GAMESS/TINKERでQM/MM計算 – pc-chem.info

[本記事は私が以前書いていたblogからサルベージしたものです] 巨大分子を計算するのに、ab initio法が不向きなのは言うまでもありません。いくら時間があっても足りません。最近はDFTやFMOなどでタンパク質を扱う試みもされていますが、よく使われている方法としてはQM/MM法があります。大事なところだけQM(量子力学計算)で、他はMM(分子力学：古典力学計算)に置き換えてしまうのです。 例えば、タンパクと低分子の相互作用の強さを計算しようと思ったとき、タンパク全体を計算するのではなく、相互作用部位周辺(＋低分子)だけQMレイヤーにして他はMMレイヤーにすれば、大事なところの計算精度はあまり損なわれることなく、大幅な計算速度向上につながるわけです。 GAMESSにはTINKERを利用したQM/MM法がインプリメントされています。簡単な使い方のみ紹介します。 簡単な入力の例として、エタノ