ギボシムシのゲノムから考察する新口動物の起源 : ライフサイエンス 新着論文レビュー
川島武士1・Oleg Simakov 1・佐藤矩行1・田川訓史2 （1沖縄科学技術大学院大学 マリンゲノミックスユニット，2広島大学大学院理学研究科 附属臨海実験所） email：川島武士 DOI: 10.7875/first.author.2015.117 Hemichordate genomes and deuterostome origins. Oleg Simakov, Takeshi Kawashima, Ferdinand Marlétaz, Jerry Jenkins, Ryo Koyanagi, Therese Mitros, Kanako Hisata, Jessen Bredeson, Eiichi Shoguchi, Fuki Gyoja, Jia-Xing Yue, Yi-Chih Chen, Robert M. Freeman Jr., Akane Sasaki,
環境省ゲノムのやつ - aggren0xの日記
福島県住民のゲノム検査断念の理由を ゲノムの解読過程で機械的な誤りが生じるため、専門家からは「親子間に違いがあったとしても放射線の影響なのか、他の要因なのかも区別できない」と妥当性を疑問視する声が続出。さらに、実子ではなかったことが解析で明らかになった場合の倫理的な課題も指摘されていた。 http://mainichi.jp/select/news/20130312k0000m040022000c.html と書かれていますが、ちょっとよくわからないです。 まず第一に後者の倫理面の問題ですが、これは確かに重大な課題ですが、これ自体が計画全体を中止させるものとまでは言えないと思います。とはいえこの問題点の指摘は正当です。 最初のやつ『ゲノムの解読過程で機械的な誤りが生じるため、専門家からは「親子間に違いがあったとしても放射線の影響なのか、他の要因なのかも区別できない」』というやつなんですけど
総合研究大学院大学 | 【プレスリリース】日本列島３人類集団の遺伝的近縁性
国立大学法人 総合研究大学院大学電話 046-858-1590 FAX 046-858-1542 プレスリリース概要『日本列島３人類集団の遺伝的近縁性』 ○記者会見出席者： 斎藤成也（さいとう・なるや） （総合研究大学院大学生命科学研究科遺伝学専攻 教授 兼任／ 国立遺伝学研究所 集団遺伝研究部門 教授）Timothy Jinam（ティモシー・ジナム） （国立遺伝学研究所 人類遺伝研究部門 博士研究員／ 総合研究大学院大学生命科学研究科遺伝学専攻 2011年9月博士課程修了）徳永 勝士（東京大学大学院医学系研究科人類遺伝学専攻分野 教授）尾本 惠市（東京大学大学院理学系研究科・理学部 名誉教授） 【研究概要】 国立遺伝学研究所集団遺伝研究部門（総合研究大学院大学生命科学研究科遺伝学専攻教授兼任 ）の斎藤成也教授、東京大学大学院医学系研究科人類遺伝学専攻分野の徳永勝士教授、東京大学大学院理学
「アンチセンスRNA」はタンパク質合成の阻害だけでなく促進もする - 理研
理化学研究所(理研)は10月25日、これまで生体内におけるタンパク質合成を阻害すると考えられていた「アンチセンスRNA」の中に、タンパク質合成を促進する機能も持つものがあることを発見したと発表した。 成果は、理研 オミックス基盤研究領域 LSA要素技術開発グループ ゲノム機能研究チームのピエロ・カルニンチ チームリーダーらと、イタリアのInternational School of Advanced Studies(SISSA)との国際共同研究グループによるもの。研究の詳細な内容は、日本時間10月15日付けで英科学雑誌「Nature」オンライン版に掲載された。 ほ乳類のゲノムのほとんどの領域はRNAに転写されて、タンパク質をコードするメッセンジャーRNA(mRNA)や、タンパク質をコードしないノンコーディングRNA(ncRNA)、「短鎖酸在反復配列(SINE)」のようにジャンクと呼ばれる同
子どもの遺伝子の新たな変異、父親の年齢高いほど発生
