Spark on EMR で 1000 Genomes Project のデータを触る - ミームの死骸を待ちながら
なんやかんやで年始から記事書いてないですが, 外部要因がないとブログを書かないようになっている. "Distributed computing (Apache Hadoop, Spark, ...) Advent Calendar 2016" の 12/11 担当として何かを書きます. qiita.com 1000 Genomes Project public data set on S3 AWS S3 には無造作にいろんなびっぐなでーたが置いてあり, aws.amazon.com その中に 1000 Genomes Project のデータがあります: 1000 Genomes Project and AWS. 1000 Genomes Project については公式ページ 1000 Genomes | A Deep Catalog of Human Genetic Variation
僕は「起業したい」とは軽々しく口にしないようにしている - ミームの死骸を待ちながら
「起業しようとは思わないの？」 研究者にならなかった理由を説明したとき、 入社先としてベンチャー企業を選択したことを伝えたとき、 あんたずいぶんフリーダムに生きてるねと突っ込まれたついでに、 上のような質問を受けることがある。 僕はどう見られているのか知らないが、今日だけで二回も聞かれた。なんなんだ。ぼくはセンチで働きますってば。 いつと比較しての話だか自分でもわからないが、事業を興すということが、ずいぶんと安っぽくなってしまったものだな、と思う。 起業したこともない身でアレだけど、まず誤解しないでほしいのは、僕は「安っぽくなった起業と言う選択肢」それ自体はいいことだと思っている。 いわゆる「べんちゃーすぴりっと」というやつである。聞く所によると聖地シリコンバレーにおいては、学生から老人に至るまで猫も杓子も草木もすべからくベンチャー精神を保有しており、それが故に新陳代謝が活発かつ実力が正当
炎上が拓く新時代を待つより、未来候補に関わり続ける方がおもしろい - ミームの死骸を待ちながら
久々に凄い本に出会ってしまった。この本には未来が、あるいは未来を作り出し得る候補が描かれている。2009年前半に読んだ中で一番 (...ここで読書記録をさかのぼって確認する)、そうだな、一番好奇心を掻き立てられ、そして未来への期待を感じた本だった。おすすめです。特にここ最近海外ネットの動向を詳しく追って来なかった人に。 クラウドソーシング―みんなのパワーが世界を動かす (ハヤカワ新書juice)Jeff Howe 早川書房 2009-05 売り上げランキング : 36296 おすすめ平均 地球規模のイノベーションは、静かに、しかし急速に革命を起こす 新しい時代を迎えました。 Amazonで詳しく見る by G-Tools ハヤカワ新書の"Juice"というシリーズ。どうでもいいけど大学生協で最初にこの本を見た時、Juiceを「ジュイス」と読んで「...救世主たらんことを？」って呟いたんだ。
Mac/Windows/Linux併用して研究する人は「JabRef+Dropbox」で論文管理するといい - ミームの死骸を待ちながら
最近ありがたいことにiPhoneに引き続き、最新のMacbookをも懐を痛めることなく入手*1し、Windows, Macintosh併用して研究している。元々マカーだったりするので細かい所の操作やTerminalの使い心地はやはりMacに軍配が上がる。 そんなことしてるうちに論文管理の問題にぶつかったのだが、Javaで作られていてプラットフォームに依存しないJabRefと、最近流行のDropboxを合わせて使えば、論文データをひとつのDropboxフォルダに置きつつ各マシンから同期して使えることに気がついたのでその設定方法などを。設定し終わってしばらくしてから書いたので、あまりまとまってないかも。ツッコミ受けたら適宜追記します。 JabRefの導入 下記のサイトを見ればだいたいJabRefの使い方が分かる。 JabRefによるBibTeX文献管理とJab2HTML 上記サイトからは"Pr
新型インフルエンザもヤバいが人類もすげぇぞ（バイオ的な意味で）！！ - ミームの死骸を待ちながら
