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Non-BioinfomaticianによるNGS解析メモ
fastqファイルのpreprocessingを段階で、アダプター配列を除去したい場合があると思います（small RNAの... fastqファイルのpreprocessingを段階で、アダプター配列を除去したい場合があると思います（small RNAのRNA-seqやCLIP-seqなど3'末端にリンカー配列を結合させたケースなど）。 しかし残念ながら、論文のMaterial&Methodsをみてもそのアダプターの配列が記載されていないことがあります。 アダプター配列がわからない場合、FastQCなどでリード中に高頻度で出現する配列をチェックして、それらの配列を除去するというのも１つの手ですが、単純にメーカーのサイトから配列情報を入手することも可能です。 Illuminaの場合、下記のサイトから「Illumina Adapter Sequences Letter」と呼ばれるアダプター配列等の配列情報が記載されたファイルをダウンロードできます。 http://support.illumina.com/download
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