりやすくまとまった記事がDevon Govett氏のブログBADASS JAVASCRIPTのエントリ「asm.js: A Low Level, Highly Optimizable Subset of JavaScript for Compilers」です。 Govett氏に翻訳の許可を得たので、翻訳記事として掲載します。 asm.js: A Low Level, Highly Optimizable Subset of JavaScript for Compilers MozillaのDavid Herman、Luke Wagnerそして
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