さて、メキシコ発の豚インフルエンザのパンデミック警戒フェイズが、4(人から人への感染が確認される)からフェイズ5(広い地域で人から人への感染)に引き上げられた。 残るフェーズは、「現実に世界的に大流行している」という、フェーズ６しかない。フェーズ６は、いわば世界戦争が始まった状態だ。 緊急提言 「新型インフルエンザ」感染地域が急速に拡大中 日本も水際阻止ができるかどうかの瀬戸際で、感染の疑いがある高校生に詳細な検査*1が行われるなど殺気立っている（ちょうどコレを書いているときに報道されてる） 国内で初めて、新型の豚インフルエンザの疑いがある患者が見つかったと発表した。 朝日新聞デジタル：どんなコンテンツをお探しですか？ 豚インフルエンザについて BBC News の投書欄が怖すぎる件について - elm200 のノマドで行こう！ 日本を新型インフル渦に陥れる毎日新聞の無責任体制 - ken
【就活終了宣言】id:Hashは金融工学ベンチャー「センティリオン」に入社します - ミームの死骸を待ちながら
2010年度から、センティリオンCentillionという設立三年弱のベンチャーで働きます。 金融工学のセンティリオン株式会社 今までちらほらと「内定先」という言葉が出て来ていますが、ココのことです。内定自体は2月中旬に頂いて、第一志望企業だったのでその時点で心は決まっていたのですが、他の企業も見てみたかったのでしばらく就活を続けていました。 しかし先日最後の会社の選考が終わり、しがらみがなくなったので暴露することにしました。 こんてんつ Profile of Centillion 経営理念に共感したこと 新卒一期生というポジション はてなーと同僚な件 非常識・新規性を受け入れる風土 iPhone支給＆意外としっかりした支援制度 1. Profile of Centillion センティリオン (Centillion) は証券IT部門や投資情報ベンダーで経験を詰んできた社長とシステム畑で技
春から研究室に配属される理系新四年生のための心得 - ミームの死骸を待ちながら
春は出会いと別れの季節と言いますか？わかりません。今日は、新しく研究室に配属される理系大学の新四年生を対象に、この魑魅魍魎渦巻く研究世界の歩き方的なものを、曲がりなりにも二年間、理系の研究室で過ごしてきた経験を元として、二年前の自分にアドバイスするつもりで、心の赴くままに書いてみようと思います。 こんてんつ はじめに 積み上げてきた経験とのギャップ 研究は神聖なものではない 研究の三つの意義 「理系はコミュニケーションをとる機会がない」の嘘 研究室で発狂しないために さらに勉強したい人のために はじめに 僕は生命+情報系の研究に携わる大学院生（4月からM2）ですが、下のエントリを見てもらえば分かるように、僕は研究者見習いとしては落ちこぼれです。M1の途中で研究室を移籍するという暴挙を成し遂げた他、最近まで就活にかかりきりで修士研究の成果は未だほとんど出ていません。このままでは三年修士をやり
Twitterとはてなブックマークをやめたが、その日だけで修論が進むと思ったら大間違いだ - ミームの死骸を待ちながら
僕が現在所属する研究室はフリーダムで、そのフリーダムさ故に僕は満足のいく就職活動を行えるのではあるが、フリーダムすぎるが故にスピーカーからアニソンが流れ談話スペースがハッテン場に変貌したりする（春からはB4に女子が数人入ってくるらしいので改善されると信じたい）ので、集中できないこともしばしば。 そこで、自宅から研究する。自宅からSSHで大学のスパコンにログインして、その上で作業することができるのです。 しかし自宅で研究するに当たり、人の目がないため余所事にかまけてしまうというリスクがあります。たとえばブログを書いたり！ そこまで考えてid:suztomoのホッテントリを思い出した。 Twitterとはてなブックマークをやめたら，その日だけで卒論ノートが11ページ進んだ． - suztomoの日記 そうだ、時間を浪費するページへのアクセスを禁止すればいいのか。しかしだ。 今日MacBook/
ネト貧の描く未来は暗黒社会。あるいは、本当にウェブは世界を変えるのか - ミームの死骸を待ちながら