【8月23日 AFP】子どもの遺伝子変異で親から受け継いだものではない、まったく新たな変異が起きる最大の要因は、受胎時の父親の年齢にあるとする研究論文をアイスランドのゲノムデータ企業「デコード（deCODE）」などのチームが22日、英科学誌ネイチャー（Nature）に発表した。 アイスランド、デンマーク、英国の共同チームは、親の遺伝子にはないゲノム配列の変化を見つけるために、両親と子どもの親子3人計78組と対照群数百組のゲノム解析を行った。その結果、遺伝子に起こる新生突然変異の発生率の増加は、要因の97.1％が受胎時の父親の年齢にある可能性が示された。一方、新生突然変異の発生率の増加と、受胎時の母親の年齢には関連は見いだされなかった。 論文の分析部分を執筆した米ミシガン大（University of Michigan）のアレクセイ・コンドラショフ（Alexey Kondrashov）氏によ
３・１１後のサイエンス:福島ゲノム解析の疑問＝青野由利－ 毎日ｊｐ(毎日新聞)
男性の「高齢出産」にもリスクがある。先月、アイスランドのバイオ企業「デコード・ジェネティクス社」が発表した研究結果はインパクトがあった。 生殖細胞の遺伝子に生じる突然変異によって、子どもは新しい変異を持って生まれてくる。父親の年齢が上がるとその変異が増え、子どもが障害を持つリスクが高まることがわかったというのだ。 この結果は父親になるかどうかの決断を左右するほどのものではない。一方で見逃せない事実もある。次世代に伝わる遺伝子変異を集団で調べようと思えば、父親の年齢も考慮しなくてはならないということである。 低線量被ばくの影響を調べるため福島県で遺伝子解析を行う。そんな計画を細野豪志・環境相が明らかにしたのは先月末のことだ。環境省の概算要求によると、対象は５年間で両親と新生児５００組（１５００人）。血液やさい帯血を採取して全遺伝情報（ゲノム）を解析し、精子や卵子の被ばくによる新しい変異が子ど
ヒトゲノムの８０％に役割 NHKニュース
日本やアメリカなどの国際プロジェクトは、６日、ヒトのゲノムと呼ばれる遺伝情報のうち、少なくとも８０％に何らかの役割があることを解明したと発表しました。 エンコード計画と名付けられたこの国際プロジェクトは、ヒトの染色体にあるゲノムと呼ばれる遺伝情報のうち、どの部分がどのような働きをしているか明らかにしようというもので、日本からは理化学研究所が参加しています。 プロジェクトは、１４７種類の細胞を使ってゲノムを解析した結果、たんぱく質を作り出す遺伝子のスイッチを必要なときに必要な場所で入れるなど、少なくとも全体の８０．４％に何らかの役割があることを解明したとしています。 ヒトの遺伝情報は、９年前にすべて解読されましたが、遺伝子として働くのは２％程度で、残りの部分がどのような役割を果たしているのか分かっていませんでした。 生命の維持に必要なたんぱく質が正しく作られないと、がんや認知症といったさまざ
原発事故:ゲノム調査で環境省が予算要求 専門家は疑問視－ 毎日ｊｐ(毎日新聞)
環境省が福島県内でゲノム（全遺伝情報）調査を計画していることに、専門家から「被ばくの健康影響は分からず、意味がないのでは」と疑問視する声が出ている問題で、同省は６日、１３年度予算の概算要求に１１億９２００万円を計上することを明らかにした。細野豪志環境相は記者会見で「さまざまな低線量被ばくのリスクに備える意味で有効な手段」と述べた。 来年度から５年間に、県内５００組の父母子計１５００人に協力を依頼。血液やさい帯血を採取し、専用の装置でゲノムを解読する。さらに、スーパーコンピューターでゲノムデータを解析する。了解が得られれば、祖父母からもゲノムデータを収集する。環境省は「原発事故の放射線の影響で遺伝子が変異しているかを調べる」としている。 計画を巡っては、中村祐輔シカゴ大教授ら複数の専門家から、「遺伝子に変異があっても放射線の影響かどうかは分からない」「通常の変異が原発事故と結びつけられ、差別
Wmの憂鬱、放射線影響の不安を抱える被災者にゲノム解析がもたらす複音は【個の医療メール Vol.447】
トップWmの憂鬱PremiumWmの憂鬱、放射線影響の不安を抱える被災者にゲノム解析がもたらす複音は【個の医療メール Vol.447】 現在、すっかり修復された仙台空港から博多に向かう飛行機の上におります。夏の終わり。日本列島上にぼこぼこと背伸びする入道雲をかいくぐる飛行はなかなかスリリングです。さすがの残暑も朝晩は急速に熱を失いつつあります。心なしか、東北の蝉の音も悲しさの色を増していました。日本は秋色に染まり始めたのです。津波の被害地に背を向ける格好で離陸したのですが、眼下には撓わに稔る黄金色の絨毯が敷き詰められています。東北大学病院の1号館の修復もやっとですが、始まりました。壁には不気味な灰色のコーキングがひび割れに沿って塗られています。ひょっとしてこの上に板でも渡して修理完了にするのか？心配になりましたが。ともあれ、復興の歩みも決して早くはないが、動き出したようです。中央政界の混乱
