Ensembl APIを極める!

はじめに 脊椎動物ゲノムデータベースEnsemblには、ヒトを含む30を超える脊椎動物のゲノムデータが、様々な情報が付加された形で格納されています。Ensemblのデータは年を追うごとに充実してきており、脊椎動物を扱う研究のためのスタンダードデータベースになっていくことは間違いありません。これらのデータを自在に扱うことができれば、研究を進める上で大きなメリットとなりますし、逆に十分に使いこなせなければ、海外の競合研究チームに大きく遅れをとることになりかねません。Ensemblのデータ取得方法には、FTPサイト、BioMart、MySQLへ一括ダウンロード、Ensembl APIの4つありますが、最も有効であるEnsembl APIについて詳細に説明していきます。その前に、まずは4つのデータ取得方法を以下に示しますので比較してみましょう。 FTPサイトからダウンロードは他の一般的なデータベー