先日、ある企業のセミナ−で「インタ−ネットが放送コンテンツと融合したらどうなるか？」というテ−マで学生間でディスカッションを行ったのだが、そこでのメンバ−の発言に驚いた。 「パソコンが身近になって小さい頃からコンピュ−タに触れてるから、オタクが増えるんじゃない？」 「あと、パソコンを使って育った子は理系に進むから、理系離れが解消されるかも」 「ネットに夢中になって、家族の団欒が減るよね」 「現実との区別ができなくなって、犯罪者が増えそう」 判を押したようにマスメディアのネット批判そのものなのだ。なんだこれは。本気でそう思っているのか？マスメディアの議論を鵜呑みにしているのか？自分の意見がないから無難な一般論を言っているつもりなのか？僕は軽く絶句して、彼らの顔を凝視していた*1。 世代を指して"デジタルネイティブ"と称するのは間違っている 彼らは学部三年生。87/88年生まれと僕よりほんの少
バイオのデータベースを使う人、使われる人、使えるのかどうかわからない人。 - ミームの死骸を待ちながら
去る1月23日、AJACS(All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)勉強会に参加してきた。 AJACS7 - MotDB 統合データベース講習会：AJACS長津田 開催 - 統合ぐらし(2009-01-23) 以前坊農さんのラボ(?)に突入したときのレポートは以下。もう半年近く前なのか...。 ライフサイエンス統合DBプロジェクトの中に乗り込んできた - ミームの死骸を待ちながら 内容としては、黒川先生と中村先生のプレゼンを挟みつつ、 ライフサイエンス統合データベースプロジェクト-統合ホームページ-LSDB ここの使い方を紹介していく形。以下、メモ。 スケジュール 午前：講演＋講習 10:30-12:30 時間 講演者 所属 題目 10:30-11:00 坊農秀雅 ライフサイエンス統合データベースセンター 「統合データベースプ
74冊の件などぐだぐだと。 - ミームの死骸を待ちながら
コンサルの面接で「74冊読みました」と言ったら「それは何がすごいの？」と返された - ミームの死骸を待ちながら 500とか...！やめて！もうid:Hashのライフはゼロよ！ なんかこう、一通り突っ込まれた後となっては自分のエントリが恥ずかしくて読めないわけですが。いつも通り進む方向性を間違え、それも盛大に間違えましたね。 とりあえず意外だったのが、僕は面接のやりとりをきっかけに自分の読書スタイルを考えたかっただけなのに*1あちこちから面接、しかもコンサルに関する意見が上がってきたこと。 中でも下記のエントリは畏れ多いほどの良質情報だと思います。 「コンサルの面接で「74冊読みました」と言ったら「それは何がすごいの？」と返された」件について - ignorant of the world -散在思考- “使えない奴”を足切りする為の面接テクニックについて - シロクマの屑籠 あとは、僕の記
独学で効率よく簿記三＆二級に合格するための僕の方法 - ミームの死骸を待ちながら
今から三年前、学部二・三年の頃の僕はテコンドーの道場に週四回通ったり、株式投資で一攫千金を狙ってン十万塩漬けやらかしたり、一ヶ月に三十冊くらい本を読みまくったり、合気道部時代の友人と旅行に行ったり、学部卒で就職する気が無いくせにインターンに参加してプログラム組んでみたりと好きなように生きていたのだけど*1、今思い返してもやっててよかったなーと思うのが会計の勉強だ。 といってもさほど高レベルなことはやってなくて、日商簿記検定の二級と三級を同時受験してまとめて取った*2、というだけの話。それ以降、一級もチャレンジしたんだけど、合格点まであと二点とかそんな悔しい思いを二回連続でやらかしてしまい、気付いたら次の試験は研究室配属の後になってしまい、試験前に当時の彼女をほったらかしにしていたら険悪になったりもしたので、一級まで取っていれば税理士試験の足がかりにもなったから残念なのだけど、あきらめた。
実は博士問題を論じている人の気持ちがちょっとわからない - ミームの死骸を待ちながら