国際プロジェクト「ENCODE」がヒトゲノム機能の80％を解明 | 理化学研究所
国際プロジェクト「ENCODE」がヒトゲノム機能の80％を解明 ―日本から唯一参加の理研OSCは、CAGE法で機能解析に大きく貢献― ポイント 32研究機関442名が参画、最大級の国際プロジェクトからの大規模ゲノム研究成果 理研OSCは独自技術のCAGE法による遺伝子の転写開始点解析で貢献 タンパク質をコードしていないDNA領域でも生命維持に重要な機能保持 要旨 理化学研究所（野依良治理事長）が参加する国際プロジェクト「ENCODE（エンコード）※1」は、5年間をかけて、DNAエレメントデータ※2と呼ばれる遺伝子由来の膨大なデータを収集して解析し、ヒトゲノムの80％の領域に機能があることを明らかにしました。その中で理研オミックス基盤研究領域（OSC：林崎良英領域長）は、独自の遺伝子解析技術CAGE法※3を用いて、DNAからRNAが合成されるときに重要な役割をもつ領域である「遺伝子転写開始点
クローンネコ誕生から10年、ペットの「よみがえり」市場は閑散と
デュエン・クレーマー（Duane Kraemer）氏とシャーリー・クレーマー（Shirley Kraemer）さんと一緒に写真に写る史上初のクローンネコ、CC（撮影日不明）。(c)AFP/BILL MURPHY 【8月15日 AFP】世界で初めてクローンのネコが誕生してから、まもなく10年が経つが、愛するペットたちの死後の「よみがえり」を求める市場は大活況となるだろうとの予測は、どうやら当たらなかったようだ。 当時、米クローンペット業界最大手だったバイオアーツ（BioArts）は2009年に操業を中止。家畜クローン産業も、世界で年間数百頭のウシとブタのクローンが行われる程度で、比較的小さな規模にとどまっている。 だが、史上初のクローンネコ「CC」の所有者は、いまでもクローンネコCCは大成功だったと考えている。灰色と白の毛並みのCCは、このところ動きがやや緩慢になっており、3年前に出産を経験
世界で初めてサンゴの全ゲノム解読に成功
独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構（ＯＩＳＴ）マリンゲノミックスユニット（代表研究者：佐藤矩行、研究員：新里宙也、將口栄一、川島武士、濱田麻友子ら）は、沖縄に生息するサンゴ、コユビミドリイシ（Acropora digitifera）の全ゲノムを世界で初めて解読しました。研究成果は、2011年7月25日（日本時間）発行の英国科学雑誌 Natureのオンライン版に掲載され、Nature Newsでも取り上げられました。 サンゴはクラゲやヒドラ、イソギンチャクと同じ刺胞動物の仲間ですが、サンゴは共生している「褐虫藻」と呼ばれる微細藻類から養分を得て、海中に巨大な構造物、サンゴ礁を作るという、他の刺胞動物にはない特徴をもっています。全海域のわずか1％の面積にも満たないサンゴ礁ですが、そこは全海洋生物のおよそ25%の命を育む、地球上で最も生物多様性豊かな場所の一つです。しかし近年、地球温暖化や
サンゴのゲノム解読 沖縄科技機構、死滅の原因解明に光 - 日本経済新聞
独立行政法人・沖縄科学技術研究基盤整備機構はサンゴのゲノム（全遺伝情報）解読に世界で初めて成功した。サンゴの起源が約5億年前に遡るとわかったほか、サンゴの生態に関わる遺伝子が多数見つかった。サンゴの死滅につながる「白化現象」の原因を解き明かす手掛かりになる。英科学誌ネイチャー（電子版）に25日掲載される。佐藤矩行代表研究者らが沖縄周辺に多く生息するサンゴの一種「コユビミドリイシ」のゲノムを約2
定説２億年さかのぼる…サンゴの起源「５億年前」 ゲノム解読、イソギンチャクと先祖同じ - MSN産経ニュース
