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EM菌に含まれる微生物の解析ー細菌類ーその2 - warbler’s diary
前回、EM菌(EM1活性液)に含まれる細菌の構成を、メタ16S解析(V3V4領域)をした結果を報告しました。 ... 前回、EM菌(EM1活性液)に含まれる細菌の構成を、メタ16S解析(V3V4領域)をした結果を報告しました。 この解析には一般的に行われている手法を用いましたが、その改良版が出されましたので、それを用いて再解析をしてみました。 【QIIMEとQIIME2の違い】 解析パイプライン「QIIME」を改良した「QIIME2」の特徴として、NGS解析で得られたDNA配列データを分類する際のエラーを減らす「DADA2」という手法が取り入れられています。 ・半田佳宏氏による解説 http://crusade1096.web.fc2.com/qiime2_renew.html (参考文献) www.ncbi.nlm.nih.gov 前回のNGS解析によって得られたアンプリコンシーケンスデータ(fastqファイル)をQIIME2と精度が高いデータベースを組み合わせて再解析した結果を以下に示します。 【解析
2019/04/25 リンク