実は僕自身、高学歴ワーキングプアだとかポスドク問題などの社会問題を、あまり問題に感じていない。早急に解決すべき問題であるとも思ってない。積極的に情報集めてもいないし、本も読んでない。 だから僕の場合、「博士ネットワークミーティング」に参加したのも、「Ph.D交流会」に参加したのも、ぶっちゃけてしまえばその「参加者」に惹かれたからだ。 ウェブ時代と併走するスタンドアローン・コンプレックス。博士ネットワーク・ミーティング@京都に参加して - ミームの死骸を待ちながら 流れよ我がキャリア、と博士は言った。第四回Ph.D交流会レポート - ミームの死骸を待ちながら 僕は理系学生として、博士の、職やらポスドクやら組織の中で耐えたりとなかなか大変そうな姿を見たり聞いたりしているし、自分自身のために大変な環境をわざわざ切り開きながら博士に進むだけのメリットが見えないし、というわけで就職することを決めてい
[event][career]流れよ我がキャリア、と博士は言った。第四回Ph.D交流会レポート
告知してたけど、第四回Ph.D交流会に参加してきた。 Ph.D.交流会〜博士課程大学院生・ポスドクが主体の集い〜:第４回Ph.D.交流会（ゲスト：保田隆明氏） 【イベント告知】2008.12.6(土) Ph.D交流会「博士のキャリアメイク戦略」のお知らせ - ミームの死骸を待ちながら 博士学生・ポスドクが中心となり自主的に企画・運営された交流会を通して、『キャリア形成の意識を高める』、『視野を広げる』などといった自己啓発につなげることを目的としております Ph.D.交流会〜博士課程大学院生・ポスドクが主体の集い〜:Ph.D.交流会の運営方針 どんな感じか想像してなかったけど、教室でまったりだべったり、近い距離で講師のお話を聞いたり。会自体が何らかの主義を持つことを否定した交流の場であって、毎回幹事が入れ替わることでメンツや雰囲気もがらっと変わるようだ。第一回にはdankogai氏が講演に来
![[event][career]流れよ我がキャリア、と博士は言った。第四回Ph.D交流会レポート](https://cdn-ak-scissors.b.st-hatena.com/image/square/3297e926c5f7c06a5ab34456e29a9f93ba77700a/height=288;version=1;width=512/https%3A%2F%2Fogimage.blog.st-hatena.com%2F12921228815716769801%2F12921228815716771631%2F1390067602)
オススメされた統計学本を列挙 - ミームの死骸を待ちながら
冬に二週間シンクタンクでインターソすることになった。クリスマスとか関係ない。インターンで扱うテーマに統計の理解が必要となったため勉強したいという遅延学習法精神で、今のうちに統計学をざっくり勉強しておきたい。そもそも二年前、ブログを立ち上げた理由は「インターンの内容(Ruby)を先走って勉強する」ためでした。性格変わってない。 ところが僕の持っている統計本は こんなもんなので*1、何か一冊「ガチの教科書」がほしいなと思った。生物で言うと Molecular Biology of the Cell みたいな。そこでTLに聞いてみたところ、いろいろ教えてくれました。はてな人力検索とかもう不要ですね。大した答え来ないし*2 以下のメモは自分のために。といいつつアフィを張るのは下心。 統計学入門 (基礎統計学) 作者: 東京大学教養学部統計学教室出版社/メーカー: 東京大学出版会発売日: 1991/
エントリーシートで地球温暖化について書いたのだけど - ミームの死骸を待ちながら
エントリーシートって通ればおｋで内容はなかなか振り返る機会がないもので、自分でカリカリ書いてると独りよがりになりそう*1。某社で 「地球温暖化が進む中、環境問題に対する関心が高まっている。地球環境を守るためにできることは何？具体的な事例を。」 という問題が出た。字数制限は800文字。書いたは良いが自分でしっくり来ないのでここに醸す。 私の立場は、京都議定書の遵守を開発途上国にも課すべきである、というものだ。地球温暖化を議論する上で重要な前提は、 温暖化は確実に起こっている 温暖化の正確な原因は不明 の２点であると考える。地球規模の気温上昇はデータに基づいた事実であるが、その原因については温室効果ガス（ＧＨＧ）が主要因であるとするほか、太陽の活動の影響であるなど諸説ある。 温暖化が将来の地球環境に与える影響の正確な予測は不可能であるが、与え得る影響の大きさを考慮して、最も可能性が高い要因から