海中にサンゴ礁をつくる「サンゴ」は約５億年前にイソギンチャクとの共通祖先から進化したことを、沖縄科学技術研究基盤整備機構などの研究チームがゲノム（全遺伝情報）を解読して突き止め、２４日付の英科学誌ネイチャー電子版に発表した。 サンゴの起源の定説を２億年以上さかのぼった。多様な海洋生物を育むサンゴ礁の成り立ちを解明するのに役立つ成果。 チームは沖縄の海に生息するサンゴの一種「コユビミドリイシ」の産卵時に精子を採取。ＤＮＡの塩基配列を解析し、約２万４千個の遺伝子を特定した。 ほかの生物と比較したところ、イソギンチャクとの共通祖先からサンゴに進化したのは５億２千万～４億９千万年前と判明。これまでは化石の地層から約２億４千万年前と推定されていた。 サンゴは透明度が高い浅瀬に生息するため太陽の紫外線から身を守る必要がある。サンゴと共生する褐虫藻がその役目をしているとみられていたが、ゲノム解析の結果、
人類のX染色体上にネアンデルタール人由来のDNA配列が見つかる | スラド サイエンス
遺伝子研究の結果、現生人類のX染色体DNA配列の一部がネアンデルタール人由来であることが分かったとのこと。だが、アフリカ大陸の人に限ってはこれに該当しないのだそうだ。本研究はMolecular Biology and Evolutionの7月号に掲載されている（本家/.記事）。 ネアンデルタール人はかつては人類の祖先との説があったが、DNAを調べた結果ネアンデルタール人は我々人類とは異なる種の人類であるということがほぼ明らかになっており、交配もできないのではないか、という説が唱えられていた。 Damian Labuda氏率いる、モントリオール大学とCHU Sainte-Justine Research Centerの研究者で構成された研究チームは10年程前、人間のX染色体上に起源の不確かなDNA配列、ハプロタイプを特定することに成功している。そしてチームは、ネアンデルタール人のゲノムが解読
Targeted RNA Sequencing for Gene Expression Analysis Using NGS | Thermo Fisher Scientific - US
Fast and simple gene expression method with Ion AmpliSeq RNA panels Comprised of targets selected from over 20,000 well annotated RefSeq genes, Ion AmpliSeq RNA panels help to empower high-throughput gene expression analysis with high sensitivity and specificity. Ion AmpliSeq RNA panels are straightforward to implement as they take advantage of the simple and fast sequencing workflow of the Ion S5
DNA解析で明かされる犬種の秘密 | dog actually：@nifty
犬は多種多様な動物である。 大きいのや小さいの、毛の長いのや短いの、鼻の長いのや短いの、そして足の長いの短いの．．．犬と一言で言ってもそれらは決してすべてひっくるめて語るには多様すぎる。 これらの犬種の特徴がどこからやってくるのか？この度ペットフードで有名なウォルサムの研究員とユタ大学のナショナル･ヒューマン･ゲノム･リサーチ研究所が共同で DNA 解析を使ってこの謎に挑んだ。 犬種の外見だけでなくその行動性質と気質についてもスポットをあて、148犬種から約13,000もの DNA 検体を取り、その DNA 配列一つ一つを厳密に比較していったというのだから、例えコンピューター処理とはいえ結構気の遠くなるような話である。 専門雑誌「Genetics」に掲載された研究結果によると、犬の成長後の大きさは6箇所の DNA 配列により決められていて、これらは5本の染色体に散在しているとか。さらには犬
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環境省による福島「全ゲノム解析」プロジェクトに賛同します - Fetal skeletal dysplasia forum
NEDO:日本人健常者集団における初のヒトゲノム多様性データベースを公開