微生物群集解析ツール QIIME 2 を使う．Part2.（QC，FeatureTable生成編） - Qiita

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QIIME2 はDNAのシーケンスデータから微生物解析を行うためのオープンソースのパイプラインである．クオ... QIIME2 はDNAのシーケンスデータから微生物解析を行うためのオープンソースのパイプラインである．クオリティの高いグラフや統計の処理を行うことが可能である．今回は，前回の微生物群集解析ツール QIIME 2 を使う．Part1.（インストール，ファイルインポート編）の続きで，fastq ファイルのクオリティコントロール（QC）とFeature Table の作成を行う． Fastq ファイルのクオリティコントロール（QC）を行う． cutadapt にて、アダプター配列の除去。 341f (--p-front-f CCTAYGGGRBGCASCAG)と806r (--p-front-r GGACTACNNGGGTATCTAAT)を想定。 # cutadapt による341f (--p-front-f CCTAYGGGRBGCASCAG)と806r (--p-front-r GGACT

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waraby0ginger2020/05/27
micro_aoki2019/09/10

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