ウェブ時代と併走するスタンドアローン・コンプレックス。博士ネットワーク・ミーティング@京都に参加して - ミームの死骸を待ちながら
この会合は僕にとって重要なものになる。そう直感したので、京都まで行ってきた。 博士や日本の将来に関するディスカッションや、今後につなげていくためのネットワーキングを中心に考えています。将来のためのネットワーク、異分野専門家との人脈、視野の拡大、志の共有、知的刺激、などなどそれぞれの目的を持ってお越しくだされば幸いです。 (...中略...) 博士と銘打ってありますが、知識労働者としてネットワーキングに関心がある方ならどうぞどなたでもご参加いただけます。 博士ネットワーク・ミーティング@京都、開催します! - 赤の女王とお茶を もちろんsivadさんに会いたいという動機も大きかったが、ミーティング説明文にうずうずする言葉が並んでいる上、以前sivadさんに紹介されとても気になっていたKGCの柴田さんがパネリスト、そしてあの黒影先輩も参加するとなれば、行くしかない。 内容のレポートはid:yu
生物オタが非オタの彼女に分子生物学の世界を軽く紹介するのための10タンパク - ミームの死骸を待ちながら
まあ、どのくらいの数の生物オタがそういう彼女をゲットできるかは別にして、 「オタではまったくないんだが、しかし自分のオタ趣味を肯定的に黙認してくれて、 その上で全く知らない分子生物学の世界とはなんなのか、ちょっとだけ好奇心持ってる」 ような、ヲタの都合のいい妄想の中に出てきそうな彼女に、生物のことを紹介するために見せるべき10タンパク質を選んでみたいのだけれど。 （要は「脱オタクファッションガイド」の正反対版だな。彼女にバイオを布教するのではなく、相互のコミュニケーションの入口として） あくまで「入口」なので、機能的に過大な負担を伴うリボソーム、シャペロンタンパクは避けたい。できればシンプルなペプチド様タンパク、大きくても100 kDaにとどめたい。 あと、いくら生物学的に基礎といっても古びを感じすぎるものは避けたい。 生物好きがパスツールの時代は外せないと言っても、それはちょっとさすがに
科学が好きな人はJACSのRSSを購読すべき - ミームの死骸を待ちながら
Journal of the American Chemical Society Home Page (ACS Publications) JACSとは、Journal of the American Chemical Societyの略で、調べてないけどインパクトファクターのわりと高めな化学系ジャーナル。高分子とか材料とか有機化学がメイン？だけど、タンパク質やDNAみたいな生体高分子も扱ってる。昔に比べてバイオよりになってるのはたぶん時代のせい。 で、このジャーナルのRSS、別に日常的に化学をやってなくても、理系じゃなくても、たまにテレビで科学ニュースを見てなんかすげー！と思える人なら購読すべき。絶対楽しめる。 なぜJACSなのか 理由はただひとつ。 RSSリーダーにイメージが配信されるから LDRで見たイメージはこんなかんじ。 タイトルと一枚絵がバーンと出てくる。他に余計な情報がない。
やったー＼(^o^)／BibDeskからJabRefに論文のPDF移せたよー - ミームの死骸を待ちながら
本題に移る前に JabRefによるBibTeX文献管理とJab2HTML この設定ファイルが便利すぎる。ちまちま設定しなくても JabRefのOption > Preference > Import preferences を選んで、上記リンクからダウンロードしたXMLファイルをImportするだけで、作者さんのこだわり設定が利用可能。即効日本語OKで、見やすいPreviewにGoogle Scholar検索リンク付き、その他もろもろの拡張群が使える。 すばらしい。 BibDeskの設定 さて本題。前回 MacのBibDeskからWindowsのJabRefに論文データを移行する際の注意点 - ミームの死骸を待ちながら このエントリで書いた、pdfデータのリンクを移行する方法をやってみた。ちょっと苦労した末に実現できたのでメモっておく。 まずBibDeskのPreferences > Au
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