化学反応におけるDeep learningの適用 - Preferred Networks Research & Development
近年様々な分野に対してDeep learningの応用が研究されてきています。 化学の分野でも物性値の予測モデルや、化合物の生成モデルの研究などが盛んになってきています。最近では、有機化合物の合成を行う際に必要な化学反応の予測をDeep learningで行うという試みが行われてきているのでその先行研究サーベイをしました。 サーベイ資料はこちらのSlideshareにアップロードしています。 問題設定：反応予測および逆合成経路探索 化学反応で、反応物 (reactant) AとBを触媒 (reagent) Cの下で反応させたときに 生成物 (product) D ができたようなプロセスは Reaction SMILES を用いると “A.B.C>>D” というように表すことができます。 ここで、 AとBとC から何ができるか？ （答えはD）を予測する問題を順方向の反応予測問題と呼び、Dを作
Chainerの可視化・実験管理を支援するChainerUIを公開 | Preferred Research
Chainer上の実験中の学習ログの可視化や実験管理機能を追加するパッケージ、ChainerUIを公開しました。 GitHub ChainerUIは、多くのChainerユーザが持つ「学習中の実験ジョブの進捗を手軽に知りたい」、「複数の実験ジョブの手軽に管理したい」ニーズに応えるために開発しました。 具体的には、下記の機能を備えています。 学習ログの可視化 実験履歴閲覧 実行中の実験に対する操作 (スナップショット・学習ハイパーパラメーター修正) 本パッケージは、Chainerの学習用Trainerを監視するChainer extensionとして機能するものです。このChainer extensionを有効化した実験を、Webブラウザからリアルタイムで監視、制御することができます。複雑な依存関係がないため、Trainerを用いる既存の実験スクリプトに簡単に導入できます。 学習ログの可視化
高速な安定ソートアルゴリズム "TimSort" の解説 - Preferred Networks Research & Development
先日、TimSortというソートアルゴリズムが話題になりました。TimSortは、高速な安定ソートで、Python(>=2.3)やJava SE 7、およびAndroidでの標準ソートアルゴリズムとして採用されているそうです。 C++のstd::sort()よりも高速であるというベンチマーク結果1が話題になり(後にベンチマークの誤りと判明)、私もそれで存在を知りました。実際のところ、ランダムなデータに対してはクイックソート(IntroSort)ほど速くないようですが、ソートというシンプルなタスクのアルゴリズムが今もなお改良され続けていて、なおかつ人々の関心を引くというのは興味深いものです。 しかしながら、オリジナルのTimSortのコードは若干複雑で、実際のところどういうアルゴリズムなのかわかりづらいところがあると思います。そこで今回はTimSortのアルゴリズムをできるだけわかりやすく解
STL風に使えるマップ型コンテナの紹介と性能比較 - Preferred Networks Research & Development
最近スマートフォンに乗り換えました。徳永です。 C++は世に数あるプログラミング言語の中では比較的メモリを食わない方ですが、それでもメモリ使用量が問題となる場合はあります。そのような場合の対処方法はいくつか有りますが、手軽に選択できる方法として、今日はSTLのmapやunordered_mapと同じ感じで使えるデータ構造をいくつか紹介したい思います。 以下、計算量の表記をする際には、要素数をnとします。 Loki::AssocVector LokiはModern C++ Designという本の作者であるAndrei Alexandrescuが開発したライブラリです。AssocVectorはその中の一つとして提供されているクラスで、vector<pair<key, value> >という型のベクターをkeyでソートした状態で持つ事により、二分探索による要素の探索を可能にしたデータ構造です。こ
dag_vector: ランダムアクセス可能な圧縮配列 - Preferred Networks Research & Development
こんにちは、この夏はシルキードライで乗り切りたい岡野原です。 今日は最近公開したC++のオープンソースであるdag vectorについて紹介します。 github: dag_vector ライセンスは修正BSDライセンスです。 dag vector (direct accessible gamma code vector) は値を圧縮して格納したまま任意の場所の値を高速に参照可能な配列ライブラリです。しかもデータ末尾への追記が可能です。 dag vectorはstd::vectorのように利用できます。下にいくつか例を見ていきましょう。 dag_vectorの例 #include "dag_vector.hpp" // dag_vectorは0以上の正整数の配列を扱う配列。 dag_vector dv; // 値はいつでも追加可能。追加された値は圧縮して格納される // 正整数xは2lg(
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