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BED、VCFをスッキリと染色体番号順にソートする方法 - アメリエフの技術ブログ
こんにちは、あんドーナツ好きで有名な久保（kubor）です。 ブログのネタを日頃から探しているのですが... こんにちは、あんドーナツ好きで有名な久保（kubor）です。 ブログのネタを日頃から探しているのですが、なかには、過去に先輩が取り上げていそうで、意外にも紹介していない話題が結構あります。 例えば、sortコマンド。 このコマンドは、言わずと知れた基本的なUnixコマンドですが、 社内でもあまり知られていない、素敵なオプションがあります。 このオプションがあればBEDファイルやVCFファイルを綺麗にソートすることが出来ますよ。 では、実際にBEDファイルをソートしてみます。 sort -k 1,1 target.bed chr1 172113674 172113784 MIR199A2 chr10 63239798 63253189 TMEM26-AS1 chr12 49250915 49259653 RND1 chr15 41099273 41106767 ZFYVE19 chr15 7
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