SBT 生物情報解析研究センター 構造情報解析チーム

高効率の構造探索エンジンを新たに開発して、高精度のシミュレーション計算を行い、自由エネルギーが相対的に低く実現確率 の高い構造を得ることによって、ホモロジーが低い 部位に対する立体構造モデリング、X線結晶解析や NMR実験情報による構造モデリング、低分子化合物 とのフレキシブルドッキング等に応用し、タンパク 質の分子認識をエネルギー理論の面から評価します。 研究成果は、ソフトウェア・データベースとしてまとめられ、分子シミュレーションシステム「myPresto (旧称：prestoX)」（JBICホームページより）として公開しています。[概念図1] 荻野目洋子さん命名の計算機「頭脳」と「ビンゴ」(NEC express5800+MDserver x2) 【研究課題】 （１）高効率の構造探索エンジンの開発 従来の分子シミュレーションは、現実のありのままを計算していたため、分子の運動は遅く、もっ

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なにやら新しいMD計算手法がいろいろ。原理が数式で示されていて良い