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SOLiD sequencerのbarcodeを処理し、SHRiMPでreferenceにmapする手順: My Work Desk
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仕事に関するメモ 注意:ここにメモしてあることはあくまでも個人的なものです。参考にする場合は、自身... 仕事に関するメモ 注意:ここにメモしてあることはあくまでも個人的なものです。参考にする場合は、自身の責任において行ってください。私は一切の責任を負いません。 1) pairing_barcodeを使い、barcodeとsequenceを一致させる。さらに、barcodeごとにsequenceを分類する。 output_by_barcodes.plとpairing_barcodeの2つのcode、それに***_F3.csfastaと***_R3.csfastaの2つのdataが必要。 $ perl output_by_barcodes.pl -f3 ***_F3.csfasta -r3 ***_R3.csfasta -dir test 2) SHRiMPのsequenceの上限が50000であるため、それ以上のsequenceを含むファイルは分割する必要がある。 SHRiMP/utils/s